На конференции постановили: всю полученную «худую» провизию заменить, в т. ч. деньгами; направить на эскадры требуемое продовольствие на 4 месяца; снабдить эскадры необходимыми материалами для ремонта семи кораблей и трех фрегатов. Примечательно и очень важно, что на той же конференции было решено разместить в Корфу русско-турецкий, а не только русский, гарнизон по 1 500 человек с каждой стороны. Также были улажены вопросы раздела трофеев. Это стало ещё одним подтверждением того, что истинные причины трудностей в снабжении эскадр находились в том числе и в стремлении самих русских отстранить от победы при Корфу турок. Реально это проявилось в отстранении от победы Али-паши, который, можно не сомневаться, сообщал об этом в Константинополь; в недопущении турок в Корфу; в несправедливом, с точки зрения турок, разделе трофеев. Все это находилось в русле тех рекомендаций Двора, которые были даны Ушакову.
В результате обоюдных действий в конце мая Ф.Ф. Ушаков вынужден был констатировать в одном из писем В.С. Томаре, что не может выполнить задачу идти на соединение с Нельсоном: «… без провианта и без денег и с места ступить не можем». Моральный дух личного состава из-за проблем в снабжении резко упал. «Служащие во вверенной мне эскадре претерпели и теперь терпят совершенный голод, во всех недостатках и при всем том беспредельно стараются в исправлении всех полезностей, надлежит их довольствовать так, как охранителей здешних мест, а вместо того довольствуются так худо, что и склавы (рабы – прим. авт.) этого претерпеть не могут. Я из столь худого удовлетворения замечаю только одно уныние, а особо в офицерах, которые… и жалованьесвоёупотребляют на одни порционы (на продовольствие), терпят крайнюю бедность и совсем задолжали; в каждом вижу одно только желание скорее таковую кампанию окончить… все завидуют эскадрам, которые у англичан, сколь превосходно бесподобно там их довольствуют». Почти двести лет спустя, советские моряки в Средиземном море точно так же будут завидовать американским и английским морякам.
Тем не менее, Ушаков к тому времени сумел организовать ремонтные работы своими силами и отправить отряды кораблей для поддержки наступления А.В. Суворова (В.П. Пустошкин) и поддержки восставших в Бриндизи и Манфредонию. (А.А. Сорокин). Сначала были отремонтированы четыре фрегата, затем линейные корабли В.П. Пустошкина, после этого корабли «Св. Павел», «Захарий и Елисовета», «Св. Петр». Три корабля – «Мария Магдалина», «Богоявление Господне» и «Св. Троица» – требовали длительного ремонта. Действия отрядов, особенно высаженных десантных войск, были весьма удачными. Однако, вскоре обстановка, как известно, резко изменилась. Появились сведения о входе в Средиземное море больших сил французов и испанцев. Г. Нельсон просил помощи.
Прийти на помощь немедленно союзные эскадры не могли по нескольким причинам. Но одной из важнейших по-прежнему было отсутствие продовольствия.
Порта к тому времени приступила к выплате денег за поставленное испорченное продовольствие, а также за то, что не сумела поставить. Однако суммы выплат были в 1,5–2 раза меньше тех, которые требовались на закупки не поставленного. Турки «стали играть» на разности цен. Предложенная ими компенсация за непоставленные дрова оказалась настолько мизерной, что главнокомандующий вынужден был от неё отказаться вовсе. Естественно, это в очередной раз, «обидело» и Кадыр-бея, через которого были переведены деньги, и других.
В конце мая Ф.Ф. Ушаков пришёл к печальному заключению: «Снаряжены и отправлены два флота, великих миллионов стоящие, а одно малое количество их содержания сделать может их бесполезными». Много раз в русской истории это будет повторяться и впредь.
Собрав в Корфу все корабли и остатки продовольствия, получив заверения, что из Николаева с продовольствием и материалами направлено несколько судов, а также от Шукри-эфенди о том, что на Корфу будут созданы в ближайшее время запасы продовольствия на 6 месяцев, объединенные эскадры отправились в Мессину. Интересно отметить, что в очередной раз Ф.Ф. Ушаков поверил заверениям турок, хотя столько раз они его уже обманывали. Достаточно было извиниться Шукри-эфенди за сбои в поставках – и русский адмирал «размяк». Он уже «рекомендует» (отмечает в лучшую сторону) турецкого представителя русскому посланнику и просит ходатайствовать о том перед Портой.
В середине августа, уже в Мессине, эскадры нагнало транспортное судно, которое доставило из Николаева сухари. Два другие судна разгружались на о. Корфу. Кроме того, удалось приобрести некоторые продукты в Мессине. Таким образом, на эскадрах были накоплены запасы на полную автономность, т. е. на 4 месяца. Тут, однако, перед главнокомандующим встали новые проблемы. Сначала уход турок, а затем – выбор места зимовки кораблей. Уход турецкой эскадры не только ослаблял боевые силы, но и мог привести к отказу Порты снабжать русскую эскадру вовсе. Со временем первым это осознает русский посланник в Константинополе.