Мало знает о начале христианства в Египте история. В. В. Болотов доказал большую историческую ценность актов св. апостола и евангелиста Марка и вычислил по ним день его мученической кончины в Александрии в праздник Сераписа 24 апреля 63 г., на второй день иудейской Пасхи. Несомненно, и здесь христианство сначала проникло в иудейские круги, еще во II в. здесь существовало в греческом переводе Евангелие от евреев. Затем христианство распространялось среди греческого населения, и греческий язык первоначально был языком церкви. На нем написаны древнейшие памятники христианской литературы в Египте, как-то изречения Христовы, Евангелие от египтян, многочисленные апокрифы, а также ряд произведений сильно распространенного в различных своих разветвлениях и оставившего заметные следы гностицизма. Александрия II и III вв. произвела таких деятелей церкви, как Клемент и Ориген; во время гонения при Септимии Севере (202 г.) христиане привлекались в Александрию уже «из Египта и всей Фиваиды» для суда и страдания. Они были распространены по всей стране, которая в церковном отношении находилась под монархическим ведением александрийского епископа, унаследовавшего власть языческого «первосвященника Александрии и всего Египта». В 325 г. можно указать христианские общины в 50 египетских городах, из которых более чем в 40 были египетские кафедры. Страшные гонения при Деции и Диоклетиане доказали силу египетского христианства и явили миру множество мучеников, как из числа греков, так и природных египтян, впоследствии названных по арабскому искажению имени египтян коптами. Для этих же туземцев первоначально основал свои первые монастыри Табеннеси и Пбоу св. Пахомий Великий, тоже природный египтянин, как и св. Павел Фивейский и Антоний Великий. К середине IV в. была уже переведена Библия на три диалекта туземного коптского языка: перевод местами обнаруживает столь архаические черты, что возможно предположение об его частичном появлении и в III в.
Как объяснить такое быстрое обращение ко Христу народа, языческое благочестие которого было общим местом у писателей древности, для которого его боги и храмы, казалось, были неотделимы от всего его существа, культы которого были распространены по всему миру до отдаленной Британии и нашего юга? Как могли потомки ревностных служителей Ра, Амона и Птаха, создавших богословские системы, таинственные культы, доходивших в своих исканиях иногда до сравнительно высоких достижений, оставить свою религию, нашедшую себе поклонников среди всех народов древности, и сделаться не только поголовно христианами, но и мучениками и основателями нового учреждения — монашества? Ответ на это пытается дать один из современных исследователей коптской старины Лейпольдт. Он указывает на то, что всемирное распространение египетских культов в связи с их эллинизацией оторвало их от создавшей их почвы и их народа, который в своей массе и раньше не участвовал в богословской работе верхов при храмах, и теперь еще более стал далек от этих храмов с их эллинизованными богами и греками жрецами; не даром слова «эллин» и «язычник» стали синонимами. Действительно, если мы прочтем, например, составленный во II в. трактат Плутарха об Исиде и Осирисе, мы убедимся в том греческом или, лучше сказать, международном умозрении, какое наслоилось в это время на египетскую религию. Да и сами египтяне-христиане до такой степени позабыли своих богов, что не смущаясь давали их имена по привычке; среди них изобилуют и Анупы, и Висы, и Амоны и т. п. Жрецы были или греки, или египтяне, также отставшие уже от египетской премудрости. Все чаще и чаще мы встречаем вместо надписей пустые места или бессмысленные изображения, доказывающие, что при храме или под руками уже не было сведущего в иероглифическом письме.