Во-вторых, вложив огромные средства в развитие Маньчжурии, Россия в то же время крайне мало внимания уделяла стратегическим возможностям собственных дальневосточных территорий. Историк А.А. Керсновский писал: «Не было смысла захватывать чужие земли, когда собственные оставались втуне. Мы набросились на каменистый Ляодун, пренебрегая богатейшей Камчаткой. Мы затратили огромные деньги на оборудование китайской территории и оставили в запустении искони русский край непочатых сил от Урала до Берингова моря. Имея богатейший в мире Кузнецкий угольный бассейн, мы не тронули его и стали разрабатывать за тридевять земель в чужой стране Янтайские копи. Имея лучшую стоянку на Тихом океане – Петропавловск, мы зачем-то пошли в порт-артурскую мышеловку… И даже в нашей непоследовательной политике мы не сумели быть последовательными: взяв китайские земли, мы не подумали их прежде всего укрепить, принесли Порт-Артур в жертву Дальнему».
В-третьих, Россия не смогла своевременно отреагировать на изменения границ войны, которые расширились далеко за пределы театра военных действий. Но, в отличии от предыдущей войны 1990–1901 годов, Япония сделала многое, чтобы подорвать мощь России изнутри, спровоцировав в стране широкомасштабные вооруженные выступления антиправительственных националистических партий и организаций. Вооружение и финансирование этой «пятой» колоны, предназначенной для действий вдалеке от Маньчжурского ТВД, стало актом активного вмешательства иностранного государства во внутренние дела России, противодействовать которому официальные петербургские власти не были готовы. Была успешно проведена специальная операция по финансированию и вооружению националистических антиправительственных партий Финляндии и Грузии. В то же время сама российская сторона не смогла предпринять адекватные меры в отношении Японии. В результате невидимые границы войны с официального ТВД были передвинуты на территорию Российской империи, вызвали там революционные беспорядки, причинив немало бед стране и в определенной мере предопределив ее последующую судьбу.
В-четвертых, проявилась несостоятельность российской военной науки, особенно ее высших составных частей – стратегии и оперативного искусства. В стратегическом планировании и ведении войны не просматривалась четкая система использования сухопутных войск и флота для победы над врагом. Каждый вид вооруженных сил действовал самостоятельно. В ходе войны был образован фронт, состоявший из трех армий, которые также использовались без четкого единого плана, что приводило к распаду фронтовой операции на армейские, а последних – на корпусные и дивизионные. В результате военные действия зачастую распадались на отдельные бои частей и даже подразделений, не объединенные единым оперативно-стратегическим замыслом и не способные повлиять на ход и исход войны.
В-пятых, постоянно ощущался низкий уровень профессиональной подготовки высшего командного состава российской армии и флота. «Большинство старших начальников маньчжурских армий были, подобно Куропаткину, представителями упадочной эпохи русской армии», – пишет Керсновский. И продолжает: «Отрицательной величиной являлся маньчжурский Пфуль – Харкевич… автор удивительного плана войны «под Барклая». Генерал Каульбарс имеет право на признательность энергичным подавлением смуты. Командующим армией он был посредственным, и то же можно сказать о Бильдерлинге. Большинство командиров корпусов и начальников дивизий были бесцветны и ничем себя не проявили».
Ненамного лучшей была боевая подготовка старших офицеров и боевая слаженность войск. В результате проведенной инспекции в одном из отчетных документов отмечалось: «Осмотренные мною части… должны быть признаны недостаточно подготовленными для действий в составе отрядов из нескольких рот и сотен. Учения нескольких рот и сотен проявили в большинстве случаев недостаточное знакомство старших офицеров с делом обучения подчиненных их командованию частей».