Целых три месяца, используя всевозможные средства, от него пытаются добиться приказа его последним сторонникам: оставить пока еще занимаемые ими города Романьи. В Форли до сих пор сопротивляется Гонзальве де Мирамонте. И только 10 августа, добившись выдачи заложников и убедившись, что обещанные 15 000 дукатов переданы на хранение в один из венецианских банков, он выходит из крепости с опущенным копьем во главе своих 200 лучников в полном боевом вооружении. Знамя Чезаре развевается на ветру. Со всех сторон раздаются крики: «Герцог! Герцог!» На церемонии сдачи крепости присутствуют папский губернатор и дворянин, посланный Лукрецией. Так заканчивается господство Чезаре в Романье. Повсюду преследуют и уничтожают сторонников Чезаре, особенно в Камерино и Пезаро. Чезаре далеко и бессилен что-либо предпринять. Казалось бы, в 29 лет его карьера окончательно погублена.
Судьба самого Чезаре всецело зависит от Их Католических Величеств. Они настроены крайне враждебно. Они прекрасно помнят, что он является другом французского короля, их злейшего врага, и папа, поддержка которого им нужна, его ненавидит. Они уже дали указания своему послу в Риме, как только узнали, что Чезаре нашел приют в Неаполе: «Мы с крайним неудовольствием узнали о приезде герцога, и не только из политических соображений. Вы знаете, что этот человек своими преступлениями приводит нас в ужас, и у нас нет ни малейшего желания, чтобы человек с такой репутацией считался состоящим у нас на службе, даже если он передал нам свои крепости, людей и деньги. Мы написали Гонзальве Кордуанскому, герцогу Террановы, чтобы он направил герцога к нам, предоставив ему две галеры, — так он не смог бы сбежать; или же Гонзальве мог бы его направить к императору Священной Римской империи; или во Францию к жене. Пусть Его Святейшество узнает, как горько для нас сознавать оскорбление, которое было бы нанесено ему, если бы герцог де Валентинуа был принят в Неаполе, и пусть не сомневается, что герцог там не найдет пристанища и не сможет переехать в другие провинции, где он мог бы смутить покой Его Святейшества».
Испанские суверены считают, что нарушение обещания выдать пропускное свидетельство и арест Чезаре оправдывают тот факт, что не все города Романьи были переданы папе. Но когда выполнены и эти условия, они находят еще один предлог, чтобы удерживать Чезаре в заключении. В их собственном королевстве герцогиня Гандийская, вдова дона Хуана, возбуждает дело против своего шурина. Она обвиняет его в убийстве своего мужа и герцога Бисельи. Следовательно, Чезаре должен быть осужден в Испании. 20 августа его переводят из Шато-Неф в Искья, а потом везут на корабле под охраной его злейшего врага Просперо Колонны. Для пущей безопасности галера окружена целой флотилией.
В Риме наконец свободно вздохнули. Франция возмущена: ведь было условлено, что Чезаре будет освобожден, если отдаст Форли. «Слово испанского короля, как и карфагенская вера, не имеет никакой ценности!» — восклицает Людовик XII. Но все это лишь слова.
В сентябре 1504 года Чезаре ступил на берег Грао де Валенсия, откуда 75 лет назад уехал Алонсо Борха, заложивший основы величия его семьи. Бывший кардинал Валенсийский проехал по практически неизвестному ему городу, его бывшей епископской резиденции. Его заключили в крепость Чинчиллы, на горе, в 20 километрах на юго-восток от Альбасеты. Сначала заключение держалось в тайне, в его распоряжении был только один слуга, но со временем, но приказу короля, к нему были приставлены еще восемь слуг благодаря многочисленным просьбам: во-первых, испанских кардиналов — они обратились к Юлию II, который сообщил об этом королю Фердинанду; короля Жана Наваррского, подталкиваемого своей сестрой Шарлоттой д’Альбре, женой Чезаре; а особенно — Лукреции, постоянно обращающейся из Феррары то к папе, то к маркизу Мантуанскому Франциску де Гонзага, своему деверю, чтобы они просили Его Католическое Величество об освобождении пленника.
Начало процесса затягивается, возможно, из-за смерти Изабеллы Кастильской 26 ноября 1504 года: королева больше, чем ее супруг, была настроена отомстить за герцогиню Гандийскую. Проходит восемь месяцев. В мае 1505 года Чезаре, ощутив нехватку денег, просит своего шурина, короля Жана Наваррского, потребовать у Людовика XII выплаты приданого Шарлотты д’Альбре — он так и не получил обещанные 100 000 ливров. Но король недоволен Чезаре и решает лишить его преимуществ, когда-то дарованных ему. Одна за другой рушатся все надежды, но неудачи не сломили Чезаре. За время заключения он излечился от последствий своей долгой болезни и вновь обрел былую силу. Он решает бежать.
