На сегодняшний день основную угрозу престижу судебной системы Литвы представляют волокита и периодические коррупционные скандалы. Помимо этого, активно обсуждается необходимость дальнейшей реформы прокуратуры с целью сделать ее подотчетной правительству, а не президенту, но пока заметного прогресса в этой сфере не произошло. Ряд громких дел также нанес существенный урон репутации литовских судов, в особенности в аспекте независимости и беспристрастности. Последним резонансным делом, отразившимся на престиже судебной ветви власти, было дело перешедшей в мусульманство молодой литовки Эгле Кусайте, которая в конце 2009 года была обвинена литовской прокуратурой в организации террористического акта на территории России. Находясь в предварительном заключении, Кусайте неоднократно сообщала о применении в отношении нее физического и психологического насилия. Несмотря на достаточно благополучный итог рассмотрения дела (в 2012 году Кусайте была приговорена к уплате штрафов в совокупности на сумму чуть менее 3500 долларов США), дело вызвало широчайший общественный резонанс, и правозащитные организации направили президенту и спикеру парламента информацию о нарушениях прав человека в деле Кусайте, утверждая, что в данном деле суд, прокуратура и органы государственной безопасности в своих действиях вышли далеко за рамки системы сдержек и противовесов. Большой резонанс вызвало «педофилическое дело» Драсюса Кеди-са, который осенью 2008 года обвинил мать своей пятилетней дочери в пособничестве педофилам. В сексуальных домогательствах по отношению к свой малолетней дочке Кедис обвинял нескольких человек, в том числе и хорошо известного в стране предпринимателя А. Усаса. Несмотря на неоднократные попытки добиться уголовного преследования лиц, надругавшихся над ребенком, дело так и не завели. Но когда 5 октября 2009 года в Каунасе с интервалом в несколько часов были застрелены судья окружного Каунасского суда Йонас Фурманавичус, которого Кедис ранее обвинял в педофилии, и Виолета Нарушевичене, тетка дочери Кедиса, ранее обвиненная им в пособничестве педофилам, Кедис сразу же стал главным подозреваемым и был объявлен в розыск. Девочка была передана на попечение временного опекуна, но в конце 2011 года окружной суд принял решение о возвращении девочки ее матери. Назначенная до этого опекуном девочки судья окружного суда, которая незадолго до этого стала депутатом парламента, отказалась подчиниться решению суда. Ряд политиков, включая спикера парламента, поддержали опекуна, «заявляя, что «несправедливые» судебные решения не следует исполнять. Предполагаемая жертва педофилов была в итоге возвращена матери, а готовность депутатов парламента препятствовать исполнению судебного решения стала мрачным примером политического вмешательства в деятельность судов. Бывшая опекун предполагаемой жертвы теперь является лидером одной из политических партий, и краеугольным камнем ее избирательной кампании была необходимость реформы судебной системы»[156].
По данным Freedom House, на 2013 год, население считает судебную систему непрозрачной и сомневается в беспристрастности судей. Только около 17 % населения доверяет судам. В рамках национальной антикоррупционной программы на 2013 год предполагалось повысить транспарентность судебной системы посредством компьютеризации распределения дел и размещения информации о рассмотрении дел в судах в режиме онлайн. Вызывает беспокойство и число законов, признанных Конституционным Судом не соответствующими Конституции: за период с 2010 по 2011 год их число выросло в три раза. Юристы рассматривают этот феномен как свидетельство недостаточно высокого качества национального законотворчества[157]. При этом рейтинги Литвы по всем девяти позициям шкалы Freedom House остаются хорошими и весьма стабильными, в том числе уровень независимости судов (1,75).
