После его смерти в Украине поднялись раздоры партий, окончательно разорившие ее. Одни тянули несчастную страну к Польше, другие к Москве, третьи к Турции. Так метались из стороны в сторону гетманы и старшины, хотя большинство из них явно склонялись к Польше, ожидая от нее большей свободы, чем от Москвы. Что же касается казаков и простого народа, то они симпатизировали Москве, как единоверному государству, и, кроме того, надеялись, что она избавит их от произвола шляхты. При этом друзья Москвы жили преимущественно на левой стороне Днепра, в новой Украине, или Малороссии, а друзья Польши в старой Украине, на правом берегу Днепра.
Ближайший преемник Хмельницкого Выговский склонился на предложение польского правительства и заключил с ним договор, по которому казаки присоединялись к Польше, как «вольные к вольным и равные к равным». Украина, по этому договору, делалась союзным с Польшей государством и должна была пользоваться самоуправлением со своим сеймом, судебным трибуналом, должностными лицами из местных уроженцев, с полной свободой православия и народного образования. С помощью старых союзников татар Выговский разбил московское войско при Конотопе. Но победа эта не принесла никому пользы, так как приверженцы Москвы едва не убили Выговского, смотря на его соглашение с поляками как на измену русскому народу и православию. Изменил также Москве и сын Хмельницкого Юрась, выбранный на гетманство после Выговского. Вследствие этой измены московские войска снова потерпели поражение от польских. После этого поражения правобережная Украина отпала от Москвы и управлялась некоторое время отдельным гетманом. Эта вторая война Москвы с Польшей кончилась в 1667 году Анд-русовским перемирием. По Андрусовскому договору, за Москвой оставался Смоленск, левобережная Украина и на два года Киев. Весь правый берег Днепра снова принадлежал Польше.
Многие украинцы горевали о разделении Украины и мечтали о соединении ее под каким-нибудь новым покровительством. Один из таких был правобережный гетман Дорошенко. В 1672 году он обратился к турецкому султану и призвал его на помощь. Султан разорил и Польшу, и правобережную Украину.
Между тем Москва вводила мало-помалу свои обычаи и порядки в подчиненной ей Малороссии. Воеводы злоупотребляли своей властью, оказывая полное пренебрежение к правам казаков и всего населения. Московский патриарх явно стремился к подчинению себе южно-русской церкви. Все это настолько усиливало общее недовольство московским правительством, что оно стало распространяться и среди жителей левого берега. Влиянию Дорошенка подчинился сначала гетман Брюховецкий, до тех пор вернейший слуга московского правительства, а затем и его преемник Многогрешный. Но в то же время нашествие приглашенных Дорошенком турок привело в такой ужас жителей разоренной и выжженной правобережной Украины, что оно толпами стало переселяться за Днепр. В скором времени Дорошенку оставалось гетманствовать в пустыне или присягнуть московскому царю, что он и сделал.
Теперь Москве приходилось выцарапывать правобережную Украину из рук Турции, и при царе Федоре Алексеевиче началась война с нею. Война была неудачна для русских. После Бахчисарайского мира (1681 г.) правобережная Украина, к югу от Киева, все-таки осталась за Турцией, которая передала ее молдавскому господарю. Наконец, еще через пять лет Москва заключила вечный мир с Польшей и вступила с ней в союз против Турции. Двадцати пяти лет не прошло еще со смерти «батьки Богдана», а правобережная Украина, за которую он боролся, особенно воеводства Подольское и Брацлавское и большая часть Киевского, превратилась в сплошные развалины и почти безлюдную пустыню. Турецкий гарнизон стоял в Каменце и сторожил разоренную и опустевшую страну, когда-то богато населенную и радовавшую взоры приветливой красотой плодородных полей и пышных садов. Как во времена Батыя, прекратилось торговое движение, заросли дороги и заглохли пути, оживляемые в прежнее время многочисленными караванами.
Но как только восстановилось здесь хотя и это грустное затишье, снова потянулись на старое пепелище прежние жители с левого берега или из Малороссии, как определенно называлась теперь эта сторона в отличие от правобережной Украины. Гетманом Малороссии был в то время Самойлович. Как и многим другим украинским патриотам, ему не нравилось заключение Бахчисарайского мира с Турцией, и так же, как они, не мог он примириться с фактом вечного мира с Польшей, открыто высказываемое неудовольствие подвело его под гнев московского правительства и погубило. Немало способствовал этой гибели и преемник Самойловича Мазепа, давно добивавшийся гетманства. Он был избран на раде 1687 года.
