После этого ойротские (западномонгольские) племена весь последующий период своей истории занимались лишь собственными политическими проблемами и территориями, включавшими: Джунгарскую равнину (современный Синьцзян-Уйгурский автономный район Китая), так называемый монгольский Алтай, российский Горный Алтай (автономная Республика Алтай РФ), а также юг современного Красноярского края (автономная Республика Тыва РФ). В конце XVI века, после полного разгрома дружиной Ермака Сибирского (Тюменского) ханства, Ойротский союз, воспользовавшись благоприятной геополитической ситуацией, продвинул свои кочевья ещё и в глубь Западносибирской равнины, дойдя сквозь Алтайские и Барабинские степи, через междуречье Оби и Иртыша до лесной зоны в районе современных Омска и Новосибирска. Но в тот период ни одного, ни второго города, как, впрочем, и многих других, на территории Сибири ещё и в помине не было, а на границе с ойротами стояли лишь: первое русское поселение за Уралом — Тара (осн. 1594 г.) и срубленная в 1604 г. русскими казаками небольшая крепостица Томск[225]. Последняя в первой половине XVII века выполняла ещё и функции опорной базы для развивающегося дальше на восток Сибири православного крестового похода. В связи с чем, гористый холм, на котором возвели томский острог, получил название во имя Воскресения Христова.
Однако русские тогда ещё не являлись для алтайцев ни экономическими конкурентами, как, например, скотоводы: казахи, кыргызы и татары, ни геополитическими противниками, как китайцы. Более того, в 1619–1620 гг. и алтайские, и урянхайские (Тыва) племена заключили с правительством Михаила Фёдоровича Романова ряд договоров о добрососедстве, впоследствии поспособствовавших созданию своего рода оборонительного блока против общего противника в лице извечно великого, всегда перенаселённого и оттого склонного к территориальной экспансии Китая. Однако уже с середины XVII века русскими поселенцами постепенно стали захватываться земли в междуречье Томи и Иртыша, что привело к вытеснению ойротских стойбищ уже непосредственно на территорию Горного Алтая[226]. Расселение русских земледельцев шло, в том числе, и из Томска. В завершении почти столетнего продвижения на юг в 1709 г. в качестве нового форпоста на границе с ойротами был основан Бийск, а территории, как степного, так и горного Алтая со временем полностью вошли в состав Томской губернии.
После этого в условиях всё нарастающей угрозы своим владениям со стороны двух молодых и формирующихся империй нового времени — русской (Романовской) и китайской (Цинской) — западномонгольские ойротские племена, находившиеся до той поры в состоянии постоянных межклановых усобиц, осознали необходимость объединить усилия и создать мощный военно-политический союз. Во главе созидательного процесса вновь, как и два века назад, встали князья из рода Чорос: Хара-Хула (умер в 1634 г.) и его сын Батур-Хунтайджи[227] (умер в 1654 г.). Последний в 1635 г. провозгласил себя ханом вновь возрождённой Ойротии. Однако, поскольку Чоросы принадлежали к джунгарскому родоплеменному союзу, то и образованное Ойротское ханство, которое они возглавили, по-другому стали называть ещё и Джунгарским (просуществовало до 1758 г.).
В 1640 г. по инициативе Батур-Хунтайджи был созван съезд всех монгольских князей и ханов, результатом которого явилось заключение с той же оборонительной целью уже общемонгольского военно-политического союза. Однако достичь желаемого результата ни тому, ни другому объединению в конечном итоге так и не удалось, вследствие чего государственная независимость как восточных, так и западномонгольских народов в течение ближайших 100 лет оказалась полностью ликвидированной в результате агрессивной внешней политики со стороны ближайших её соседей. Южная Монголия, Тыва и Джунгария вошли в состав Китая, Северная Монголия (по-другому Халха) номинально под названием Внешняя Монголия стала после 1691 г. наследственной вотчиной китайского императора, провозгласившего себя монгольским богдыханом[228]. В свою очередь, к России присоединили в тот же период степной Алтай и Бурятию. Ну и, наконец, в 1756 г. часть ойротских племён, обитавших на территории Горного Алтая, по официальной версии, «добровольно, находясь под угрозой полного уничтожения со стороны китайцев», вошла в состав Российской империи[229].