• п. 11 ст. 84 Конституции устанавливает полномочия Президента Республики в сфере формирования судебных органов. Оспариваемые нормы Закона о судах устанавливают, что Президент может реализовать свое конституционное право лишь в случае наличия предложения Министра юстиции. В результате предложение, поступающее от Министра юстиции, превращается в условие реализации конституционно закрепленных полномочий Президента, закрепленных в п.11 ст.84 Конституции. Тем самым нарушается принцип, установленный в ч. 2 ст. 5 Конституции и предусматривающий, что полномочия власти ограничиваются Конституцией. С учетом этого Конституционный суд пришел к выводу, что оспариваемые нормы закона, предусматривающие обязательность предложения Министра юстиции для назначения на должность и освобождения от должности судей соответствующих судов и председателей судов, противоречат положениям ч. 2 ст. 5, п. 11 ст. 84, ч. 2 ст. 109 и ч. 5 ст.112 Конституции[153].
• Ст. 115 Конституции содержит закрытый перечень оснований для освобождения судьи от занимаемой должности, и по каким-либо иным причинам судья не может быть отстранен.
По мнению В. Некрошюса, «на основании вышеупомянутых идей Конституционного суда о том, что принцип независимости судов должен охватывать также и организационную работу судов, предпринимается попытка расширить границы распространения этой независимости. Поэтому было признано, что финансирование должно назначаться непосредственно из государственного бюджета конкретному суду, а не через министерство юстиции; что министр юстиции как представитель исполнительной власти не должен обладать правом возбуждения дисциплинарного дела в отношении судьи; что институт делегирования судей идет вразрез с принципом независимости судей; что вся система контроля над административной деятельностью судей — постольку, поскольку она связана с полномочиями министерства юстиции, — противоречит принципу независимости судов»[154]. В итоге постановление КС Литвы от 22 декабря 1999 года стало мотиватором для подготовки новой редакции закона «О судах», которая была принята 1 мая 2002 года и действует по сей день. Лейтмотивом внесенных изменений стали сосредоточение контрольных полномочий в отношении судов в рамках судебной ветви власти, изменение порядка формирования и полномочий Совета судов, была создана национальная судебная администрация, а при президенте республики была учреждена специальная коллегия, уполномоченная решать вопросы назначения судей на должность, карьерного роста судей и освобождения их от занимаемой должности.
Конституционный Суд сыграл также большую роль в сфере реформирования полномочий прокуратуры. В 1994 году на рассмотрение КС Литвы поступил запрос из двух судов первой инстанции о проверке конституционности положений ст. 53 Гражданско-процессуального кодекса и ч. 3 ст. 21 закона «О прокуратуре». Заявители утверждали, что ст. 188 Конституции устанавливает полномочия прокуратуры лишь в сфере уголовного процесса и не предусматривает право прокурора вступать в гражданский процесс на любой стадии, закреплённое в ст. 53 ГПК. В своем постановлении от 14 февраля 1994 года Конституционный Суд постановил, что положения ст. 53, 13 и 54 ГПК, устанавливающие право прокурора вступать в гражданский процесс на любой стадии и осуществлять прокурорский надзор в гражданском процессе противоречат ст. 5, 109 и 118 Конституции. КС также признал, что установленные в ст. 21, 2,19, 20,22,25 и 27 закона «О прокуратуре» полномочия прокурора по осуществлению прокурорского надзора в гражданском процессе противоречат положениям ст. 5, 109 и 118 Конституции[155]. Это постановление также считается ключевой вехой национальной судебной реформы, ибо в результате его принятия были существенно видоизменены взаимоотношения судов и прокуратуры.