Как будто чувствуя затруднения Ушакова, 13 ноября русский посланник в Константинополе формулирует и отправляет главнокомандующему политические инструкции. В своем письме «в высочайшей тайне» он сообщает «намерения высочайшего двора» в кампании – «стараться чем больше раздражать взаимно Порту и Францию». С этой целью предлагалось: соблюдать со своей стороны правила войны в отношении французов и не требовать того же от турок. «Пущай они что хотят делают с французами», в т. ч. нарушают правила капитуляции; оставляя французов на произвол турков, необходимо сохранять приверженность русскому двору греков; постоянно давать чувствовать туркам, что принимают их на островах единственно из уважения к русским. За это они (турки) должны чувствовать себя благодарными русским; «в областях на твердой земле, Али-пашою от французов освобожденных, если не установлены правления принятые жителями или какие вы установили, то требуйте благоприятным образом, чтобы и сие было исполнено». Однако надо учитывать строптивость и непослушность центральным властям Али-паши; по взятии Корфу необходимо стараться, но весьма деликатным образом, ввести в крепость русский гарнизон. «Надо сделать так, чтобы жители оказали сильное отвращение впустить в крепость турков». Надо добиться, чтобы Кадыр-бей и Али-паша просили русских уговорить обывателей разрешить допуск небольшого количества турецких солдат в крепость («несколько человек албанцев-христиан из подчиненных Али-паше и с ними одного или двоих из флотских турков»).
Если такое поведение не удастся, то предписывалось, сначала в крепость ввести небольшое одинаковое количество русских и турецких солдат, а позже под различными предлогами вытеснить турок из крепости. При всем при том предписывалось «… не зародить подозрений и, чтобы сам Кадыр-бей и Али-паша оправдали донесениями своими сюда поступки ваши. Все сиё трудно, но не невозможно…».
Содержание данных инструкций наводит на многие мысли. Оно очень важно для понимания истинных интересов внешней политики России, менталитета российских политиков того времени, дальнейших многих поступков как Ушакова, так и Али-паши и даже Кадыр-бея. Рано или поздно все тайное становится явным. Али-паша уже в начале декабря почувствовал, что интересы России в районе островов не совпадают с его интересами. Кадыр-бей и Порта в целом, как нам представляется, это почувствовали чуть позже, когда эскадра покинула объединенный флот в Палермо.
16 ноября Ушаков и Кадыр-бей выдают «открытый лист» жителям Парги о взятии их под покровительство России и Турции. А всего лишь через десять дней Ушаков обращается к Али-паше с уверениями дружбы и просьбой ускорить присылку обещанных войск для взятия Корфу. Аналогичные письма отправляет Мустафе-паше в Химару и Ибрагим-паше в Авлону. Посылает за войсками суда. Просит присылать войска с провиантом, с пулями и порохом. Однако паши не торопятся. Они присылают войска небольшими группами. К этому времени Ушаков решает нанять несколько сотен албанцев за деньги (10 пиастров в месяц за бойца). К 18 декабря на острове находилось «30 вольных албанцев», 250 человек от Мустафы-паши и 1500 человек, присланных в разное время от Али-паши. Первые несли караул на батарее, остальные предотвращали вылазки французов из крепости. Активная переписка между Ушаковым, Кадыр-беем, Томарой и Али-пашой продолжалась весь январь. Последний явно «выторговывал» свою часть предстоящей победы над Корфу. Сначала, при условии своевременной присылки укомплектованных войск во главе с одним из своих сыновей, Ушаков ему предлагал «товарищество» в победе, позже – не предлагал ничего. Он требовал присылки войск с пулями и провиантом. Однако они медленно прибывали и без того, и без другого, а кроме того, требовали жалованья, в противном случае грозились покинуть остров. К ещё большему несчастью, судно, которое везло из Константинополя полевые орудия для войск, как на грех, по пути сгорело.
Тем не менее, к концу января (27 января) на острове накопилось 4250 человек (2500 человек от Али-паши, 1500 человек от Ибрагим-паши и 250 человек от Мустафы-паши). Как видим, паши, очевидно, «не сговариваясь» выделили в состав эскадры менее половины тех войск, которые должны были поставить. Количество войск до самого штурма крепости уже больше не увеличивалось.
Возникает вопрос, почему же Ушаков уже тогда не предпринял штурма, тем более, что эскадры с таким количеством войск испытывала острую нужду в провианте. Основных причин, скорее всего, три: ждал возвращения из крейсерства отряд Пустошкина; надеялся получить ещё войска; штурм должен был состоятся наверняка в течение короткого времени. Третья причина объясняется тем, что на выполнение задачи эскадры имели только один боекомплект боеприпасов. Израсходовав его и не выполнив задачу, эскадры фактически превращались в торговые суда. Поэтому боеприпасы экономили во время блокады, поэтому так тщательно готовили штурм.