В Мензелинске Молчанов получил приказ сформировать из всех отрядов, ему подчинявшихся, стрелковый полк. Так в «белой истории» Гражданской войны на Восточном фронте появился 32-й Прикамский стрелковый полк, входивший (формально) в состав Сводной Уфимской (потом – 8-й Камской) дивизии. Но в этой ситуации это был отдельный по местоположению отряд повстанцев, который состоял из вышеназванного полка (три батальона: 1600 штыков при 18 пулеметах), батальона 13-го Уфимского полка, двухорудийной Прикамской батареи, команды конных разведчиков, отдельной пулеметной команды (12 пулеметов), инструкторской (офицерской) роты, лазарета и тыла.
В ходе отступления офицер, на фронте мировой войны командовавший только ротой саперов, стал демонстрировать большие способности военачальника. Эту славу подполковнику В. М. Молчанову принес арьергардный двухдневный бой на реке Белой. Его отряд (уже два полка – свой и полный 13-й Уфимский при 4 орудиях) занимал позицию у села Осянова. Завязав напряженный бой, Молчанов получил донесение, что одна из колонн противника зашла ему в тыл и перекрыла там дорогу. Тогда он приказал своим батальонам внезапно начать общую контратаку, которая увенчалась полным успехом.
Красные оставили на поле боя до 800 убитых, потеряв пленными 280 человек, и пять пулеметов. Потери молчановского отряда составили всего 27 убитых и примерно 150 пленными. После этого белые беспрепятственно отошли на новую позицию, в 12 верстах западнее города Бирска. Деморализованное поражением красное командование в этом районе смогло возобновить преследование только через месяц.
В те дни восставшие Ижевск и Воткинск «доживали» свои последние дни. Командарм Шорин имел восемь полков, отдельный десантный отряд, два бронепоезда и сильную артиллерию. В боеприпасах красные нужды не испытывали. Штурм мятежного Ижевского оружейного завода был назначен на праздничный день 7 ноября, годовщину октябрьского переворота. У ижевских повстанцев закончился порох, и их немногие пушки замолчали. На исходе были патроны, почему замолчали и пулеметы.
Ижевские повстанцы-рабочие знали, что к городу подступили каратели. Когда утром красные начали артиллерийскую подготовку атаки, ижевцы сами пошли вперед. Не имея патронов, они устремились в штыки с песнями, под свою «полковую музыку». Впереди их цепей шли гармонисты, которые не играли бравурные марши. Красные не выдержали: один из азинских полков – 2-й Мусульманский, перебив командиров, обратился в повальное бегство и остановился только в одиннадцати верстах от поля боя, где бросил 2 гаубицы, 4 легких орудия, все пулеметы и возимый с собой запас патронов и снарядов.
Бой в тот день закончился поздно вечером: красным удалось захватить городской вокзал. Сказались стойкость латышских стрелков и обилие боеприпасов. Под прикрытием ночи поредевшие ижевские рабочие полки беспрепятственно отошли к Воткинску. Многие повстанцы уходили с семьями, спасая их от расправы. Воткинск был эвакуирован без боя 13 ноября. Рабочие увозили с собой через Каму, мост через которую был предан огню, даже заводское оборудование.
Полки Ижевской и Воткинской народных армий соединились с белой Уфимской группой войск генерал-лейтенанта С. П. Люпова, который формировал 2-й Уфимский корпус. Ижевцы и воткинцы заняли правый фланг его позиции. Молчановский отряд находился на южном, левом фланге. Так закончилась трехмесячная оборона Прикамья от красных, которую белые мемуаристы не без основания называли героической.
После совершения в Омске переворота в пользу адмирала А. В. Колчака Молчанов официально признал власть Верховного главнокомандующего и правителя России. Его отряд месяц прикрывал Бирск, с боями отступая к городу. Затем вел бой в самом Бирске, оставив его 19 декабря. После этого молчановские полки были отведены в тыл на короткий отдых и пополнение.
28 декабря 1918 года подполковник В. М. Молчанов назначается командиром Отдельной Ижевской стрелковой бригады (два полка), которая в августе следующего года развернется в Ижевскую дивизию 2-го Уфимского стрелкового корпуса. 20 января 1919 года Верховным правителем адмиралом Колчаком он производится в полковники.
Бригада ижевцев насчитывала 7500 человек. Новый командир начал с того, что позаботился об обмундировании стрелков. Ему пришлось бороться с привычкой новых подчиненных обсуждать приказы свыше. Начальником штаба бригады стал капитан А. Е. Ефремов, выпускник ускоренных курсов Академии Генерального штаба, состав которой в Казани перешел на сторону белых. Комбриг нашел в нем верного помощника.
В ночь на 5 марта колчаковская Западная армия генерала М. В. Ханжина перешла в наступление. В течение семи дней ижевцы, не считаясь с потерями, шли вперед, беря с боя одну за другой позиции противника. 13 марта в бою за город Уфу они взяли в плен целый полк красной пехоты. За доблесть два батальонных командира 1-го Ижевского стрелкового полка были награждены Георгиевским оружием. После занятия Уфы бригаду, расстрелявшую все свои патроны, отвели в тыл на пополнение.