В русском штабе и армии поднялось величайшее ожесточение против «проклятого немца» (Фуля), грозившее перекинуться на самого Александра, который в качестве главнокомандующего принимал ответственность за все неудачи. Сестра Александра, великая княгиня Екатерины, уже в июне писала брату: «Я считаю Вас таким же способным, как Ваши генералы, но Вам нужно играть роль не только полководца, но и правителя. Если кто-нибудь из генералов будет дурно делать свое дело, его ждут наказание и порицание, но если ошибку сделаете Вы, вся ответственность падет лично на Вас, и будет уничтожена вера в того, от кого все зависит, кто держит в руках судьбы империи и должен быть единственной силой, перед которой склоняются все. Утрата веры в Государя принесет вреда гораздо больше, чем оставление нескольких губерний. Я знаю Ваш характер: Вы будете страдать из-за одной ошибки и упрекать себя за нее больше, чем другие за тысячу совершенных ошибок…».
В Петербурге ходили слухи, что один из генералов 1-й армии в глаза попрекнул Государя тем, что «необходимо содержать не менее 50 000 войска, чтобы охранять его особу». Наиболее дальновидные головы начали помышлять об удалении царя из армии.
Инициатива в этом щекотливом деле принадлежала государственному секретарю Шишкову. В конце июня он заболел и не мог покидать главной квартиры в Дриссе. «Мысль во время болезни моей о скорой долженствующей на сем месте произойти битве, — вспоминал он, — представлялась мне ежечасно. Безнадежность на успех нашего оружия и худые от того последствия крайне меня устрашали. Несколько дней уже перед сим бродило у меня в голове размышление, что, может быть, положение наше приняло бы совсем иной вид, если бы Государь оставил войска и возвратился через Москву в Петербург».
Все сановники, с которыми Шишков заговаривал о своей идее, соглашались с ним, однако никто не решался взять на себя ее осуществление. Некоторые даже утверждали, что того, кто сделает такое предложение, Государь сочтет «преступником и предателем». В конце концов Шишков сам написал письмо Царю, но медлил с отправкой, не уверенный в том, что Александр прислушается к его мнению.
Этот верноподданнический заговор завершился полным успехом в Полоцке, где к Шишкову явился флигель-адъютант Чернышев, который принес на просмотр приказ Александра войскам. Приказ оканчивался словами: «Я всегда буду с вами и никогда от вас не отлучусь». Прочитав это, Шишков поначалу пришел в полное отчаяние, но вдруг встряхнулся, твердой рукой вычеркнул последнюю фразу и сказал Чернышеву:
— Донесите Государю, что это зависеть будет от обстоятельств, и что он не может сего обещать, не подвергаясь опасности не сдержать данное им слово.
После ухода Чернышева Шишкову пришла в голову счастливая мысль. Он вспомнил, как Александр однажды сказал ему, подразумевая самого Шишкова, Балашова и Аракчеева (последний с началом войны был поставлен управлять военным ведомством): «Вы бы трое сходились иногда и что-нибудь между собой рассуждали». Шишков решил, что его письмо произведет на Царя гораздо более сильное впечатление, если оно будет подписано не одним, а тремя лицами.
Балашов, выслушав Шишкова, сразу согласился с ним. Но Аракчеев колебался. Когда Шишков и Балашов сказали ему, что отъезд Государя в Москву — единственное средство спасти отечество, Аракчеев прервал их:
— Что мне до отечества! Скажите мне, не в опасности ли Государь, оставаясь далее при армии?
— Конечно, — в голос уверили его Шишков и Балашов, — ибо если Наполеон атакует нашу армию и разобьет ее, что тогда будет с Государем? А если он победит Барклая, беда еще невелика!
Тогда Аракчеев подписал письмо и с вечера положил на стол Александру. Три высших сановника Империи всеподданнейше умоляли Государя: «Ежели прямой долг царей есть жить для благоденствия вверенных им народов, то едва ли похвально допускать в одном своем лице убить целое царство… Мы отбытие отселе Государя Императора прежде сражения потому почитаем нужным, что во-первых время не терпит, и на каждый день медления здесь делает великий перевес в делах; во-вторых, если неприятель настигнет, и чего Боже сохрани, одержит знатную поверхность, тогда поневоле должно будет сделать то, на что по доброй воле и к общей всех радости и спасению решиться можно».
Царь утром (6 июля) прочитал письмо и раздумывал над ним целый день. Ближе к вечеру велено было заложить коляску, чтобы ехать через Смоленск в Москву. Это решение далось Александру нелегко. «Я пожертвовал для пользы моим самолюбием, оставив армию, где полагали, что я приношу вред», — признавался он в письме великой княгине Екатерине Павловне.
В этот же день 1-й армии приказано было отступать к Витебску на соединение с армией Багратиона.
На пути к Витебску Барклай дважды отразил наседавших французов; в то же время Багратион, огрызаясь, умело уходил от преследования Даву. 22 июля обе русские армии встретились в Смоленске. План Наполеона бить русскую армию по частям провалился.