В правление курфюрста Бранденбургского Иоганна Сигизмунда его сын Иоганн Георг, избранный в 1616 году герренмейстером иоаннитов, получил от Императора Рудольфа II Габсбурга в лен герцогство Егерндорфское в Силезии, отошедшее, после пресечения бранденбургско-франконской линии, к Курмарку. Герренмейстер, перешедший в Силезии в протестантизм в его уже не лютеранской, а реформатской разновидности, принял участие в положившем начало Тридцатилетней войне богемском восстании против Габсбургов и в неудачной для протестантов Белогорской битве под Прагой в 1620 году. После того, как католическая армия полководца «Священной Римской Империи германской нации» графа Тилли нанесла сокрушительное поражение протестантам, победоносные Габсбурги объявили мятежного герренмейстера иоаннитов изменником и отняли у него герцогство Егернсдорф, а у возглавляемой им ветви Ордена Святого Иоанна – владения Одерберг и Бейтен. Герренмейстеру Иоганну Георгу грозило низложение, но смерть от последствий ранения спасла его от этого позора. Курфюрст Бранденбургский Георг Вильгельм, чьи земли были страшно опустошены в ходе Тридцатилетней войны, в отличие от своих предшественников, решил не назначать герренмейстером «своих собственных» иоаннитов принца из дома Гогенцоллернов. Он сделал главой иоаннитского Бальяжа Бранденбургского своего государственного министра графа Адама фон Шварценберга. Хотя последний и был католиком, он, тем не менее, проявил редкую для того времени терпимость к иноверию и, храня верность своим предвыборным обещаниям, сохранил конституцию подчиненной ему части Ордена Святого Иоанна в полной неприкосновенности. Герренмейстер бранденбургских иоаннитов граф фон Шварценберг, стремясь к улучшению отношений между своим бальяжем и Верховным Приорством Германским, сообщил в Гейтерсгейм (резиденцию германского Великого Приора) о своем избрании (чего не делали его предшественники, хотя это и полагалось по Уставу). С одной стороны, Великий Приор Германский в высшей степени одобрительно отнесся к подобному выражению лояльности со стороны Бранденбургского бальяжа; с другой стороны, он не замедлил потребовать причитавшихся Великому Приорству денег, которые, однако, получил не сразу и не в полном объеме. В 1640 году герренмейстер Шварценберг, с одобрения Великого Приора, назначил своего сына коадъютором. Однако «Великий Курфюрст» Бранденбургский Фридрих Вильгельм, взявший в свои руки бразды правления в год смерти Шварценберга, отказался утвердить его сына в должности герренмейстера. Вестфальский мир, которым в 1648 году завершилась кровопролитная Тридцатилетняя война, до предела истощившая Германию и всю тогдашнюю Европу, ознаменовался для Бранденбургского бaльяжа значительными территориальными потерями. Бранденбургские иоанниты лишились мекленбургских комменд Миров и Немеров. Им пришлось уступить померанскую комменду Вильденбрух победоносным шведам. Многочисленные владения и «орденские дома» оказались разоренными в ходе военных действий. Резко сократилась и численность членов Ордена. Тем не менее, в параграфе 3 статьи 12 Оснабрюкского мирного договора, было особо оговорено право покровительства (jus patronatus) курфюрстов Бранденбургских «над
