Усиление отпора и остановка сибирских войск белых в районе Перми заставили высших офицеров Чехословацкого корпуса и их начальников в Праге реально оценить ситуацию на востоке России, собственные силы и реальные возможности. Военный министр Чехословацкой республики генерал Штефанек издал приказ, по которому всем частям Чехословацкого корпуса предписывалось покинуть линию фронта Гражданской войны в России и передать свои позиции колчаковским войскам. Но до ухода белочехов из Сибири требовалось время. В любом случае адмирал Колчак терял с их уходом надежных в войне союзников.
В самом конце 1918 года адмирал Колчак из своих войск образовал Русскую армию, став ее главнокомандующим. Его приказом из прежней Екатеринбургской группы войск создается Сибирская отдельная армия второго формирования, которой последовательно командовали генералы А. Ф. Матковский, чех Р. Гайда и М. К. Дитерихс.
Генерал Гайда в начале мая 1919 года довел численность вверенной ему Сибирской отдельной армии до 130 тысяч человек. Ему вместе с генералом Пепеляевым удалось удерживать Пермь до середины 1919 года, несмотря на все атакующие усилия пополненных значительными резервами красных 3-й и 2-й армий (они имели заметный перевес над противником по числу орудий и более чем двойное в пулеметах).
Переформирования сибирских белых войск во многом отличались от подобных переформирований деникинских Вооруженных сил Юга России. Выражалось это и в названиях воинских частей. Так, 15-я Воткинская стрелковая дивизия состояла из четырех полков: 57-го Воткинского заводского «17-го августа», 58-го Сайгинского «Имени Чехословаков», 59-го Осинского «Имени Минина и Пожарского» и 60-го Воткинского «Имени Союзных держав».
Первые успехи наступающей на Урал и дальше к Волге (были взяты важные по своему местоположению крупные города Самара, Симбирск, Казань) белой Русской армии способствовали признанию адмирала А. В. Колчака военным лидером всего Белого движения. Уже 26 мая 1919 года бывшие союзники старой России по Антанте известили Верховного правителя России о том, что они согласны поставлять ему оружие, боеприпасы и продовольствие и в ряде случаев свои войска, но без их прямого участия в действиях на фронтах.
Антанта стала оказывать Верховному правителю России помощь войсками: Сибирь, Забайкалье, Дальний Восток познали иностранную интервенцию. Там находилось до 25 тысяч чехословаков (как часть армии Франции), 36 тысяч японцев (преимущественно в Забайкалье), около 5 тысяч американцев, около 3 тысяч англичан и канадцев (Канада являлась доминионом Великобритании), более 1 тысячи французов, а также воинские части из поляков, сербов, итальянцев, румын. Но практически все иностранные войска находились в тылу, не принимая активного участия в боевых действиях, что не касалось белочехов и борьбы с партизанами в Приморье.
Следует заметить, что союзническая помощь Антанты адмиралу А. В. Колчаку была далеко не безвозмездной. Она осуществлялась через займы или непосредственно под залог части золотого запаса Российской империи, вывезенного белыми из Казани, где этот запас временно хранился. Общая номинальная стоимость запаса превышала 650 миллионов золотых рублей, на оплату же военных поставок от союзников правительство Колчака израсходовало около 242 миллионов рублей золотом.
За два с половиной месяца весны 1919 года в наступательных операциях белые нанесли ряд тяжелых поражений Красной Армии и продвинулись в западном направлении на 150–430 километров, однако крупные оперативно-стратегические просчеты, допущенные белогвардейским командованием, не позволили армиям Колчака развить достигнутый успех. Последовало ответное контрнаступление советского Восточного фронта, и колчаковцы были отброшены от Волги в предгорья Урала на 350–400 километров.
К лету 1919 года советское командование после проведения ряда мобилизаций имело в строю на Восточном фронте около одного миллиона человек. Оно успешно провело в июне – июле Пермскую операцию, после чего были заняты города Кунгур, Нижний Тагил, Екатеринбург. Река Кама была форсирована при содействии кораблей Волжской военной флотилии.
Затем белым пришлось оставить Урал и понести тяжелые поражения в боях на реках Тобол и Ишим, хотя первоначально они пытались вырвать инициативу из рук неприятеля. Осенью 1919 года колчаковские войска потеряли до половины своего состава – убитыми, ранеными и больными, пленными и дезертирами.
После отступления разгромленных колчаковских армий с Урала Восточный фронт белых, по сути дела, распался. В «столичном» Омске произошло восстание, подготовленное подпольщиками-большевиками, но оно было быстро и жестоко подавлено. 10 ноября 1919 года правительство адмирала А. В. Колчака оставило столичный Омск, в который через четыре дня вошли красные войска. После оставления Красноярска армии Колчака как единой силы уже не существовало.