В годы войны коллективная депортация поразила и другие народы. 29 мая 1944 года, несколько дней спустя после высылки крымских татар, Берия писал Сталину: «НКВД считает необходимым изгнать из Крыма всех болгар, греков, армян». Первым он вменяет в вину тот факт, что «во время немецкой оккупации они пекли хлеб и поставляли другие пищевые продукты для немецкой армии и сотрудничали с немецкими властями в поисках красноармейцев и партизан». Вторые после прибытия оккупантов создали промышленные предприятия; немецкие власти помогли грекам заниматься торговлей и перевозкой товаров и т. д. Что касается армян, то их обвинили в том, что в Симферополе они создали организацию коллаборационистов «Дромедар», под руководством армянского генерала Дро, которая «занималась, кроме религиозных и политических вопросов, еще мелкой торговлей и промышленностью». Как считал Берия, эта организация «создавала фонды для военных нужд Германии и способствовала созданию армянского легиона».
Четыре дня спустя Сталин подписал указ Государственного комитета обороны, предписывающий «дополнить депортацию крымских татар выселением 37 000 болгар, греков и армян, как пособников немецких фашистов». При этом, как и для всех прочих операций по депортации, это постановление совершенно произвольно устанавливало квоты для каждого «принимающего района»: 7000 для Гурьевской области в Казахстане, 10 000 для Свердловской! области; 10 000 для Молотовской области на Урале; 6000 для Кемеровской области; 4000 для Башкирии. В официальных документах это звучало так: «Операция была успешно проведена 27–28 июня 1944 года. За эти два дня 41 854 человека были выселены, что составило выполнение плана на 111 %».
После «очистки» Крыма от немцев, татар, болгар, греков и армян НКВД решило «расчистить» места вдоль границ Кавказа. Под прикрытием охраны безопасности «священных» границ эти широкомасштабные операции стали естественным продолжением «антишпионских операций» 1937–1938 годов, но прошли они по более продуманной схеме. 21 июля 1944 года новый указ Государственного комитета обороны, подписанный Сталиным, постановил провести высылку 86 000 турок-месхетинцев, курдов и хемшинов из приграничных районов Грузии. По причине сложности горного рельефа территорий, на которых веками жили народы бывшей Оттоманской империи (среди них было много кочевников, имевших привычку свободно переходить советско-турецкую границу), приготовления новой облавы-депортации были исключительно долгими. Операция продолжалась десять дней, с 15 по 25 ноября 1944 года, ее проводили 14 000 человек из специальных войск НКВД, были мобилизованы 900 грузовиков «Студебеккер», поставленных по лендлизу из США, страны, обеспечивавшей военным снаряжением большинство союзников!
28 ноября Берия с гордостью докладывал Сталину, что 91 095 человек были выселены за десять дней «в чрезвычайно сложных условиях». Все эти лица (среди которых дети до шестнадцати лет составляли 49 % всех высланных), объяснял Берия, были действующими турецкими шпионами: «Значительная часть населения этого района связана семейными узами с жителями пограничных селений Турции. Эти люди занимаются контрабандой, среди них очень заметна тенденция к эмиграции, пополнению разведывательных служб или бандитских групп, действующих на границе». По данным отдела спецпоселений ГУЛАГа, общее число высланных в Казахстан и Киргизию возросло до 94 955. Между ноябрем 1944 и июлем 1948 года 19 540 выселенных месхетинцев, курдов и хемшинов, т. е. 21 % от всех спецперемещенных, умерли. Такой процент смертности (от 20 % до 25 %) одинаков для всех репрессированных режимом народов.
С массовым прибытием сотен тысяч выселенных по этническому принципу контингент спецпоселенцев за время войны обновился и значительно вырос — с 1 200 000 до 2 500 000. Что же касается раскулаченных, которые до войны составляли большую часть спецпоселенцев, то их число упало с 936 000 в начале войны до 622 000 в мае 1945 года. Это объяснялось тем обстоятельством, что десятки тысяч из раскулаченных взрослых мужского пола, за исключением глав депортированных семей, были призваны в армию. Жены и дети призванных приобретали статус свободных граждан и вычеркивались из списков спецпоселенцев. Однако в условиях войны большинство из них не могли покинуть место своего безвыездного проживания, так как все имущество, включая дома, у них конфисковали.
Никогда прежде условия выживания в ГУЛАГе не были так ужасны, как в 1941–1944 годах: голод, эпидемии, скученность, бесчеловечная эксплуатация, доносы целой армии осведомителей, разоблачающих «контрреволюционные организации в среде заключенных», смертные приговоры и немедленное их исполнение.