Однако из-за опасности возрождения «пантюркистского движения», уже разгромленного советской властью в начале 20-х годов, немецкие власти запретили крымским татарам автономию, подобную той, которой в течение нескольких месяцев пользовались калмыки, карачаевцы и балкарцы. В ответ на предоставление им подобия самоуправления местные власти создали войска для борьбы с партизанами, т. е. с теми, кто оставался верным советскому режиму. В целом несколько тысяч человек составили весьма ограниченные войска: шесть батальонов крымских татар и корпус калмыцкой кавалерии.
Что касается автономной республики Чечено-Ингушетии, она была лишь частично занята нацистскими войсками всего два с половиной месяца: с начала сентября до середины ноября 1942 года. О сотрудничестве с врагом здесь не могло быть и речи. Но верно и то, что чеченцы, сопротивлявшиеся русской колонизации, пока не капитулировали в 1859 году, оставались народом непокоренным. Советская власть уже направляла туда карательные экспедиции для конфискации оружия у населения в 1925 году, потом в 1930–1932 годах подавляла сопротивление чеченцев и ингушей коллективизации. В марте — апреле 1930 года, затем в апреле — мае 1932 года при борьбе с «бандитизмом» специальные войска ОГПУ использовали артиллерию и авиацию. Тяжелый и спорный вопрос лег в основу конфликта между центральной властью и независимым народом, отказывающимся от опеки Москвы.
В период между ноябрем 1943 и маем 1944 года, в соответствии с решением о быстро проводимых операциях, весьма отличающихся от первых высылок раскулаченных, — операциях, по словам Берии, «повышенной эффективности», были проведены пять больших «чисток-облав». Материально-техническая подготовка была тщательно, в течение нескольких недель, организована под личным наблюдением Берии и его заместителей Ивана Серова и Богдана Кобулова, прибывших на места в своих бронированных вагонах. Нужно было подготовить невиданное число эшелонов: 46 составов по 60 вагонов каждый для высылки 93 139 калмыков за четыре дня с 27 по 30 декабря 1943 года, 194 эшелона по 65 вагонов каждый для высылки в течение шести дней с 23 по 28 февраля 1944 года 521 247 чеченцев и ингушей. Для проведения этих исключительных операций НКВД не щадило средств: для облавы на чеченцев и ингушей было использовано 119 000 человек из специальных войск НКВД, и это в тот момент, когда вовсю шла война!
Операции, расписанные по часам, начались с арестов «потенциально опасных элементов». Их было 1–2 % от всего населения, но население это состояло в основном из женщин, стариков и детей, поскольку большая часть дееспособных мужчин была призвана в армию. Если верить посылаемым в Москву телеграфным сообщениям, операции проходили очень быстро. Так «облава-высылка» крымских татар проходила в период с 18 по 20 мая 1944 года; вечером первого дня ответственные за операцию Кобулов и Серов телеграфировали Берии: «Сегодня в 20 часов 90 000 человек отправлены на вокзалы. 17 эшелонов уже повезли 48 400 человек к местам нового поселения. 25 эшелонов находятся под загрузкой. При проведении операции не произошло никаких заслуживающих внимания осложнений. Операция продолжается». На следующий день, 19 мая, Берия информировал Сталина, что в конце этого дня 165 515 человек сосредоточены на вокзалах, 136 412 из них погружены в вагоны, направляющиеся «к обозначенным в инструкциях местам назначения». На третий день, 20 мая, Серов и Кобулов телеграфировали Берии, информируя об окончании операции в 16 часов 30 минут. Всего 63 эшелона, увозящие 173 287 человек, были в пути к станциям назначения. Четыре последних эшелона увезли 6727 оставшихся в тот же вечер.
Знакомство с бюрократическими сводками НКВД убеждает, что все операции по принудительному выселению сотен тысяч человек были лишь чистой формальностью, причем каждая следующая операция была более «успешной», «эффективной» и «экономичной», чем предыдущая. После депортации чеченцев, ингушей и балкарцев некто Милыптейн, один из высших чинов НКВД, составил пространный отчет об «экономии, по сравнению с тратами в предыдущих операциях, вагонов, досок, ведер и лопат». Он, в частности, написал: «Опыт транспортировки карачаевцев и калмыков дает нам возможность предпринять определенные меры для ограничения количества эшелонов и уменьшения числа осуществляемых поездок Мы поместили в каждой теплушке по 45 человек вместо 40, как в прежнее время, вместе с их личным багажом, сэкономив на этом значительное число вагонов, а также 37 548 погонных метров досок, 11 834 ведра и 3400 «буржуек»».