Однако у бранденбургских иоаннитов было немало иных причин для обеспокоенности, вызванных отсутствием у них поддержки более сильного партнера и покровителя. В конце XIV века Бранденбургскую марку охватили внутренние смуты и междоусобные конфликты. Так, граждане города Бана в ходе «файды» с бранденбургскими иоаннитами в 1399 году пленили в бою герренмейстера иоаннитов Детлева фон Вальмеде и торжественно обезглавили его при большом стечении народа. Иоаннитский коммендатор фон Рор был сброшен восставшими горожанами с церковной колокольни. Поэтому иоанниты могли только приветствовать прибытие в Марку нового маркграфа Бранденбургского – нюрнбергского бургграфа Фридриха фон Цоллерна (Гогенцоллерна) в 1411 года, железной рукой восстановившего в своих владениях закон и порядок, в чем ему усердно помогали бранденбургские иоанниты, оказавшиеся в полной зависимости от Гогенцоллернов, как своих новых светских сюзеренов. Но и маркграф, со своей стороны, пошел навстречу иоаннитам, уступив им по сходной цене замок и город Зонненбург.
С тех пор в Орденской церкви Зонненбурга на протяжении столетий проводилась церемония инвеституры (посвящение в рыцари-иоанниты). Никто в Бранденбурге не мог стать иоаннитским «рыцарем (по) справедливости», не пройдя в этой Орденской церкви посвящение «тремя ударами меча». После утраты Зонненбурга, в результате поражения Германии во Второй мировой войне отошедшего к Польше, эта Орденская традиция была возобновлена в западногерманской церкви комменды иоаннитов Нидервейзель, где 29 июня 1963 года произошла первая послевоенная инвеститура (посвящение в рыцари Ордена).
С 1426 года в замке Зонненбург находилась резиденция Бранденбургского бальи иоаннитов. В настоящее время, наряду с бывшей Орденской церковью, там сохранилось административное здание Орденского правительства, перестроенное герренмейстером Иоганном Морицем князем Нассауским (1652-1679 гг.), фасад которого украшен надписью «Правительство и Магистрат Мальтийского Ордена Св. Иоанна» (St. Johanniter Maltheser Ordens Regierung und Magistrat). Надпись свидетельствует о том, что, невзирая на имевшие в тому времени место конфессиональные различия и широчайшую автономию Бранденбургского бальяжа, бранденбургские иоанниты продолжали ощущать себя составной частью общеевропейского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты. Орденская управа (Ordensamt) Зонненбург владела 28 381 моргенами[30] земли. В состав ее владений в 1802 году входили города Гейнерсдорф, Лауков, Лимериц, Маусков, Меков, Эниц, Кришт, Прибров и Требов. Наряду с Орденскими управами Рампиц, Грюнеберг, Коллин, Фридланд и Шенкендорф, Зонненбург относился к числу Орденских владений, с которых получал свои доходы (респонсии) герренмейстер. После восстановления бальяжа в Пруссии в Зонненбурге в 1858 года была основана одна из первых орденских больниц на 48 коек, рассчитанных, по решению Капитула, на 36 больных и 12 смертельно больных, с детским отделением на 12 дополнительных коек.
В 1415 году герренмейстер приобрел Бранденбургскому бальяжу в собственность новую комменду Швибус и, имея поддержку в лице энергичного маркграфа, на верность которому он предусмотрительно присягнул, стал править из Орденской резиденции в Зонненбурге наподобие светского владетельного князя. Отчуждение Бранденбургского бальяжа от германского «языка» Ордена Святого Иоанна к тому времени зашло уже так далеко, что Великий Приор Германский по всей форме потребовал упразднить Бранденбургский бальяж, как не выполняющий свои уставные задачи. Однако позиции последнего в Бранденбурге настолько укрепились, что требование Приора не возымело должного эффекта. В 1460 года курфюрст Бранденбургский Фридрих II Железный своей жалованной грамотой утвердил
