В конце марта – начале апреля 1905 года в эмиграции развернулась работа по закупке оружия, которой руководили Циллиакус и Деканозов. В июне в Гамбурге Циллиакус приобрел 2,5–3 тысячи револьверов «Веблей» с патронами. Затем в Швейцарии Деканозов закупил около 25 тысяч снятых с вооружения винтовок и 4 миллиона патронов. Треть винтовок и чуть больше четверти боеприпасов предполагалось направить в Россию через Черное море и Кавказ, остальные – через Балтику и Финляндию. Для их доставки были закуплены две паровые яхты и 315-тонный пароход «Джон Графтон». На нем в начале сентября часть оружия и боеприпасов были доставлены в Финляндию, но большинство груза погибло вместе с пароходом на каменной отмели вблизи Якобстадта. Так неудачно завершилась попытка вооружения финляндских революционеров японцами.
Для доставки оружия на Кавказ был куплен 597-тонный пароход «Сириус». Он вышел из Амстердама 22 сентября 1905 года, имея на борту 8500 винтовок «Веттерлей» и около 2 миллионов патронов. Через два месяца груз был перегружен на четыре баркаса неподалеку от Поти, которые устремились в заранее намеченные места побережья. Один из них ночью в потийском порту был внезапно атакован местными пограничниками, но, несмотря на это, в город удалось переправить свыше 600 винтовок и 10 тысяч патронов. Второй баркас был задержан пограничниками в море вблизи местечка Анаклия. С него властями было снято 1200 винтовок и 220 тысяч патронов. Однако часть оружия и боеприпасов команде еще ранее удалось выгрузить в районе Редут-Кале. Судьба оружия, разгруженного с третьего баркаса в окрестностях Гагр, до конца не известна. Известно лишь, что часть груза (900 винтовок) была спрятана в имении князя Инал-Ипа, а другая перевезена в Сухуми. Оружие с четвертого баркаса было выгружено неподалеку от Батуми и переправлено в ряд населенных пунктов Кутаисской губернии. В итоге большая часть груза парохода «Сириус» попала по назначению.
Таким образом, во время Русско-японской войны японское правительство применило новую форму борьбы в виде специальной операции, целью которой была активизация антиправительственных выступлений, в том числе и вооруженных восстаний, на территории противника. Средством проведения этой операции были выбраны оппозиционные революционные партии, прежде всего националистического уклона. На их деятельность за годы войны было передано около миллиона иен (по современному курсу 35 миллионов долларов)
Неудачи преследовали русскую армию. 20 декабря 1904 г. (2 января 1905 г.) капитулировал гарнизон Порт-Артура. За время героической обороны крепости русские войска потеряли 10 634 человека убитыми и умершими от ран, 24 146 ранеными, что составляло более 60 процентов от общей численности гарнизона. При этом потери японцев составили около 110 тыс. человек убитыми и ранеными. Попытка вернуть стратегическую инициативу в сражении у Сандепу в середине января 1905 года успеха не имела. В феврале русская армия потерпела тяжелое поражение в Мукденском сражении и отступила на Сыпингайские позиции. В мае у острова Цусима японский флот разгромил российскую эскадру вице-адмирала З.П. Рожественского, что окончательно утвердило господство противника на Тихом океане.
Военные неудачи на суше и море вынудили российское правительство искать другие пути урегулирования военного конфликта. 24 июля (6 августа) 1905 года в американском городе Портсмуте начались мирные переговоры. С российской стороны их вел председатель комитета министров С.Ю. Витте.
Переговоры шли трудно. Условия, первоначально выдвинутые японцами, предусматривали передачу им Сахалина, Камчатки, Уссурийского края, Приморской области, Квантунского правительства со всеми его сооружениями и выплату Россией контрибуции в размере 3 млрд руб. С.Ю. Витте счел эти требования неприемлемыми. Начались дипломатические «торги», которые продолжались в течение месяца. Наконец, 23 августа (5 сентября) мирный договор был подписан. Россия признала за Японией преобладание ее интересов в Корее, уступила ей право на аренду Квантунского п-ва с Порт-Артуром и Дальним, передала без оплаты Южную ветку КВЖД от Харбина до Порт-Артура со всем имуществом и южную часть Сахалина. Прямой материальный ущерб, понесенный Россией в ходе войны, составил 2294,9 млн руб. Людские потери русской армии и флота достигли 270 тыс. человек.
Таким образом, в годы Русско-японской войны наша страна, в отличие от противника, противопоставила японской стороне почти только военные средства борьбы, которые реализовывались на линии соприкосновения сторон. Война велась за пределами территории империи и с обеих сторон носила характер колониальной, преследующей интересы слишком узкого круга лиц.
Русско-японская война завершилась поражением России и показала отсталость и косность ее политической и военной стратегии по сравнению с хорошо подготовленным противником. Причин поражения было несколько.
Во-первых, в российских правительственных кругах ни Японию как государство, ни тем более японскую армию не воспринимали в качестве серьезного военного противника.