Корпус Кутепова еще успешно сдерживал продвижение советской 8-й армии, но донцы неожиданно отступили, обнажив его правый фланг. Белые добровольцы вынужденно отступили с большими потерями: в жестоком бою у станции Ольгинской вторично была почти полностью уничтожена Марковская дивизия. Произошел всплеск враждебности между добровольцами и донцами: Верховный правитель России А. И. Деникин счел за благо вывести кутеповский корпус из подчинения Донской армии.
Вопрос ухода белых с Кубани уже не обсуждался. 11 марта Добровольческий корпус организованно начал отход к Новороссийску. Кутепов направил главнокомандующему Деникину телеграмму, можно сказать, ультимативного характера с требованием любой ценой сохранить кадры добровольцев для продолжения Белого дела. Речь шла о «подчистке» тылов для пополнения полков на фронте, эвакуации раненых и больных и передачи власти на линии Тимашевская – Крымская – Новороссийская в «исключительное ведение Добровольческого корпуса».
Кутепову поручается оборона портового Новороссийска на время эвакуации белых войск в Крым. Он вводит в городскую черту два батальона 1-го офицерского генерала Маркова полка, в который были сведены остатки дивизии, едва насчитывавшей 350 человек. Порядок в городе стал поддерживаться офицерскими патрулями. 13 марта главнокомандующему Деникину было доложено, что нервное настроение войск не позволяет оставаться в городе и что ночью надо начать эвакуацию.
Эвакуация, так хорошо расписанная в работах историков и показанная в кинофильмах, проходила на кораблях белого Черноморского флота и всевозможных судах гражданского назначения, кораблях стран Антанты. Порядок при погрузке обеспечивался офицерскими ротами корниловцев и дроздовцев.
Очевидец эвакуации белых войск из Новороссийска вспоминал: «На вокзале горели склады, взрывались бронепоезда и снаряды, грабежи складов в городе, большое скопление войск на пристани и массы лошадей, бродящих по городу и возле пристани, – все это говорило о кошмаре и ужасе, которые творились здесь».
Генерал-лейтенант Александр Павлович Кутепов последним из добровольцев, как этого требовал долг, покинул Новороссийск перед рассветом 14 марта. Он прибыл в Крым вместе со своим штабом на миноносце «Пылкий», чтобы там продолжать Белую борьбу.
В Крыму произошла смена главнокомандующего образованной здесь Русской армии. Деникин отправился в эмиграцию, а его место занял барон П. Н. Врангель, который всячески демонстрировал свое расположение к Кутепову и его добровольцам. Добровольческий корпус был пополнен и преобразован. Теперь он состоял из пяти дивизий: Корниловской (ее командир Н. В. Скоблин производится в генерал-майоры), Дроздовской генерал-лейтенанта В. К. Витковского, Марковской генерал-майора А. П. Третьякова, 1-й кавалерийской генерал-майора В. В. Крейтера и 2-й конной генерал-майора В. И. Морозова. Кутеповский корпус вновь стал ударной силой белой армии российского Юга.
Кутепов железной рукой «приводил в чувство» свой корпус. Офицеры за пьянство становились по чину рядовыми. За более серьезные проступки добровольцы отдавались под военно-полевой суд, и немало их было публично повешено на фонарных столбах Симферополя и других крымских городов. Врангелю пришлось вмешаться в кутеповские «фонарные методы» укрепления дисциплины, и военно-полевые суды «поубавили пыл».
Когда врангелевская Русская армия на рассвете 25 мая 1920 года вышла из Крыма и развернула наступление в степях Северной Таврии, 1-й армейский корпус находился на острие атакующего удара. Перед этим его командующий 23 мая лично произвел разведку позиций противника на аэроплане, заняв место наблюдателя. Это было одним из проявлений «кутеповского мужества».
Корпус Кутепова за два дня боев взял 3500 пленных, захватил 25 орудий и 6 бронеавтомобилей. Но победа обошлась белым добровольцам дорогой ценой, ощутимыми потерями в людях. Так, в Дроздовской дивизии выбыли из строя, будучи убитыми или ранеными, все командиры рот и батальонов. К 15 июня поредевший корпус был выведен в резерв главнокомандующего.
Кратковременного отдыха кутеповцы, однако, не получили. Прорвавший фронт красный Сводный конный корпус Д. П. Жлобы был встречен Корниловской и Дроздовской дивизиями, которые винтовочными залпами, огнем пулеметов и пушек обратили конницу противника назад, после чего дроздовцы на подводах повели ее преследование.
В ходе наступательной операции генерал-лейтенанту А. П. Кутепову подчинялись Конный и Донской корпуса, 2-й корпус. Затем главнокомандующий барон Врангель издал приказ о назначении Кутепова командующим 1-й армией в составе 1-го армейского генерал-лейтенанта А. П. Писарева и Донского казачьего генерал-лейтенанта Ф. Ф. Абрамова корпусов. С этими силами тот начал наступление на Александровск (ныне город Запорожье) и Орехово. Приказом главнокомандующего командарм 1-й награждается орденом Святителя Николая Чудотворца 2-й степени.