Дальше события развивались так, как говорится в Большой советской энциклопедии (3-е издание): Григорий Семенов поднял восстание в районе города Верхнеудинска (теперь – Улан-Удэ, Бурятия) на станции Березовка, положив начало Гражданской войне в Забайкалье. Однако после этого события семеновцам пришлось отступить обратно на станцию Маньчжурия. Наступление на Читу успеха не имело, поскольку «Забайкальский Народный совет», составленный из представителей самых разных общественных организаций, обратился к Семенову с просьбой не наступать. Но вскоре «Забайкальский Народный совет» был разогнан, власть в городе перешла в руки большевистского Совета.
Особый Маньчжурский отряд рос, но только раз получил коллективное усиление, как это было с офицерами и казаками Уссурийской конной дивизии, которая возвращалась домой после участия в неудачном походе генерала Краснова на красный Петроград. Командир дивизии генерал Б. Р. Хрещатицкий становится у Семенова начальником штаба.
При помощи управляющего Китайской Восточной железной дорогой генерала Д. Л. Хорвата и японского командования полковник Семенов вооружает своих людей, набирает новых добровольцев, среди которых особенно много оказалось конников из монгольского племени баргудов. В его отряде в скором времени появляется первая пехотная часть – батальон добровольцев в лице отслуживших солдат японской императорской армии, которым судьба уготовила поселение в Маньчжурии.
В это время Совещание старших начальников забайкальского казачества избрало полковника Г. М. Семенова войсковым атаманом Забайкальского казачьего войска. Он сразу же объявляет мобилизацию, сумев сформировать три казачьих полка, которые многочисленностью и надежностью не отличались. На тот период население Забайкалья к Гражданской войне относилось пассивно, что признавалось и атаманом, и его противниками.
В феврале 1918 года Семенов со своим войском, основу которого составляли два полка конницы, переходит русско-китайскую границу и начинает наступление на Читу. Захватываются станции Оловянная и Адриановка. Однако красные отряды под командованием бывшего прапорщика Сергея Лазо контрударом дают отпор, и семеновцы отступают на все ту же станцию Маньчжурия.
Гражданская война, набиравшая обороты, все больше и больше раскалывала Россию на два враждебных лагеря, заставляя людей делать выбор в пользу красных и белых. К концу весны Особый Маньчжурский отряд включал Бурят-Монгольский конный, 1-й Семеновский и 2-й Маньчжурский пешие полки, два полка монголов-харачен, 2 офицерские и 2 сербские роты.
…В августе 1918 года вспыхивает мятеж Чехословацкого корпуса. Белочехи сразу же становятся союзниками атамана Г. М. Семенова, отряд которого после ожесточенных двухнедельных боев 13–28 июля отступил на станцию Маньчжурия. Во время этих боев у станции Мациевская красные пытались вагоном-брандером, начиненным взрывчаткой и баллонами с удушливым газом, протаранить поезд атамана.
Красные войска отступают из Забайкалья. Семеновская конница в порыве доходит до станции Оловянная: конференция большевиков на станции Урульга принимает решение о переходе к партизанской борьбе в Забайкалье. Семеновцы занимают Верхнеудинск и Читу (ее население тогда не превышало 12 тысяч человек). После этого атаман становится фигурой № 1 среди белых военачальников к востоку от Байкала. Он формирует свое правительство, тесно взаимодействуя с японским командованием. К тому времени Григорий Михайлович по «просьбе своего отряда» принял чин полковника.
В ноябре 1918 года в Омске происходит переворот, в результате которого адмирал А. В. Колчак становится Верховным правителем России. Однако полковник Семенов, имевший под своим командованием до 20 тысяч штыков и сабель, не признал его на этом посту, равно как и власть омского правителя над собой.
Более того, атаман прервал телеграфную связь Омска с востоком и стал задерживать грузы, которые шли от Антанты колчаковской армии по КВЖД и Транссибирской железнодорожной магистрали. Немалая часть из них под угрозой применения силы изымалась семеновцами для себя: оружие, боеприпасы, военное снаряжение, провиант и прочее. Грабеж проходящих грузовых эшелонов и пассажирских поездов впечатлял тех, кто смотрел на такое дело со стороны.
Союзники белой России по Антанте оказались бессильны воспрепятствовать такой насильственной экспроприации своей помощи колчаковской армии. Она, первоначально успешно наступавшая от Урала в Поволжье, получила чувствительный «удар в спину» не от красных партизан Сибири, а от белоказачьего атамана в далеком Забайкалье.
Адмиралу А. В. Колчаку пришлось произвести Григория Семенова в генерал-майоры и назначить командующим создаваемым 6-м корпусом своей армии, а также утвердить в звании походного атамана Дальневосточных казачьих войск – Забайкальского, Амурского и Уссурийского. И еще назначить помощником командующего войсками Приамурского военного округа с правами военного губернатора Забайкальской области.