В приграничных районах Санкт-Галлена и Базеля массовое бегство из Австрии еще больше усугубило положение еврейских организаций. Только в Базель в первые недели августа ежедневно прибывало из Третьего рейха от 30 до 50 евреев, большинство из которых не имели никаких средств к существованию и не могли оплачивать питание и проживание или продолжить путешествие. Базель был известен своей либеральной политикой еще в предвоенное время и отказался отправлять беженцев обратно в Германию, как этого требовали федеральные власти. Вместо этого полиция Базеля терпеливо относилась к членам еврейской организации помощи, помогавшим беженцам пересечь границу с Францией. Хотя эта практика не была официально одобрена, она основывалась на прежних договоренностях с французским супрефектом в Мюлузе, который ежедневно принимал до шести беженцев и вместо наказания за нелегальный въезд амнистировал их. Это стало невозможным после того, как 18 августа 1938 года Франция закрыла свои границы. Таким образом, присутствие в Базеле растущего числа беженцев вскоре превысило возможности еврейской общины по их размещению в частных домах. Руководители общины были вынуждены обратиться за помощью к местным властям. В результате в городе было организовано массовое размещение беженцев в лагерях, которые управлялись и финансировались организациями по оказанию помощи, но формально находились под контролем местных полицейских властей. Аналогичное решение было найдено в Санкт-Галлене. Взяв на себя расходы еврейской общины, власти кантона открыли лагерь для беженцев на пустующей фабрике в Дипольдсау, в котором могли разместиться до 300 человек. Эти места массового размещения с жестким дисциплинарным режимом стали «первыми ласточками» лагерной системы, которая стала пристанищем для большинства беженцев после 1940 года.
Растущая зависимость от официального согласия делала еврейскую общину уязвимой для политического давления, и Генрих Ротмунд без колебаний воспользовался этой ситуацией. На встрече в августе 1938 года он заявил лидерам общины, что количество беженцев, которые будут приняты в будущем, полностью зависит от способности и желания частных агентств по оказанию помощи поддержать их. В ответ на такое давление еврейская община была вынуждена организовать в 1938 году три акции по сбору средств. Через несколько дней после этой встречи, 19 августа 1938 года, федеральное правительство все же закрыло границу и ввело войска, чтобы отразить «нашествие беженцев». Солдаты и пограничники безжалостно отправляли обратно перехваченных беженцев и часто передавали их немецкой полиции, прекрасно понимая, какие последствия это будет иметь для несчастных. Различные отчеты свидетельствуют о постепенной дегуманизации. Пограничники, как говорят, вели себя с беженцами как со скотом и били их прикладами винтовок, чтобы не дать пересечь границу. То, что когда-то начиналось со слов «нежелательные элементы», стало делом. Впрочем, другие пограничники, полицейские и военные, ежедневно сталкивающиеся с бедой беженцев, выражали возмущение по поводу все более жестоких методов, применяемых по обе стороны границы. Они сомневались в том, что закрытие границы вообще возможно, поскольку беженцы пытались попасть в страну любой ценой, в условиях смертельной опасности и зачастую после того, как их отправляли обратно до пяти раз. В качестве причины, подчеркивающей их сомнения, они также приводили то, что отчаявшиеся беженцы рассказывали им на допросах: евреи из Вены, было сказано в одном из отчетов, «говорят, что у них есть только три варианта: покинуть Германию, концентрационные лагеря или самоубийство».
Одним из таких несогласных был Пауль Грюнингер, капитан полиции Санкт-Галлена, который уже давно выступал против жесткой позиции федеральных властей. Вместе с несколькими своими людьми, зарабатывавшими контрабандой, он активно помогал беженцам пересечь границу после ее закрытия в августе 1938 года. Грюнингер закрывал глаза на незаконную деятельность и фабриковал отчеты, чтобы беженцы не были высланы. По оценкам, он спас до тысячи или даже больше еврейских беженцев из Австрии. Однако к концу 1938 года, когда слухи и обвинения против него стали множиться, начальство отказалось от его защиты, что стоило Грюнингеру работы, карьеры и репутации.
