Когда эпидемия начала быстро распространяться, даже самые легкомысленные поняли, что это чума. Ограничительные меры стали ещё строже. Улицы обезлюдели. Окрестные крестьяне могли привозить свои товары на один-единственный рынок, находившийся под особым контролем комиссаров. Одесский гарнизон отправили в казармы; трёхсот казаков, приданных в усиление полиции, разместили вне города.
Желающие выехать из Одессы во внутренние губернии должны были провести 30-40 дней в одном из четырёх карантинов, наспех устроенных посреди степи, практически под открытым небом, без всяких удобств. Чтобы уехать, нужно было выправить себе в Одессе паспорт, а это было сопряжено с множеством препон. Но жертв чумы становилось всё больше, и опасность поездок становилась очевидна в первую очередь просвещённым классам. Поскольку в портовом карантине, где находилось около 1500 членов экипажей судов, не было отмечено ни одного случая заболевания, стало очевидно, что болезнь была занесена в Одессу по суше, а не по морю. Тем не менее невежественная и недоверчивая чернь проявляла неуступчивость. На местах принимали только полумеры, которые пронырливый народ научился обходить, но таких ловкачей настигала безжалостная смерть.
Каждое утро комиссары проезжали по улицам и оставляли на пороге домов провизию на целый день. У городских ворот открыли лазареты, куда свозили и помещали отдельно заболевших и людей с подозрением на чуму. Команды из каторжан складывали трупы на телеги, вывозили за город, железными крюками стаскивали в ямы и пересыпали известью. В 1825 году новороссийский губернатор граф М. С. Воронцов стал наводить справки у одесского градоначальника, где и как хоронили умерших от чумы, и получил ответ:
«Чумных кладбищ у самого города в 1812 г. учреждено было два — одно Христианское и другое Еврейское за Тираспольскою заставою, престаящего Порто-франко позади Городского кладбища, которые окопаны небольшим рвом. Сверх того в предместье города Молдаванке на кладбище также хоронились умершие от чумы до тех пор, пока свойство сей болезни не было дознано.
Чиновник, состоящий ныне по особым поручениям при г. начальников Одесского таможенного округа титулярный советник Савойня, бывший здесь в 1812 г. частным приставом, которому от местного начальства в особенности поручено было смотреть за погребением умерших от чумы, объявил, что когда болезнь сия появилась, то таковою признана ещё не была и что он может указать места, где таковые умершие похоронены. Тела предаваемы были земле — иные в одеянии, а другие нагие, в одной яме зарывались по десяти и более, были засыпаемы негашёной известью, весной же 1813 г. над теми ямами насыпаны земляные могилы».
Организацией чумных кладбищ занимался комендант Кобле. Искусственно насыпанную гору до сих пор называют Чумкой.
Русских врачей было мало, им не хватало опыта, который они пытались возместить самоотверженностью. К середине осени умерли доктора Ризенко, Кирхнер, Пилькевич и Капелло.
«Ах, эта страшная чума, я её очень хорошо помню, — рассказывала А. О. Смирнова-Россет. — Маменька всегда сидела в комнате окнами на двор, герцог обходил весь город и сам спрашивал о состоянии здоровья в домах. Однажды он спросил матушку, когда она видела доктора Антонио Рицци. Она сказала:
