В Венгрии жестокая конфронтация между Католической церковью и государством началась летом 1948 года в ходе «национализации» религиозных учебных заведений, играющих значительную роль в этой стране. В июле были осуждены пять приходских священников, осенью последовали новые аресты. Непокорный примас Венгрии кардинал Йожеф Миндсенти был арестован 26 декабря 1948 года, на второй день Рождества, и приговорен к пожизненному заключению 5 февраля 1949 года. При поддержке «сообщников» он якобы подстрекал к «заговору против Республики», занимаясь шпионской деятельностью и тд., — все это, разумеется, в пользу «иностранных держав», главным образом Соединенных Штатов. Год спустя власти вплотную занялись монастырями — из двенадцати тысяч монахов и монахинь, обитавших там, большинство были изгнаны. В июне 1951 года настоятеля епископата и ближайшего соратника Миндсенти архиепископа Калоца Греса постигла та же участь, что и его примаса. Преследования служителей церкви и монашеских орденов в Венгрии затронули не только католиков. Известны жертвы и среди не столь многочисленных кальвинистов и лютеран, гонениям подверглись епископы и пасторы, в том числе наиболее известный представитель кальвинизма епископ Ласло Равас.
В Чехословакии, как и в Венгрии, власти пытались организовать раскол в католической среде, стараясь склонить отдельных деятелей Церкви к сотрудничеству. Не добившись успеха, они усилили репрессии. В июне 1949 года архиепископ Праги Йосеф Беран, прошедший через нацистские лагеря Терезин и Дахау, был интернирован и находился под неустанным надзором властей. В сентябре 1949 года десятки викариев, выразивших протест против законов, касающихся Церкви, были арестованы. 31 марта 1950 года в Праге начался процесс над иерархами монашеских орденов, обвиненными в шпионской деятельности в пользу Ватикана и иностранных держав, в тайном хранении оружия и подготовке государственного переворота; видный представитель ордена ре-демптористов, ректор Теологического института Мастилак был приговорен к пожизненному заключению, остальные его соратники также пострадали, они были осуждены в общей сложности на сто тридцать два года тюремного заключения. В ночь с 13 на 14 апреля 1950 года Министерством внутренних дел была проведена массированная операция против монастырей, подготовленная в лучших военных традициях; большинство монахов были выселены и интернированы. Одновременно с этим полиция занялась организацией принудительного переселения епископов, поместив их в условия, где они были лишены возможности контактировать с внешним миром.
Весной 1950 года в восточной Словакии по приказу коммунистического режима ликвидируется Греко-католическая (униатская) церковь, отныне ей надлежало войти в состав Православной церкви — прием этот уже использовался в советской Украине с 1946 года; недовольные служители Церкви были интернированы либо изгнаны из своих приходов. Протоиерей из советской Закарпатской Украины Йозеф Цати после сфабрикованного против него процесса был депортирован в лагерь в Воркуту и прожил в Заполярье с 1950 по 1956 год.
Карательные мероприятия против служителей культа планировались и осуществлялись под началом Коммунистической партии Чехословакии. В сентябре 1950 года партийное руководство выработало политическую концепцию судебного преследования против католиков, и уже с 27 ноября 1950 года в Праге начинается целая серия процессов; девять человек из ближайшего епископского окружения во главе со Станиславом Зела, главным викарием города Оломоуца в центральной Моравии, были сурово наказаны. А в Братиславе, столице Словакии, 15 января 1951 года завершился процесс над тремя епископами, один из которых принадлежал к Греко-католической церкви. Все обвиняемые на этих двух «процессах против агентов Ватикана в Чехословакии» (обычная в те годы формулировка) были приговорены к различным срокам тюрьмы — от десяти лет до пожизненного заключения. Эта серия процессов закончилась в феврале 1951 года, за ней последовало еще несколько процессов против епископского окружения. Однако репрессии на этом не кончились. Штефан Троха, епископ Литомержский из центральной Богемии, участник Сопротивления, арестованный в мае 1942 года и пробывший в заключении до конца войны в концлагерях Терезин, Маутхаузен и Дахау, приговорен к двадцати пяти годам тюрьмы… в июле 1954 года.
Инициаторы репрессий сочли необходимым не только обезглавить церковную иерархическую верхушку, но также нанести удар по христианской интеллигенции. Участница Сопротивления, преподаватель истории искусства в Карловом университете Ружена Вацкова, пользующаяся большим уважением в среде политзаключенных, была осуждена в июне 1952 и оставалась в заключении до 1967 года! В ходе двух процессов 1952 года жестоко пострадала элита католической интеллигенции. Второй процесс, проходивший в Брно, столице Моравии, является, возможно, крупнейшим процессом над интеллигенцией за всю европейскую историю XX века.
