Дождавшись свои корабли из Венецианского залива, «… соединя все мои силы, – как пишет Ушаков в письме Томаре, – …сделал атаку такую, что вся окольность здешних мест потряслась от страху, все приятели и неприятели имеют к нам уважение… Али-паша теперь кажется беспамятствует от зависти и непонятия, как это случилось и вместо того, чтобы войска его до 2 тыс. здесь стоящие, как мы им объявили, получа от нас благодарность и награждение, возвратились бы в свои места, он начал их сюда умножать присылкою… говоря, что десяти тысяч хочет сюда прислать».
Ясно, что Али-паша хотел участвовать в разделении победы и, если говорить объективно, некоторые основания на то у него существовали. Ведь не смогли же объединенные эскадры без войск за несколько месяцев овладеть крепостями. Ушаков выдвинул на этот счет свой тезис. Вот, если бы Али-паша своевременно прислал 6–7 тысяч войск и крепость была взята с суши, тогда действительно его надо «брать в товарищество». Теперь же крепость взята с моря эскадрами (не совсем точно, если вспомнить, что и с суши был предпринят штурм) и победу следует делить между русской и турецкой эскадрами пропорционально количеству кораблей (у русских 8, у турок 4). Действия эскадр по овладению крепостями Ушаков приравнял к действиям 30 или 50-тысячного сухопутного войска. Таким образом, Али-паше в победе места не находилось (совсем скоро в Неаполе, в Риме, в Анконе не найдется места в победах русским, видно, такие были нравы).
С учетом всех обстоятельств и непосредственное занятие крепостей Ушаков организовал с моря. Он высадил войска с кораблей прямо в крепость. С российской стороны это были «цейхмейстер и кавалер Юхарин с флотскими капитанами и прочими штаб и обер-офицерами до 16 человек, со стороны Блистательной Порты – Патрон-бей (второй адмирал после Кадыр-бея) с разными чиновниками».
Албанские войска ещё некоторое время продолжали оставаться на острове и начали покидать его по требованию уже Кадыр-бея одновременно с отправкой в Тулон французских военнопленных. Для этого в первой половине марта российской и турецкой строной были наняты купеческие суда. Так закончилась Ионическая кампания.
Ионическая кампания стала возможна благодаря формированию на политическом уровне Второй антифранцузской коалиции. Вторая коалиция была задумана ещё Екатериной II в 1795 году, а воплотилась подписанием договоров в декабре 1798 года. Ещё до подписания договоров были сформированы и начали действовать в Средиземном море соединённые русско-турецкие эскадры. В ходе подготовки кампании пришлось решить множество политических и военных проблем. Часто проблемы решались экспромтом, без достаточной проработки последствий.
Содержанием Ионической кампании явились: операции по освобождению островов Цериго, Занте, Кефаллония Св. Мавры; действия части флота по поддержке английской эскадры в ходе блокады французской армии в Египте; блокада о. Корфу; штурм крепостей Корфу. По продолжительности кампания заняла почти 5 месяцев осенне-зимнего времени года. Действия соединённых эскадр охватили Эгейское и Ионическое моря. Овладение островами Цериго и Занте осуществлено последовательными действиями всего флота, а островами Кефаллония и Св. Мавры – одновременными действиями отрядов кораблей назначенных для этого. Остров и крепости Корфу освобождены в результате длительной морской и сухопутной блокады и последующего штурма со стороны моря и суши. В итоге кампании было взято шесть крепостей на пяти освобожденных островах.
В ходе овладения островами недостаток десантных войск компенсировали вооруженные местные жители, которые выступили в поддержку соединённых русско-турецких эскадр. В овладении островом и крепостями Корфу участвовали албанские войска. В ходе блокады острова пришлось преодолеть трудные проблемы снабжения флота и предоставления местными турецкими пашами десантных войск.