Волей случая в тот сентябрьский день во Владивосток с делегацией «омского» правительства прибыл председатель Совета министров адвокат П. В. Вологодский, бывший член Государственной думы. Состоялись встречи с ним и командующим Восточной группой войск чехом генералом Р. Гайдой. Итогом этих встреч стало прибытие 13 октября 1918 года при содействии чехов вице-адмирала А. В. Колчака в сопровождении группы морских офицеров в город Омск. Омск уже утвердился как столица Белой Сибири.
К тому времени в Омск из Уфы переехало Временное всероссийское правительство (Уфимская директория) во главе с его председателем правым эсером Н. Д. Авксентьевым и верховным главнокомандующим генерал-лейтенантом В. Г. Болдыревым. В Омске, в котором оказались два белых правительства, начались министерские перестановки.
Вице-адмирал Колчак по прибытии в Омск оказался заметной фигурой на местном политическом небосводе: безупречная флотская репутация, георгиевский кавалер, связи с представителями Антанты и командованием Чехословацкого корпуса (ставшего частью белой Сибирской армии), несомненные ораторские способности, умение поставить себя в обществе, политическая амбициозность. Ознакомившись с ситуацией в Сибири, он уже не думал перебираться на Юг России.
4 ноября 1918 года Временное всероссийское правительство («деловой» Совет министров Уфимской директории) утвердило вице-адмирала А. В. Колчака в должности военного и морского министра. Тот согласился занять этот пост не сразу, а после недолгих раздумий и поисков советов на сей счет.
8 ноября новоявленный министр Омского правительства отправился на фронт. Его сопровождал только что прибывший в Омск английский Мидлсекский пехотный батальон под командованием полковника Дж. Уорда. 9 ноября Колчак прибыл в Екатеринбург, где по такому случаю состоялся парад белых и чешских войск.
На следующий день он в штабе Сибирской армии имел доверительный разговор с ее командующим генералом Р. Гайдой и чешским командующим генералом Я. Сыровой. Те ознакомили военного и морского министра с положением на фронте: в ходе осеннего наступления Красная Армия отбросила белых далеко от Волги, восточнее Перми. В штабе Сибирской армии шла разработка плана контрнаступления: намечалось взять Пермь обратно.
После Екатеринбурга Колчак посетил войска генерала А. Н. Пепеляева, поняв у него, что большинство офицеров открыто высказывают недоверие Директории. После этого он прибыл в Челябинск, познакомился с начальником штаба белочехов генералом М. Е. Дитерихсом, провел беседы с членами Чешского национального совета. Побывал на фронте под Уфой. После этого 17 ноября возвратился в Омск, охваченный «безвластной смутой».
Показательно, что за менее чем три недели своего пребывания в Омске, не имея еще заслуг в борьбе с советской властью, вице-адмирал А. В. Колчак стал одной из ключевых фигур белого правительства. Уфимская (эсеровская) директория отстояла его кандидатуру, считая бывшего командующего Черноморским флотом не только крупным военным специалистом, но еще и «настоящим демократом».
К тому времени в белом стане в Сибири утвердилось мнение о необходимости установления «твердой» государственной власти, во главе которой стоял был человек известный, наделенный диктаторскими полномочиями. Человек, лозунгом которого было бы: «За единую и неделимую Россию».
Многие исследователи считают, что решающее слово «за Колчака» при возведении его на высшую ступень руководства Белым движением сказал один из авторитетных лидеров конституционно-демократической партии (кадетов) В. Н. Пепеляев. Именно он предложил Колчаку от имени Национального центра стать диктатором, на что получил согласие. Пепеляев в ноябре 1919 года стал председателем Совета министров.
18 ноября в Омске произошел так называемый «государственный переворот», который в советское время безоговорочно называли «колчаковским». Однако факты опровергают мнение, что Колчак имел к нему прямое отношение. Как же обстояло дело с «переворотом»?
Утром того дня собрался Совет министров директории. Было объявлено об аресте казаками из отряда есаула Красильникова эсеров Авксентьева и еще трех лиц. Эсеровская боевая дружина была разоружена сибирскими казаками. В ходе прений посчитали, что власть Уфимской директории в Омске свергнута и встал вопрос о передаче всей полноты власти одному человеку – «диктатору». Кандидатур было названо три – Колчак, генералы Болдырев и Хорват.
Право на участие в голосовании имели 15 членов Совета министров. За вице-адмирала А. В. Колчака было подано 14 голосов, за генерала Г. В. Болдырева, главнокомандующего войсками Уфимской директории – один голос. За харбинского Хорвата никто не проголосовал.
Так 18 ноября 1918 года Александр Васильевич Колчак, повысившись в чине до полного адмирала, стал Верховным правителем России, главой Белого дела в идущей Гражданской войне. Титул и производство в полные адмиралы были утверждены Советом министров в тот же день. Армия Уфимской директории, теперь уже бывшей, признала новую власть в Омске.