29 ноября (10 декабря) 1798 года в торжественной обстановке Павел I принял сан великого магистра Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, будучи единогласно избран не только русскими, но и всеми находившимися в России иностранными кавалерами (верность Гомпешу сохранили всего-навсего 15 кавалеров, не считая его самого). Желая сделать этот день ещё более памятным, император учредил, как
К удивлению всей Европы, русский царь принимал верховное начальство над религиозным и военным орденом, признававшим папу своим духовным главою. Впрочем, императором руководила конечно и политика: в случае возвращения Мальты ордену, этот остров, по своему положению в Средиземном море, обещал русским важную точку опоры в сношениях с другими странами региона. Притом государь, в качестве гроссмейстера, становился во главе всего европейского дворянства. Последнее обстоятельство, очевидно, следует считать главным. Россия «возжелала стать главной в борьбе с безбожниками – французами», потеснив такие великие государства, как Австрия (Священная Римская Империя) и Великобритания.
Для гвардии великого магистра был учрежден кавалергардский корпус из 189 человек. Ряду полков пожалован знак ордена на знамена, шапки, кирасы и т. п. Сверх того была устроена
Придворный поэт Г.Р. Державин написал оду «На поднесение его императорскому величеству великого магистерства ордена святого Иоанна Иерусалимского и на победу, над французами, российским флотом одержанную 1798 года». Под этим заглавием ода тогда же была напечатана отдельно и в III-й книжке Аонид (1798–1799) с подписью Державин; потом с сокращением заглавия в издании 1808, ч. II, XIV. За оду Державин получил табакерку с бриллиантами. Потом ему пожалован был бриллиантовый мальтийский крест.
6 июля 1799 года Фердинанд фон Гомпеш письменно сообщил императору «Священной Римской Империи» (фактически – императору Австрии) о своем отречении, подробно изложив все предшествующие обстоятельства, и подчеркнув, что, ради восстановления Ордена Святого Иоанна в его прежних правах, он «жертвует своей персоной» и «добровольно слагает с себя сан, в который облачен» и «освобождает членов этого высокого Ордена» от всех обязанностей в отношении себя, как его «прежнего главы». Кстати говоря, отречение Гомпеша было принято папским престолом лишь в 1802 году. Тем самым тогдашний папа римский Пий VII как бы «по умолчанию» признал незаконным великое магистерство императора Павла I (1798–1801 гг.). Но до этого было ещё далеко. Вот как раз все эти перипетии испытали на себе эскадры Ф.Ф. Ушакова в Средиземном море – решения то уходить домой, то оставаться.
Сам Фердинанд фон Гомпеш покинул разграбленную французами Мальту 18 июня 1797 года, отплыв на торговом корабле в Триест. Он взял с собой оставленные ему, за ненадобностью, «французскими безбожниками» главные святыни ордена госпитальеров: Чудотворную икону Божией Матери Одигитрии Филермской («Мадонна Филермо»), украшенную золотым венцом с драгоценными каменьями, с нимбом в виде мальтийского креста, а также золотой ковчег – реликварий с десницей (правой рукой) покровителя ордена – святого Иоанна Крестителя – и частицей древа от Животворящего Креста Господня.