На жаль, про перші роки Маклаєвого життя ми знаємо дуже мало. Поки що пощастило розшукати лише написаного французькою мовою листа Мещерського до Наталі, дочки Герцена, в якому князь наводить ті записи з дитячих щоденників Маклая, з якими тут ми вже познайомились.
Звичайно, щоб мати повну уяву про дитячі роки майбутнього мандрівника, нього замало. Проте і в них, у цих фрагментарних записах, ми бачимо нашого юного героя досить виразно.
… Він народився для науки, рано усвідомив це і, вступивши після численних принижень до гімназії, повірив, що отепер визначене йому природою збудеться. Не знав Коля, скільки ще нездоланних перепон чекало на нього попереду…
1856 року, за півтора року до смерті Миколи Ілліча Миклухи, Маклаєвого батька, вже відомий нам Петро Олександрович Валуєв, тоді курляндський цивільний губернатор, якимось чином пронюхав адреси петербурзьких кореспондентів «лондонських крамольників», тобто Герцена й Огарьова, і вважав за свій обов'язок «всепіддано» сповістити про них особисто Олександру II, особливо звернувши при цьому увагу молодого монарха на «сугубу небезпеку тримати на посаді начальника Санкт-Петербурзької залізничної станції й вокзалу такої особи, як інженер-капітан Микола Миклуха». Які наслідки мав цей донос, з'ясувати не вдалося. Певно, Олександр II, який попервах грав у ліберала, лишив його взагалі без уваги, оскільки ніяких заходів щодо Миколи Ілліча в той час не було вжито. Його звільнили лише через півроку, як ми знаємо, за грошовий переказ Тарасові Шевченку.
Проте Валуєв свого доносу не забув і довго переслідував таємно всю родину Миклух.
Коли в жовтні 1861 року він, уже міністр внутрішніх справ, довідався, що серед 280 студентів, арештованих під час придушення студентських заворушень у Петербурзькому університеті й кинутих до Петропавловської фортеці, значаться двоє неповнолітніх гімназистів, сімнадцятирічний Сергій і п'ятнадцятирічний Микола Миклухи, рідні брати, то особисто виніс їм такий вирок: «Зважаючи на неповноліття оних Миклух, внаслідок чого вони не підлягають судовому розгляду, але враховуючи настійну потребу для прикладу належного повчання й острашки, лишити названих баламутів у фортеці на 6 місяців».[37]
Матері нічого не сповістили. Де перебувають сини, Катерина Семенівна довідалася лише через півтора тижня[38]. Вона поспішає у фортецю, вимагає побачення. Комендант, одначе, холодно пояснює, що для побачення з в'язнями, арештованими за участь у студентських заворушеннях, потрібен письмовий дозвіл міністра внутрішніх справ або ж начальника штабу корпусу жандармів. Та ні Валуєв, ні обер-жандарм генерал Тімашев її не приймають.
Лишається остання надія — Олексій Костянтинович Толстой. Нъ щастя, він у Петербурзі. Катерина Семенівна кидається до нього, Толстой — до царя. Цар здивований, принаймні зовні, що в страшних казематах Петропавловки ув'язнено двох неповнолітніх хлопців. Він власноручно пише розпорядження[39] комендантові фортеці про негайне звільнення їх і обіцяє Толстому в усьому розібратись. Але наступного дня все розслідування завершилося однією фразою Валуєва: «Ці малолітні баламути від кореня такого ж баламута, вони доводяться синами відомому вашій величності інженер-капітанові Миклусі».
Потім, через два роки, уже сімнадцятирічного Колю Миклуху виключають з гімназії начебто через «неуспішність». Формальною зачіпкою до цього було те, що на уроці латинської мови він зробив помилку при відмінюванні слова «rona» — «жаба». Учитель почав до нього прискіпуватись. Тоді, розсердившись на викладача, Микола намалював жабу й потай пришпилив її до фалд його віцмундира. А становище в другій санкт-петербурзькій гімназії, де навчався Микола Миклуха, на той час було тривожне. Ось що писали про ті дні її викладачі Курганович і Круглов — двоє служителів «правильного навчання»:
«…і в суспільстві, і в середовищі учнівської молоді посилювалося бродіння умів, яке відлунювалося в теоріях Чернишевського й Писарєва, в патяканнях про непотрібність естетики, в наданні переваги перед ідеальним грубому утилітаризму; роман «Що робити?», матеріалістичні доктрини енциклопедистів, жіноче питання, заперечення родинного вогнища та багато чого іншого, а в педагогіці безладний розвиток замість правильного навчання, — усе це більш чи менш торкнулося й учнівського покоління, на яке була зумисне звернена увага збоку з метою вербувати майбутніх нігілістів. Серед учнів почали з'являтися особи, що підбурювали товаришів на всілякі виступи проти вимог закладу. Не сподобалися їм оцінки за минулу чверть року, й учні зустрічають одного викладача демонстративним галасом, коли до класу заходить інший — не встають. Роздано кращим учням похвальні свідоцтва — того ж дня їх було пошматовано, а клапті розкидано по паркету у великій рекреаційній залі. Деякі учні старших класів сходилися у свого товариша її читали разом «Колокол» і твори Герцена. Педагогічна рада, коли про таке стало відомо, вирішила виключити кількох найневиправніших учнів…»