Всего, как свидетельствуют некоторые источники, под покровительство России перешло в середине XVIII века 12 алтайских зайсанов (князьков) со своими племенами. При этом договаривающиеся стороны составили и подписали, как и полагается в таких случаях, договор, в соответствии с которым алтайским родам, во-первых, передавались в наследственное пользование те земли, на которых они на тот момент проживали, а во-вторых, им гарантировалось право беспрепятственно исполнять традиционные для них формы религиозного культа. Также, согласно «Положению об инородцах», принятому при Екатерине II, алтайцам высочайше даровалось право бесплатного пользования лесами в плане заготовки дров, кедрового ореха и другой дикой растительности, а также осуществления охотничьего промысла. В целом условия, так сказать, сожительства обозначились вполне приемлемые, и для алтай-кижи[230] наступили, казалось, золотые времена, но ненадолго, «не всё коту масленица», как говорится.
Так, уже в конце XVIII века им запретили бесплатную порубку леса. В 1822 г. был утверждён разработанный М.М. Сперанским, в бытность его генерал-губернатором Сибири, «Устав об управлении инородцев». Согласно данному Положению, селившиеся до того времени родовыми дючинами и управлявшиеся своими выборными зайсанами (представителями родовой наследственной аристократии) алтайцы теперь принудительно прикреплялись к территориальным округам — волостям. Тем самым стала разрушаться складывавшаяся веками система их родового проживания, поскольку родовая принадлежность официально теперь больше уже не учитывалась при формировании округов, вдобавок к этому алтайцев начали насильственно склонять к оседлости в противовес их прежнему кочевому образу жизни.
И всё для того, чтобы легче было христианизировать инородцев. Через семь лет после учреждения системы Сперанского, в 1829 г., в Бийске основали Алтайскую духовную миссию, призванную заниматься активной религиозной пропагандой и крестить в православную веру язычников-шаманистов, коими алтайцы являлись почти поголовно[231]. Возглавил миссию архимандрит Макарий (Глухарёв). В 1861 г. её продолжил впоследствии митрополит Московский, а в то время двадцатипятилетний только что принявший монашеский постриг Макарий (Невский). Вслед за ними в начале уже XX века Алтайской духовной миссией руководил ещё один монах Макарий — Макарий (Павлов), епископ Бийский.
Михаил Яковлевич Глухарёв (1792–1847), отец Макарий, первый руководитель Алтайской духовной миссии, «апостол Алтая», как его называли, являлся одним из первых приверженцев экуменизма в русской православной церкви. А за такое вольнодумство в ту пору ему грозило как минимум пожизненное заточение в одном из северных монастырей. Однако кому-то в голову пришла мысль вместо этого направить ослушника в Горный Алтай[232], приобщать к христианской вере местных инородцев. Владевший в силу академического духовного образования не только древними классическими языками, но и несколькими европейскими, отец Макарий сначала сам с лёгкостью выучил алтайский язык[233], а потом стал требовать подобного радения и от своих подчинённых. Также он создал на основе латиницы и первый алтайский алфавит, после чего записал посредством него все четыре Евангелия, а также Деяния и Послания апостолов. Большое внимание в тот период было уделено не только религиозному, но и культурному (отчасти чуждо культурному, конечно) просвещению местных племён.
Деятельность миссии в подобном же духе продолжил и Макарий Невский. Он попал на Алтай не за вольнодумство, как его предшественник, а просто потому, что не имел ни достаточно хорошего образования (ни тогда, ни позже ему так и не удалось окончить духовной академии), ни знатных родственников или могущественных покровителей, и потому, наверное, он был отправлен в алтайскую «Тмутаракань» просто по распределению или, как говорят в этой среде, — на послушание. Пойдя по стопам своего предшественника, молодой монах Макарий стал рассматривать миссионерскую деятельность на Алтае главным образом с просветительских позиций. По его инициативе и при личном участии создавалась уже алтайская азбука, переводились важнейшие христианские молитвы, а также составлялся служебник на алтайском языке. Без малого почти 30 лет отдал Макарий (Невский) миссионерскому делу на Алтае[234]. После него деятельность миссии стала принимать в большей степени официально-государственный и русификаторский характер, и, как любили говаривать советские историки, деятельность эта являлась продолжением колониальной политики российского самодержавия.