В последние годы правления курфюрста должность герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти герренмейстерами избирались поочередно сыновья «Великого Курфюрста» от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих Ш, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения герренмейстеров в должность. Сделавшись в 1701 году первым прусским королем, Фридрих сразу после коронации учредил в Кенигсберге орден Черного Орла. Первым кавалером нового прусского королевского ордена стал герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиконечным белым иоаннитским (мальтийским) крестом, золотыми монограммами «МС» («Markgraf Carl») между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский №19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовно-рыцарского братства в династический орден прусской короны.
В правление «солдатского короля» Фридриха Вильгельма I в Берлине было начато строительство нового орденского замка. В первые годы правления Фридриха Великого иоаннитам королевским указом 1745 году было высочайше дозволено увенчать свой Орденский крест прусской королевской короной «в знак признания их испытанной верности прусскому королевскому дому». Заметим в скобках, что столь тесной связи с прусским королевским домом, как у иоаннитов, у Тевтонского (Немецкого) Ордена – вопреки измышлениям позднейших фальсификаторов истории! – не существовало никогда! Комменды и герренмейстер бранденбургских иоаннитов верно несли военную службу королю Пруссии в Силезских войнах и в Семилетней войне. Тем не менее, после гибели комтура бранденбургских иоаннитов принца Луи Фердинанда Прусского от палаша наполеоновского кирасира в бою с французами под Заальфельдом и разгрома прусских армий под клмандованием двух других иоаннитских комтуров - герцога Брауншвейгского и князя фон Гогенлоэ – Наполеоном I Бонапартом под Иеной и Ауэрштедтом в роковом для Пруссии 1806 году, в условиях острейшей нехватки финансовых средств, король Фридрих Вильгельм Ш был вынужден 30 октября 1810 года распорядиться о секуляризации всех владений церкви, монашеских и духовно-рыцарских Орденов. Тем самым Орден иоаннитов лишился источников к существованию в Бранденбургской марке. Королевским эдиктом от 23 января 1811 года полномочия герренмейстера и капитула иоаннитов перешли к прусской короне и были аннулированы. Учрежденный вместо упраздненного Бальяжа Бранденбургского 23 мая 1812 года «Королевский прусский Орден иоаннитов» (Koeniglich Preussischer Johanniter Orden) стал простым объединением бывших членов Бранденбургского бальяжа, как физических лиц, чем-то в роде «закрытого клуба ветеранов», не занимавшегося никакой практической деятельностью. Во главе «Королевского прусского Ордена иоаннитов» стоял принц дома Гогенцоллернов, в течение последующих 40 лет носивший титул «Гроссмейстера» («Великого Магистра»). На протяжении всего периода существования «Королевского прусского Ордена» иоаннитский крест оставался формально включенным в систему прусских государственных наград, занимая в наградной иерархии место после ордена Красного Орла, хотя реально новых награждений им не проводилось.
По прошествии сорока лет Орден иоаннитов был восстановлен в Пруссии как рыцарский (но уже не духовно-рыцарский) институт, вернувшийся к своим первоначальным целям христианской благотворительности и милосердия – помощи больным и убогим. Вскоре прусский Орден иоаннитов (по старой памяти, именовавшийся также «Бранденбургским бальяжем») содержал уже десятки больниц и странноприимных домов. Его главой снова стал не «гроссмейстер», а герренмейстер, а верховным протектором – прусский король (являвшийся с 1871 года, года объединения Германии, также германским Императором). Члены прусского Ордена иоаннитов подразделялись на:
коммендаторов и почетных коммендаторов, входивших, наряду с «Капитаном Ордена (орденсгауптманом)», то есть старейшим из рыцарей Ордена (Ordenshauptmann), и орденскими чиновниками, в Орденский Капитул под председательством герренмейстера;
