Пока флот штурмовал о. Видо, главную крепость (Цитадель) обстреливали: две береговые батареи (северная и южная), корабли: «Св. Троица», Патрон – бея, фрегат «Сошествие Св. Духа», акат «Ирина» и шебека «Макарий». Обстрел продолжался до 17 часов. Наконец, по сигналу Ф.Ф. Ушакова албанцы и турки, подкрепленные матросами и солдатами, свезенными с указанных судов, бросились на штурм наружных пристроек, однако были опрокинуты. Получив вскоре подкрепление, войска возобновили штурм и завладели важнейшими наружными укреплениями Св. Сальвадора и Св. Авраама (на схеме – Форт Авраам и Форт Сальвадор). Обратим внимание на то, что артиллерийский обстрел всех объектов Ушаков организовал одновременный, а штурм войсками – последовательный. Противник отступил во внутреннюю крепость. В ходе боя было потеряно: у русских – 22 убитыми и 72 ранеными, у албанцев и турок – 61 убитыми и 92 ранеными (некоторые источники утверждают, что турки и албанцы не участвовали в штурме, тогда откуда же потери).
К вечеру того дня французское командование запросило перемирия для переговоров о сдаче крепости. Капитуляция была подписана 20 февраля. Условия капитуляции были весьма мягкие. «Недостаток в продовольствии для флота, необходимость исправить суда свои после продолжительной зимней кампании, и требования помощи неаполитанскому королевству, занятому французами, заставили союзных адмиралов подписать условия эти» (Скаловский, с. 325) – весьма точная формулировка. По ним неприятель сдавал крепость и город со всеми запасами. Частная собственность оставалась неприкосновенной. Гарнизону позволялось выйти из крепости со всеми почестями и положить оружие и знамена перед фронтом союзных войск. Позже он должен был быть доставлен в Тулон на судах от союзных эскадр. Победители также обязались кормить и осуществлять денежное довольствие побежденных до их прибытия на родину. Военнопленные давали слово не воевать против России и Турции в течение 18 месяцев. Генерал Шабо (возглавлял гарнизон) со своим штабом и прочие чиновники могли переехать куда пожелают: в Тулон или Анкону на военном судне. Больные в госпиталях должны были, по выздоровлении, отправиться в Тулон.
Пленных было 2931 человек, в т. ч.: 4 генерала, 5 бригадных командиров, 4 адъютанта, 387 артиллеристов, 2030 солдат, 379 морских служителей.
Через сутки после подписания капитуляции, 22 февраля корабли союзных эскадр рано утром вошли и стали на рейде между островами Корфу и Видо. Французские флаги спущены на всех укреплениях и судах, вместо них подняты русские и турецкие, а также произведены салюты адмиральскому флагу. Русские и турецкие войска вошли в крепости. Вечером главнокомандующий с флагманами и командирами русских судов съехал на берег, для слушания благодарственного молебствия в церкви Св. Чудотворца Спиридония. Они были торжественно встречены народом.
В церкви хранились мощи Чудотворца Спиридония Тримифунтского, перенесенные в Корфу с Кипра в 1489 году. Святой считается покровителем Ионических островов. В дни особых торжеств открытые мощи, поставленные на ноги в золотом кивоте, обносились вокруг города. В церкви хранилось много богатых реликвий, в т. ч. драгоценных даров от Екатерины II и Павла I. Вице-адмирал Ф.Ф. Ушаков призвал верующих совершить торжественное богослужение 27 марта в первый день Святой Пасхи в честь освобождения от французов.
Таким образом, блокада, начавшаяся 24 октября, завершилась взятием крепостей и освобождением острова почти через четыре месяца. Уникальность блокады и штурма в том, что они осуществлены с малым количеством десантных войск (невиданный случай), в условиях жестокого недостатка материальных средств и прежде всего – продовольствия. Впервые крепости взяты, по существу, с моря. Блокада острова была организована по всем правилам оперативного искусства. Были реализованы все необходимые мероприятия: овладение ближайшим небольшим портом для создания собственной базы; установление дежурства кораблей в несколько линий; устройство артиллерийских батарей на берегу; пресечение вылазок противника и его общения с местным населением; тщательная подготовка штурма. Все эти меры были хорошо известны Ушакову по опыту второй русско-турецкой войны, по опыту овладения русскими войсками во взаимодействии с флотом в ходе той войны многими крепостями, в том числе, Кинбурном, Очаковым, Измаилом. Вместе с тем, противник сумел за время блокады один раз уничтожить береговую батарею и дважды прорвать морскую блокаду, а также отвлечь отряд кораблей Пустошкина от крепости и тем самым оттянуть штурм. В ходе штурма крепости было продемонстрировано все тактическое мастерство Ф.Ф. Ушакова и его подчиненных. Дело решено в течение одного светового дня.