Перед началом первой кампании пришлось решить множество политических и военных проблем, однако некоторые из них не удалось спрогнозировать и решить. Это сказалось на всей последующей эволюции русско – турецких действий. Подготовка к Ионической кампании заняла около месяца, велась она в течение 150 суток. В результате было освобождено семь островов, несмотря на отсутствие достаточного количества десантных войск и скверное снабжение.
Подготовка к Итальянской кампании началась ещё в ноябре 1798 года, а закончилась только в апреле 1799 года направлением в Адриатическое море незначительной части сил флота под командованием А. А. Сорокина. Ввод сил в боевые действия по частям продолжался и в дальнейшем в ходе всей кампании. В самый разгар кампании русско – турецкий флот (соединённые эскадры) распался как единое целое, турецкая эскадра ушла в Константинополь. К концу года силы, оставшихся русских эскадр, действовали в пяти районах: эскадра Пустошкина – у Генуи, эскадра Сорокина – в Неаполе, основные силы под командованием Ушакова направлялись к Мальте, эскадра Войновича находилась в районе Анконы – Триеста, часть небоеспособных кораблей и несколько батальонов войск – на Корфу. При этом корабли и суда в Неаполе, в Анконе и на Корфу были небоеготовы и не могли выйти в море. С оперативной точки зрения российские силы оказались распыленными на огромном пространстве.
По ряду причин действия у Генуи и под Анконой не принесли ожидаемого успеха. В обоих случаях главной причиной стали политические проблемы. Русские осознали, что союзники (австрийцы) хотят использовать их в собственных интересах, отстраняя от общих побед. Проблема была общая для той коалиции и проявлялась неоднократно не только на суше, но и на море.
С конца декабря 1799 года по указу императора Ушаков приступил к свертыванию Итальянской кампании и возвращению всех сил сначала на Корфу, а затем – в Черное море.
Тем не менее, несмотря на политические проблемы Второй коалиции, в ходе проведенных кампаний в течение пятнадцати месяцев (октябрь 1798 года – январь 1800 года) совместными усилиями удалось завоевать господство в восточной части Средиземного моря. Завоеванное господство стало важной частью стратегических действий на открытом Восточном фронте в борьбе с французской коалицией. Оно обеспечило прикрытие со стороны моря южного фланга российско – австрийских войск под командованием Суворова, начавших наступление в Северной Италии весной 1799 года. Благоприятная военно – политическая обстановка позволила незначительными силами русско – турецкого флота, во взаимодействии с неаполитанскими войсками и англо – португальской эскадрой, в короткие сроки освободить Королевство Обеих Сицилий и занять столицу – Неаполь, а в последующем и Рим.
Таким образом у союзников было полное господство во всех морях вокруг Апеннинского полуострова (Адриатическом, Тирренском и Лигурийском), были освобождены Ионические острова и практически вся Италия, прекращены активные действия египетской армии Бонапарта. Объективно на данном стратегическом направлении силы французской коалиции оказались разгромлены, ни одной своей цели они не достигли. С военной стороны были созданы все необходимые условия для заключения победного мира. Однако коалиция распалась и победа была упущена. Как известно, позже Франция восстановит силы и вновь начнет громить бывших союзников поодиночке, а в конечном итоге это приведет к походу Наполеона в Россию.