Осенью 1620 г. императорская армия соединилась с войсками Лиги и вторглась в Чехию. 8 ноября она встретилась у Белой Горы в окрестностях Праги с армией протестантов, практически равной по численности, но куда хуже организованной. Сражение, сыгравшее роковую роль в чешской истории, продолжалось всего лишь час: солдаты Тилли вклинились в боевые порядки противника, протестанты дрогнули и побежали. Узнав о поражении, покинул страну и незадачливый «король на одну зиму».
Чехия склонилась перед Габсбургами — как оказалось, на 298 лет. Католическая партия с благословения Фердинанда II начала репрессии против всех, кто был хоть как-то причастен к мятежу. По сути дела, наказанию подлежал целый народ, поскольку среди образованных слоев населения большинство принадлежало противникам Габсбургов. В июне 1621 г. на Староместской площади в Праге были казнены 27 дворян — сторонников Фридриха Пфальцского. Сотни людей были арестованы и на долгие годы брошены в тюрьмы. Тысячам семей предоставили выбор между переходом в католицизм и эмиграцией. Не менее четверти свободного (т. е. не связанного крепостной зависимостью) населения — в первую очередь шляхта, зажиточные горожане, представители нарождавшейся интеллигенции, среди них знаменитый чешский ученый и просветитель Ян Амос Коменский, — покинули страну. Всего же за время Тридцатилетнёй войны (точнее, с 1618 по 1654 гг.) население Богемии сократилось с 3 млн. до 800 тыс. человек.
На место изгнанных при содействии королевского правительства приезжали иммигранты из католических стран. Наиболее влиятельные аристократические фамилии, сыгравшие заметную роль в истории чешских земель второй половины XVII — начала XX вв., в большинстве своем имели иностранные корни: немецкие (Лихтенштейны, Шварценберги и др.), испанские (Коллоредо), итальянские (Пикколомини), ирландские (Тааффе), португальские (Силва-Тароука) и др. Уничтожались основы чешской национальной культуры, проводилась политика германизации и католизации покоренной страны. Даже немногочисленные знатные католические семейства чешского происхождения (Кауницы, Чернины, Мартиницы) понемногу утратили чувство национальной принадлежности и были германизированы. Начались два «темных столетия» чешской истории, результатом которых стало почти полное угасание национального самосознания одного из наиболее развитых славянских народов Европы.
Как отмечает польский историк П. Вандич, «победа Габсбургов означала разрушение существовавшего до сих пор политического народа (состоявшего... из крупных землевладельцев, мелкой шляхты и мещанства), который был носителем и хранителем чешской культуры и национальной идентичности. То, что осталось от первых двух сословий, был узкий слой аристократии, усиленный представителями церковной иерархии и в значительной степени чуждый остальному обществу»
