В таком положении Бранденбургский бальяж Ордена иоаннитов находился до момента, когда в Германии разразилась антикатолическая Реформация. Военный поход герренмейстера в 1527 года против поляков, захвативших орденский замок бранденбургских иоаннитов Мезериц, был прерван курфюрстом Бранденбургским Иоахимом по соображениям высшей политики. По требованию курфюрста, не желавшего ссориться с поляками, иоаннитскому войску пришлось отступить. В результате раздела Бранденбургского наследства в 1535 году маркграф Иоганн получил во владение Новую Марку и стал тем самым новым покровителем всех иоаннитов Северной Германии. Этот расчетливый и экономный государь, типичный протестант (тогда еще только по духу; его формальный переход в лютеранскую веру состоялся тремя годами позже), стремился не к сиюминутным выгодам, а к обеспечению своих долгосрочных, стратегических интересов. Он не помышлял о конфискации владений иоаннитов и роспуске их Ордена хотя бы потому, что думал обратить себе на пользу неприкосновенность Орденских владений. Маркграф с полным основанием рассматривал герренмейстера иоаннитов как богатейшего из своих вассалов, способного извлекать пользу для себя и для своего сюзерена из орденских владений, в том числе и расположенных за пределами Новой Марки. Зависимость иоаннитов от их светского сюзерена наглядно проявилась и в отношении Бранденбургского бальяжа к охватившей всю Германию антикатолической Реформации. Когда маркграф Иоганн в 1538 году перешел из католической веры в лютеранскую, его примеру последовал целый ряд иоаннитских комменд (первоначально – в Мекленбурге). Два комтура иоаннитов в 1544 году даже публично продемонстрировали свой переход в протестантизм, нарушив один из основных обетов Ордена Святого Иоанна – обет целомудрия - и вступив в законный брак по лютеранскому обряду. Это дотоле неслыханное среди германских рыцарей-странноприимцев открытое нарушение Орденского Устава вызвало настоящую «цепную реакцию». Невзирая на протесты Великого Приора Германского, почти все иоанниты Бранденбургской марки перешли в лютеранство, что, по сути дела, означало открытый разрыв с папским престолом, Великим Магистром на Мальте и Великим Приорством Германии, и окончательно поставило бранденбургских рыцарей Святого Иоанна в полную зависимость от светского сюзерена. Тем не менее, никаких репрессивных или дисциплинарных мер со стороны Ватикана, Великого Магистра и Великого Приорства в отношении строптивых бранденбургских иоаннитов так и не последовало. В описываемый период времени всеми Орденскими делами бальяжа от имени герренмейстера занимался сам маркграф Бранденбургский. Полномочия же герренмейстера ограничивались чисто административными вопросами. Сохранилось описание положения Бранденбургского бальяжа в 1550 года, обсуждавшегося на заседании капитула. В коммендах бранденбургских иоаннитов насчитывалось всего лишь по два-три орденских брата, занимавшихся исключительно хозяйственными (главным образом сельскохозяйственными) вопросами. Визитация (посещение представителями вышестоящих орденских структур с контрольно-ревизионными целями) этих «орденских домов» происходила не чаще, чем раз в два-три года. Ежегодно 24 июня (в «Иванов день», то есть день Святого Иоанна, общеорденский праздник всех госпитальеров) комменды Бранденбургского бальяжа иоаннитов сдавали деньги в Зонненбургскую управу. Стремясь максимально привязать к себе Орден, маркграф Иоганн (Ганс) назначил своего канцлера, беззаветно преданного ему юриста Франца Наумана, коммендатором иоаннитов в новой комменде Шивельбейн, а в 1564 году добился избрания Наумана герренмейстером (с этой целью предварительно даровав ему дворянство). Однако новый герренмейстер, совершенно неожиданно для своего патрона, самолично посвятившего его в рыцари, стал слишком рьяно защищать интересы бранденбургских иоаннитов, чем вызвал гнев маркграфа и даже был вынужден, будучи протестантом, бежать от преследований своего протестантского же сюзерена в Прагу, под защиту католического (!) Великого Приора Богемского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. В отместку маркграф отнял у Ордена Святого Иоанна Иерусалимского владения Фридланд и Шенкендорф, на которые впоследствие тщетно претендовало Великое Приорство Богемское. Иоаннитам становилось все труднее сохранять свою власть над коммендами, расположенными за пределами Бранденбургской марки. В 1544 году комтурство Цахан, принадлежавшее Ордену Святого Иоанна с 1318 г., пришлось продать герцогу Барниму Померанскому. Сохранить во владении Орденскую комменду в Брауншвейге удалось лишь согласившись на введение там кондоминиума (совместного управления) герренмейстера и членов семейства герцогов Брауншвейгских. В Мекленбурге иоаннитам не осталось ничего другого, как в 1593 году уступить тамошнюю богатую комменду герцогам Шверинским, номинально признавших себя «ленниками (вассалами) Ордена Святого Иоанна». На все возражения Великого Приора Германского, пребывавшего в Гейтерсгейме, бранденбургские иоанниты неизменно отвечали, что в столь беспокойные времена лишь поддержка сильной власти светских государей сможет обеспечить Ордену иоаннитов гарантию на будущее, и поэтому ссориться с ними не следует.
