Сделанное в конце февраля заявление о возможной измене Порты, Ф.Ф. Ушаков подтверждает в одном из редких секретных писем Томаре. В апреле адмирал пишет: «Боюсь я, не уморили бы всю нашу команду с умыслу голодною смертию. Мы теперь совершенно в их руках, и ничто нас спасти не может» (Документы, т.3, док.221). Фёдор Фёдорович четко осознал свою полную зависимость «от них». У него корабли, солдаты и пушки, а «у них» – провизия…
В середине апреля начинает обозначаться новая задача для эскадры. Двор требует от своего посланника в королевстве Обеих Сицилий, чтобы эскадра приняла участие в овладении совместно с англичанами и португальцами островом Мальта. Ушаков понимает, если уйдет к Мальте, турки вообще откажутся снабжать эскадру. Кроме того, его реальная сила – 8 боеготовых кораблей (эскадры Пустошкина и Карцова), а остальные 12 – небоеготовы. Из них 3 – в Анконе, 3 – в Неаполе, 6 – на Корфу. Войска также не сконцентрированы в одном месте. 2 батальона находятся в Неаполе (Бороздина) и 3 – на Корфу (Волконского). От правительства не поступает никаких указаний относительно снабжения эскадры при походе к Мальте. Объективно – положение отчаянное.
В атмосфере неопределённости развития событий, в попытках собрать все корабли на о. Корфу, в настойчивых требованиях к туркам снабжать эскадру проходит май и июнь. Тем временем в пределы Неаполитанского королевства вновь вторглись французы. Однако к началу июля Ушакову становится окончательно ясно, что на этот раз на помощь неаполитанцам он прийти не может. К тому моменту со всей остротой встал вопрос достаточности продовольствия даже для возвращения эскадр в Черное море. И главнокомандующий, так и не дождавшись своих кораблей из Неаполя и Анконы, не дождавшись даже отряда кораблей с продовольствием, отправленных к нему из Николаева, уходит из Корфу к Дарданеллам.
Таким образом, в ходе обеих кампаний в Средиземном море русско-турецкие эскадры испытали невиданные трудности, связанные со снабжением их провиантом, обмундированием, деньгами, материалами для ремонта кораблей. Трудности привели к тому, что экипажи на протяжении более двух лет жили впроголодь, часто лишь на сухарях и «булгаре», выполняя свой воинский долг, связанный с риском для жизни («булгар» – крупа их обработанной кипятком, высушенной и пропаренной твёрдой пшеницы). Они почти не получали обмундирования и денежного жалованья. В результате отмечено большое количество заболеваний и даже смертей. В конечном итоге турецкие матросы взбунтовались в Палермо и помогли своему командованию (?) принять решение об уходе в Константинополь. Русские же держались ещё целый год, но были скованы в своих решениях и действиях, теряя боеспособность и победоносный моральный дух. К началу марта 1799 года (после взятия Корфу) боеспособность эскадр по состоянию кораблей снизилась в 2 раза, а по запасам продовольствия была близкой к нулю. Частично её удалось восстановить только самоотверженными усилиями личного состава и – с опозданием минимум на 2,5 месяца – отправиться в Неаполь.
С приходом эскадры вице-адмирала П.К. Карцова и уходом в Константинополь турецкой эскадры боеспособными оставалось 19 кораблей из 24 кораблей. Наиболее боеспособные при этом оставались корабли эскадры вице-адмирала П.В. Пустошкина. В дальнейшем боеспособность русских эскадр только снижалась.
По возвращении на Корфу в феврале 1800 года боеспособными по состоянию кораблей оставались только 8 кораблей и фрегатов (40 % от общего состава), а 12 – небоеспособны (60 %). Из-за нехватки продовольствия эскадры до самого возвращения в Черное море потеряли реальные возможности выполнять боевые задачи в полном составе. Только эскадры П.В. Пустошкина и П.К. Карцова были способны реально действовать в море. Шесть фрегатов (3 в Неаполе и 3 в Бриндизи) по своему состоянию так и не смогли соединиться с основными силами эскадры и вернуться в Черное море. И тем не менее, русские эскадры под командованием адмирала Ф.Ф. Ушакова выполнили основные задачи, поставленные руководством страны.
К итогам двух средиземноморских кампаний следует отнести факт первого в истории участия российского флота, совместно с английским и турецким, в войне. Российский Черноморский флот впервые в истории оперативным объединением прошел через Босфор и Дарданеллы в Средиземное море. Впервые в качестве союзника был флот недавнего заклятого противника – Блистательной Порты. Впервые объединенный русско – турецкий флот действовал в Средиземном море совместно с флотом владычицы морей того времени – Великобритании.
Группировка – соединённые русско – турецкие эскадры – оказалась наиболее мобильной и боеспособной в начале войны и ещё до заключения союзного договора, до оформления Второй коалиции приступила к выполнению поставленных задач.
За весь период совместных действий было проведено две военные кампании – Ионическая и Итальянская.