3 февраля командующий Заамурским округом Отдельного корпуса пограничной стражи в очередной раз сформулировал задачу, стоявшую перед пограничными войсками в случае начала войны. В телеграмме генерал Чичагов указывал: «Его Императорское Величество через министра финансов… возложил на чинов вверенного мне Заамурского округа бдительно охранять дорогу. Потрудимся же все от мала до велика оправдать доверие нашего Верховного Вождя…»
Особое внимание уделялось охране железнодорожных мостов. Они оборудовались окопами и землянками, где размещались постоянные караулы. В помощь пограничникам были выделены офицеры-саперы. Для взаимного оповещения постов установили специальные сигнальные шесты с промасленной соломой на конце, которые в случае опасности поджигались.
Принятые меры дали положительные результаты. В подавляющем большинстве случаев диверсантов противника на подходах к мостам пограничники встречали огнем. Так, в ночь на 9 июня 1904 года один из мостов, расположенных южнее Мукдена, подвергся нападению отряда из 200 хунхузов, возглавляемого японским офицером. Нападавшие были встречены огнем девяти стражников, которыми командовал унтер-офицер Ткаченко. В течение двух часов горстка храбрецов вела неравный бой с превосходящими силами противника и смогла удержать охраняемый объект до прибытия подкрепления. Диверсанты отступили, оставив на поле боя 26 трупов. Среди оборонявшихся было 2 убитых и 6 раненых. Все защитники моста за проявленные героизм и мужество были отмечены знаком Военного ордена 4-й степени.
С началом войны агентурные сведения о японской армии в штаб наместника Е.А. Алексеева поступали от военных агентов, работавших в Корее и Китае. Но зачастую они там и «зависали» не доходя до войск. Причиной этого были плохие личные отношениями между Алексеевым и командующим Маньчжурской армией генералом А.Н. Куропаткиным. Только после назначения последнего в октябре 1904 года главнокомандующим сведения стали поступать непосредственно в его штаб. Но трудность оставалась в том, что чиновники МИДа, Министерства финансов и военные агенты из европейских стран добытые разведывательные сведения направляли своему начальству в Петербург, и они нередко не доходили не только до штаба действующей армии, но и до Военного министерства.
В самой Маньчжурской армии разведкой ведал полковник Генерального штаба А.Д. Нечволодов, который в 1904 году был назначен военным агентом в Корею, но не успел доехать к месту службы. В конце апреля того года он командировал в Японию трех тайных агентов из числа иностранцев – Шаффанжона, Барбье и Мейера, которые посылали в штаб армии информацию кружным путем через Европу. Она, как правило, устаревала.
С конца июня 1904 года организация агентурной разведки была поручена генерал-майору Генерального штаба В.А. Косаговскому, которому был подчинен и Нечволодов. Но на организацию разведки была выделена мизерная сумма в 50 тысяч рублей. Кроме того, на пути плодотворной работы этих людей также стоял субъективный фактор – вражда к Касаговскому генерал-квартирмейстера Маньчжурской армии генерала В.И. Харкевича. По этому поводу начальник разведки писал в своем дневнике: «Владимир Иванович Харкевич боялся, как бы я не стал ему поперек дороги, и употребил все от него зависящее, чтобы затормозить мне это дело. И, увы, он благополучным образом достиг этой гнуснейшей цели на пагубу русскому делу. Харкевич не только не дал мне ни одного способного офицера Генштаба, но еще и подставлял всюду ножку, подрывая мой престиж и восстанавливая против меня Куропаткина, Сахарова и вообще весь штаб».
Японцы действовали более удачно. После сражения под Мукденом в начале 1905 года им удалось захватить часть штабных обозов с делами разведывательного отделения русской армии. В результате этого практически все русские агенты, работавшие в Японии, оказались под угрозой провала. Многих из них пришлось отозвать, в том числе и журналиста Бале. Источники информации пресеклись.
Непосредственно в армии разведка работала неэффективно и исключительно в интересах главного командования. До 26 октября 1904 года штабы корпусов и дивизий от вышестоящих инстанций не получали никакой информации о противнике. Затем, после разделения армии на три оперативных объединения, каждое из них обзавелось своим разведывательным отделением, взаимодействие между которыми также не было налажено. Школа по подготовке агентов из китайцев была создана только в мае 1905 года, но возглавивший ее редактор одной из местных газет в деле разведки был полным профаном. Поэтому эта школа не оправдала возлагавшихся на нее надежд и через два месяца была закрыта.