Однако ответ Кальвина не разрешил проблему. В результате в спор вынужден был вмешаться Нокс и примирить обе стороны. Верующие согласились с его доводами и решили пойти на компромисс, стараясь придерживаться старой литургии, насколько это возможно. Однако этому соглашению была уготована короткая жизнь. Прибыла новая группа беженцев, и вскоре те, кто хотел поклоняться по-старому, оказались в явном меньшинстве, а следовательно, вынуждены были уступить. Наконец, в феврале 1555 года Нокс совместно с группой других членов церкви разработал новый порядок богослужения, который в течение нескольких лет был оформлен в виде официального порядка богослужения шотландской церкви, названного
Измученный ссорами, постоянно возникавшими между духовно незрелыми прихожанами церкви, Нокс в одном из своих посланий упрекнул их в мелочности. В послании он также набросился на грехи политических лидеров, назвав императора Карла V таким же врагом Христа, каким был Нерон.
Слова Нокса быстро разлетелись по всему Франкфурту. Ситуацию усугубило то, что сам император находился всего лишь в ста шестидесяти милях от города! Местные власти испугались, что их город может столкнуться с серьезными проблемами, если Нокс его тотчас же не покинет. Прихожане церкви приняли решение лишить реформатора должности пастора. Нокс охотно подчинился. Он, а также еще несколько человек, покинули церковь.
Желая получить одобрение Кальвина, прихожане направили ему письмо, описывая сложившуюся ситуацию, и просили его дать ответ. Однако, получив ответное письмо, они увидели не совсем то, чего ожидали. Кальвин писал: "Я не скрываю, что с господином Ноксом, по моему мнению, обошлись плохо и не по-братски".32
Нокс был тепло встречен Кальвином в Женеве, куда прибыл в апреле 1555 года. В очередной раз он попытался заняться научной исследовательской деятельностью. Находясь под глубоким впечатлением оттого, как Кальвин управлял Женевой, Нокс горел желанием научиться у него как можно большему. Он описывал это так: "Я видел и другие места, где искренне проповедуется весть о Христе; но здесь нравы и религия оказались настолько реформированы, что подобного я нигде не видел".33
Что касается Шотландии, то там протестантизму не чинилось особых препятствий. Местные протестанты, пользуясь благоприятной ситуацией, распространяли Евангельскую Весть везде, где только могли. Их сердца были наполнены такой большой надеждой, что они даже верили в то, что однажды к Богу может обратиться и регентша Мэри. Ее дочь Мэри в тот момент получала образование во Франции и в скором времени должна была вернуться в Шотландию уже королевой. Регентша даже прибегла к услугам одного протестанта, чтобы тот представлял торговые интересы Шотландии в отношениях с Францией. Мэри становилась все старше и старше, а любовь регентши к католицизму несколько ослабла. В сравнении с Кровавой Мэри, правившей в соседней Англии, шотландская Мэри выглядела и вовсе добродетельницей! Многие беженцы- протестанты, покинувшие Англию, находили приют в Шотландии, считая, что там они будут в большей безопасности. Но они по-прежнему испытывали огромную потребность в пасторах и проповедниках.
Тем временем Нокс был занят организацией радикально настроенных английских верующих в Женеве. Он призывал их вернуться в Англию и совершить там протестантский переворот.
Во время изгнания Нокс продолжал получать письма от миссис Боуз, в которых она писала о повышении давления на себя и свою семью в связи с ее отказом участвовать в католической мессе. Отказ миссис Боуз следовать догмам католической церкви ставил под угрозу также и ее мужа. Мистер Боуз хотя сам и не собирался покидать лоно католической церкви, тем не менее, позволил своей жене и дочери Мэрджори покинуть Англию. Миссис Боуз написала Ноксу, что хочет прибыть с дочерью в Женеву, чтобы там быть свободными в своем поклонении Богу.
Нокс договорился с миссис Боуз, что она вместе с Мэрджори прибудет к нему в Шотландию. Поначалу реформатору было жалко покидать Женеву и возвращаться в Шотландию. Но в скором времени после серии успешных проповедей там он почувствовал себя безмерно счастливым. Нокс был бесконечно благодарен миссис Боуз, которая повлияла на его решение вернуться.34
Миссис Боуз и Мэрджори имели в Бервике много знакомых, что облегчило их путешествие в Шотландию. После прибытия Нокса в Эдинбург в августе 1555-го он и Мэрджори сочетались брачными узами.