Как известно, в качестве опорной базы в Италии был выбран Неаполь. Здесь находились основные силы русских эскадр. Эскадра В.П. Пустошкина обеспечивалась вблизи района боевых действий. Продовольствие для неё поставлялось, главным образом, из Ливорно.
В октябре месяце вновь возникают проблемы в снабжении эскадр, теперь уже в Неаполе. Особенно остро они встали для эскадры вице-адмирала – П.К. Карцова. Пришлось отправлять на Корфу корабль «Св. Петр» и фрегат «Поспешный» за продовольствием.
В ноябре В.С. Томара сообщает Ф.Ф. Ушакову тревожные сведения, что ему приходится добиваться от Порты согласия «…дабы продовольствие вспомогательной русской эскадры могло без всякого затруднения оставаться на прежнем положении». Вместе с тем он рекомендует накапливать запасы, а также «…удержать при эскадре, вам вверенной, несколько надежных русских транспортов, дабы в нужном случае доставлять посредством оных провиант, ибо на точность в исполнении турков при всех их обещаниях и благонамерениях надеяться невозможно» (Документы, т.3, док.154). По существу, это было предгрозовое послание. Ясно, что в Константинополе турки дали понять – снабжать эскадру, действующую не в их интересах они не будут.
Проблемы снабжения усугубились появлением в подчинении Ф.Ф. Ушакова пяти батальонов русских войск. Три батальона под командованием генерал-майора Д.М. Волконского в Неаполе и два – генерал-майора Бороздина на Корфу. Напомним, что последние были доставлены на о. Корфу из Одессы эскадрой под командованием капитана 1 ранга С.А. Пустошкина 23 ноября. В состав эскадры входили 2 фрегата и 10 вспомогательных судов. На них было доставлено также некоторое количество продовольствия и необходимых материалов. При всем при том, как всегда, порядок довольствования войск заранее не был определен. Задача опять же легла на плечи Ушакова.
Таким образом, к концу 1799 года силы эскадры базировались и снабжались на огромном пространстве: в районе Генуи, в Ливорно, в Неаполе, в Мессине и Палермо, в Анконе и на о. Корфу. Единой централизованной системы снабжения не существовало. Единого источника поставок продовольствия, материалов, денег не было. В конечном итоге это приведет к фактическому «распаду» эскадры на отдельные группы. Контролируемое пространство превратится из непрерывного в точечное. Оба обстоятельства весьма характерны для этапа угасания организационно-технических систем, к которым по современным теоретическим положениям относятся и эскадры.
Возвратившись с основными силами эскадры из Неаполя на о. Корфу, Ушаков обнаружил печальную картину. Оставленные для ремонта корабли из-за отсутствия необходимых материалов до сих пор продолжали ремонтироваться. Запасов продовольствия, на которые так рассчитывал командующий не оказалось. Деньги для самых необходимых нужд получить было негде. Те сухари, которые были завезены на остров – намокли и сгнили. «Вот опять я – пишет Ушаков – в бедственном состоянии от провианта; Боже, избави меня от здешних мест и от столь худого содержания и страдания нашего от голоду; что когда и получаем, все негодное, и ни в одной нации нигде такого худого содержания нет… как я могу располагать и исполнять предписанные мне действия, когда даже не только другого провианта – сухарей нет» (Документы, т.3, док.199).
По возвращении эскадры на о. Корфу, Порта высказала пожелание, чтобы русские направились на перехват французских судов. Однако, как и ранее, Ушаков не мог немедленно отправиться выполнять эту задачу по ряду причин. Во-первых, не получил для этого полномочий правительства. Во-вторых у него практически, не было исправных кораблей. И в-третьих, у него не было провианта. В своем письме к одному из руководителей Порты главнокомандующий прямо заявляет, что пойдет выполнять эту задачу только после того, как получит провиант. Это уже было похоже на ультиматум.
Тут же стало известно, что ещё накануне турецкое правительство дало указание не отпускать совсем продовольствие на эскадру из Мореи. Очевидно, турки действовали по принципу – «не хочешь нам служить, умрешь с голоду». Тут и Ушаков осознает, что эскадра находится в ловушке. Он, наконец-то подозревает возможную измену Порты союзническим обязательствам. Томаре он пишет по этому поводу: «Запрещение доставки к нам провианта и все предвидимые к нам неприязненности в Морее и по албанскому берегу распространившиеся, ясно показывают какую-нибудь к нам перемену (измену – прим. авт.)». У эскадры остается один путь выжить – достать продовольствие военною силой. Наступил кризис. Следует учитывать, что продовольственный кризис наступил на фоне борьбы за конституцию Ионических островов и на фоне экспансии против христианского населения албанского берега местных пашей и, прежде всего, все того же Али-паши в городах Превеза, Парга, Шулия, Химара и др.