Первые практические шаги в рамках судебной реформы были сделаны 8 декабря 1992 года, когда Рийгикогу (Парламент Эстонии) назначил Председателя Верховного Суда страны. Вновь образованный Верховный Суд собрался на свою первую сессию 27 мая 1993 года в Тарту. 1 октября того же года прекратил свою деятельность эстонский Верховный Суд советских времен, а 15 декабря начала функционировать новая трехуровневая судебная система Эстонии. К концу 1994 года в Эстонии были созданы административные суды (в Таллинне и Тарту), 21 уездный и городской суд и 3 окружных суда (в Таллинне, Тарту и Йыхве), в которых отправляли правосудие 166 судей (32 в административных судах, 101 в уездных и городских судах, 33 в окружных судах и 16 в Верховном суде). К этому моменту эстонский судейский корпус обновился на 67 %, а средний возраст судьи был менее 40 лет. К чести эстонских властей следует отметить, что они незамедлительно осознали важность организации системы повышения квалификации судей, и уже в 1995 году начал функционировать фонд «Эстонский правовой центр», ведавший вопросами повышения квалификации судей на протяжении 14 лет. В 2009 году эту функцию взял на себя Верховный Суд страны. Деятельность по повышению квалификации судей координирует Совет по повышению квалификации судей, состоящий из 9 членов — судей уездных и окружных судов, Верховного Суда, представителей Министерства юстиции, Генеральной прокуратуры и Тартуского университета. Деятельность по повышению квалификации и структура департамента по повышению квалификации организованы сообразно отраслям права и специализации судей — уголовное, гражданское и административное право. Ежегодно в декабре департамент по повышению квалификации информирует всех судей о ежегодной тренинговой программе, после чего судьи могут зарегистрироваться на программу повышения квалификации самостоятельно в режиме онлайн. Как правило, количество судей, которые могут принять участие в программе, не ограничивается. Помимо судей, в программе могут принимать участие помощники судей. При наличии вакансий повышение квалификации могут пройти также прокуроры и государственные служащие Министерства юстиции и Офиса Канцлера юстиции. Повышение квалификации осуществляется в основном в форме лекций, при этом периодически проводятся семинары, круглые столы и иные типы тренингов. В качестве преподавателей приглашаются наиболее опытные судьи и прокуроры, университетская профессура, адвокаты и иные представители юридической профессии.
Судебная реформа в Эстонии предусматривала необходимость квалификационного экзамена на должность судьи, при этом экзамен этот должны были сдавать и новые претенденты, и судьи, практиковавшие в советский период. Статья 3 закона о статусе судьи устанавливала, что судьей может работать лицо, обладающее высокими моральными качествами, подходящее для работы судьей и имеющее высшее юридическое образование, полученное в Тартуском университете или соответствующее этому уровню.
Существенными достижениями судебной реформы в Эстонии являются учреждение конституционной юстиции и административной юстиции, введение в судах первой и второй инстанций распределения дел методом случайной выборки (ст. 7.1 закона «О судах»). Особо следует отметить введение должности Канцлера юстиции (институт, аналогичный институту омбудсмена), чьи полномочия и статус определены в гл. 12 Конституции Эстонии. Согласно ст. 137 Конституции Канцлер юстиции является независимым должностным лицом, уполномоченным осуществлять контроль за нормотворчеством органов законодательной и исполнительной власти и местного самоуправления на предмет его соответствия Конституции и действующему законодательству страны. Помимо этого, Канцлер юстиции изучает поступающие к нему предложения по изменению действующего законодательства, принятию новых законов и деятельности государственных органов и, в случае необходимости, представляет доклад в Рийгикогу. Ст. 142 Конституции устанавливает, что в случаях, когда Канцлер юстиции сочтет, что нормативно-правовой акт, принятый органом законодательной или исполнительной власти или местного самоуправления противоречит положениям Конституции или действующего законодательства, он предлагает органу, издавшему такой акт, привести его в соответствие с Конституцией или соответствующим законом в течение 20 дней. Если в течение указанного срока это не будет сделано, Канцлер юстиции обращается в Верховный суд с предложением признать такой нормативно-правовой акт недействительным.
Наряду с судебной реформой в начале 90-х годов в Эстонии был дан старт реформе правоохранительных органов, направленной на возрождение эстонской полиции. По сути, реформа началась еще до официального обретения Эстонией независимости и проходила в три этапа: воссоздание полиции, приведение системы правоохранительных органов в соответствие с требованиями Европейского Союза и объединение органов, осуществляющих правоохранительные функции, в один департамент.
