После того как 18 августа началось советское наступление на Миус-фронте, 13-я танковая дивизия была переброшена из Крыма на Миус-фронт. Когда фронт на Миусе был прорван, германские войска отступили в район Мелитополя и Запорожье. Возникла угроза, что Крым будет отрезан со стороны материка, и тогда оборона Таманского полуострова теряла смысл. 7 сентября началась эвакуация Кубанского плацдарма. Во время эвакуации советские войска безуспешно пытались прорвать фронт, чтобы выйти к Керченскому проливу раньше, чем эвакуируемые германо-румынские войска. Эвакуация продлилась месяц. За это время через пролив было переправлено более 227 00 человек со всем вооружением и снаряжением, 100 00 т военных грузов и оборудования, а также все вооружение и транспортные средства и лошади[621]. Для эвакуации использовались более 30 быстроходных десантных барж, а также малые суда 86-го десантно-переправочного батальона в Керчи. БДБ могли проводить погрузку прямо с пляжей. Для того, чтобы из Керчи добраться до Анапы, требовалось 5 часов, а до Тамани — всего час. Конвой из 3 барж за рейс мог эвакуировать батальон с вооружением. Эвакуация прикрывалась румынским флотом и минными полями вблизи Керченского пролива. Советские ВВС также не смогли помешать эвакуации. Советские бомбардировщики A-2 °C «Boston» и Ил-4 в это время сосредоточились на минировании устья Дуная, а в Керченском проливе сбросили только 4 мины. 6 октября германские пикировщики потопили лидер «Харьков» и эсминцы «Беспощадный» и «Способный», возвращавшиеся после обстрела крымского побережья. После этого вышел приказ, разрешавший использовать крупные надводные корабли Черноморского флота только с санкции Ставки. Но и ранее командующий Черноморским флотом адмирал Л. А. Владимирский не рискнул использовать свои крейсера и эсминцы для того, чтобы воспрепятствовать эвакуации 17-й армии через Керченский пролив. А поскольку эвакуация шла по ночам, торпедные катера и подводные лодки, не имевшие радаров, не могли найти цели. 26 сентября 4 морских охотника перехватили 4 БДБ, но проиграли артиллерийскую дуэль, в ходе которой один охотник был тяжело поврежден. 28 сентября 4 германских торпедных катера перехватили группу советских тральщиков и потопили 2 из них. 29 сентября 2 советских торпедных катера перехватили 2 германских тральщика, но были повреждены и вынуждены были отступить. Германские береговые батареи не позволяли советским судам минировать Керченский пролив, к тому же у Черноморского флота был дефицит контактных мин. ВВС Черноморского флота не смогло сконцентрировать свои силы на Керченском проливе, хотя им и удалось потопить торпедный катер S-46 и тральщик R-30 у побережья Крыма. Действия же люфтваффе облегчались наличием в Крыму радара раннего предупреждения «Фрея». Практически эвакуация 17-й армии не встретила серьезного противодействия советской авиации и флота[622]. Всего было эвакуировано 227 494 военнослужащих (в том числе 177 355 германских), 74 танка и штурмовых орудий, 21 230 грузовиков, 1815 артиллерийских орудий, 73 000 лошадей и 115 477 тонн грузов[623].
По мнению Р. Форчика, для кригсмарине эвакуация Кубанского плацдарма в условиях господства на море советского флота, а в воздухе — советской авиации стала «достижением, которое стоит рядом с эвакуацией Дюнкерка как по масштабу, так и по своему влиянию» на ход войны. Также, по его мнению, в сражении за Кубанский плацдарм «воздушная мощь играла столь же решающую роль, как и Нормандии в 1944 году»[624].
В боях за Кубанский плацдарм с 1 февраля по 9 октября 1943 года немцы потеряли 57 499 человек, в том числе 15 499 убитыми и пропавшими без вести. Потери румынских войск составили 9688 человек, в том числе 2404 убитыми и пропавшими без вести. Потери Северо-Кавказского фронта Р. Форчик оценивает в 471 932 человека, в том числе более 119 000 безвозвратно[625]. Оценка Форчика базируется на книге Г. Ф. Кривошеева. Там безвозвратные потери Северо-Кавказского фронта с 24 января по 20 ноября 1943 года составили 129 304 человек, в том числе убитых и умерших от ран на этапах санитарной эвакуации 99 492 человека, и пропавших без вести 23 876 человек. Еще 5936 человек приходится на небоевые безвозвратные потери. Кроме того, фронт потерял 286 504 раненых, контуженных и обожженных, 89 756 больных и 3725 обмороженных. В Керченско-Эльтигенской операции c 31 октября по 11 декабря 1943 года потери Северо-Кавказского фронта составили 6985 убитых и пропавших без вести и 20 412 раненых[626]. Вычитая из общих безвозвратных потерь потери в Керченско-Феодосийской операции, получим безвозвратные потери в 122 319 человек. Если исключить отсюда небоевые потери, останется 116 403 убитых и пропавших без вести.