На Родосе иоанниты создали первоклассный во всех отношениях военный флот, переняв лучшие достижения военных моряков всего тогдашнего мира. Основу военно-морских сил рыцарей Родоса составляли большие, обшитые броней галеры с 50 гребцами, сидевшими с каждого борта в 2 ряда. Кроме гребцов, на борту каждой из этих орденских галер находилось несколько братьев-рыцарей, 50 матросов и 200 солдат. Рыцари Родоса с успехом применяли в морских сражениях перенятый ими у византийцев «греческий огонь». Крупнейший военный корабль рыцарей Родоса – «Санта Анна» - по праву мог бы считаться первым европейским броненосцем. Оперируя с Родоса, как ранее с Кипра, рыцари Святого Иоанна продолжали воевать с турками и египетскими мамелюками, совершать рейды на сирийское побережье. В 1310 г. флот рыцарей Родоса у о. Амориса (в 150 милях от Родоса) уничтожил турецкую флотилию нового – Османского – государства, основанного в 1299 г. беем Османом. В 1318 г. флот родосских рыцарей повторил свой успех, разгромив в морской битве у о. Хиос турецкую эскадру, состоявшую из 80 боевых кораблей. В 1320 г. к Родосу подошел новый турецкий флот, состоявший опять-таки из 80 кораблей, с намерением высадить на Родосе десант и поразить главный нерв островного государства Ордена. Но на подходе к острову 30 кораблей рыцарей Родоса перехватили, разгромили и рассеяли турецкую армаду. 6 сентября 1332 г. Византийская Империя, Венецианская республика и Орден рыцарей Родоса подписали договор о совместной борьбе с турками, рвавшимися на Запад. В 1344 г. к этому тройственному антитурецкому союзу присоединились Кипрское королевство Лузиньянов, Франция и папский престол, но эта лига вскоре распалась в силу внутренних противоречий, оказавшихся сильнее чувства самосохранения перед лицом общей турецкой угрозы. В 1344 г. объединенное войско союзников, при активном участии флота родосских рыцарей, овладело принадлежавшим турецкому эмиру Умур-паше городом Смирной (Измиром) в захваченной турками части Малой Азии, поставив тем самым под свой контроль этот важный центр средиземноморской торговли, являвшийся в то же время сильнейшей стратегической базой. Через три года (в 1347 г.) объединенный флот союзников, при решающем участии военно-морского контингента родосских рыцарей, в морском сражении при Имбросе разгромил османскую армаду, состоявшую из 100 кораблей. В этот период египетский султан напал на христианское Армянское царство (Киликию). Рыцари Родоса поспешили на помощь Киликии и помогли ей отразить нападение египтян.
Султаны турок-османов Урхан (Орхан) и Мурат неудержимо продвигались в Малой Азии, захватывая одну греческую территорию за другой и грозя гибелью Византийской Империи. Запад пришел в панику. Результатом этой охватившей Запад паники явились безуспешные попытки папы Иннокентия VI перенести резиденцию Ордена иоаннитов при Великом Магистре П. де Корнельяне (1353-55 гг.) с Родоса в Смирну, откуда иоанниты должны были предпринять отвлекающие военные маневры в Малой Азии. В 1360 г. рыцари Родоса заключили с Венецией и Кипром новый военный союз против турок-османов. В 1365 г. иоанниты присоединились к Крестовому походу, организованному кипрским королем Пьером де Лузиньяном (являвшимся одновременно титулярным «королем Иерусалима и Армении») против мамелюкского Египта. Флот родосских рыцарей, совместно с флотами их союзников – Венеции и Кипра – 10 октября 1365 г. совершил неожиданное нападение на Александрию в Египте, уничтожил весь египетский флот, высадил десант, спаливший город дотла, но был вынужден сразу же отступить. В 1367 г. рыцари Родоса участвовали в аналогичных неожиданных крестоносцев на военно-морские базы мусульман в Александретте, Лаодикее, Тортаде и Триполи.
