Вся территория государства разделялась на крупные области (сатрапии). Сатрап (иногда использовался также термин «стратег») представлял собой высшую гражданскую и военную власть на территории своей области, будучи подотчетным только царю. Каждая сатрапия делилась на более мелкие регионы, номенклатура которых варьировала. Греческие полисы, однако, имели право обращаться со своими проблемами непосредственно к царю.
В государстве Селевкидов существовала развитая система налогов, главным образом унаследованная от Ахеменидов. Особое место в ней занимал «форос» — подать, уплачиваемая отдельными коллективами (городами, племенами, общинами и т. д.). Форос выплачивался как деньгами, так и натурой (драгоценными металлами, зерном и лошадьми). Он достигал весьма значительных величин. Например, Иерусалим в обычных условиях уплачивал 300 талантов. Помимо реального своего значения форос имел также и символический смысл — он был, по словам Цицерона, «наградой за победу и штрафом за войну», иными словами, чем-то вроде вечной военной контрибуции. Существовали и другие налоги: подушная подать, налог на соль, таможенные и торговые сборы (известны документы о взимании налогов на торговлю рабами), наконец, так называемый «венечный налог» — в обычных условиях он собирался тогда, когда царь лично прибывал в сатрапию. В целом, финансовые средства, оседавшие в царской казне, были весьма значительны, они обеспечивали нормальное функционирование государственного аппарата, потребности двора, оплату и снабжение армии. Впрочем, войны почти всегда вызывали перенапряжение государственных финансов.
Главным отличием налоговой системы в царстве Селевкидов от предшествующего времени было резкое возрастание роли денежных сборов за счет натуральных. Это явление представляло собой отражение более общих процессов в экономике — широкого внедрения товарно-денежных отношений, что являлось естественным результатом греческой колонизации. Если в западных районах государства монета получила уже достаточное распространение и в предшествующее время, то для восточной части это представляло собой революционное нововведение. Во всех крупных городах были созданы царские монетные дворы, чеканившие золотую и серебряную монету. Медная, использовавшаяся как мелкая разменная, иногда по специальному разрешению власти выпускалась и отдельными городами. Но она имела строго ограниченную сферу обращения только на территории данного города.
Первые десятилетия существования государства Селевкидов были временем его значительного подъема. Селевк, как уже указывалось, завоевал огромные территории на востоке и западе, он и его преемник Антиох I смогли обезопасить границы государства, нанеся поражения среднеазиатским кочевникам на востоке и галатам (кельтам), переправившимся с Балкан в Малую Азию.
Одновременно осуществлялись грандиозные программы переселения греков и учреждения новых полисов на всем пространстве государства. Археологические исследования показывают, что в ряде областей Востока происходило резкое расширение обрабатываемых земель благодаря строительству новых плотин и ирригационных систем. Вавилонские документы свидетельствуют о том, что на протяжении нескольких десятилетий цены на основные продукты практически не менялись.
Однако в середине III в до н. э. разразился первый серьезный кризис. Сатрапы двух среднеазиатских областей (Андрагор в Парфии и Диодот в Бактрии) провозгласили свою независимость от центрального правительства. Причины этого крылись в изменении приоритетов политики селевкидских царей. Внимание к Востоку было ослаблено, и основное внимание уделялось Средиземноморскому побережью. Начались длительные и тяжелые войны с Птолемеевским Египтом за Южную Сирию и Палестину. В этих условиях среднеазиатские области стали рассматриваться только в качестве источника извлечения ресурсов для этих войн, что, естественно, вызывало глубокое недовольство местной верхушки.
В Бактрии процесс становления местной государственности закончился успешно, но в Парфии ситуация приобрела катастрофический характер. Кочевники парны (из племенной конфедерации дахов) во главе с Аршаком (Арсаком) разгромили войска Андрагора, который сам погиб в бою, и создали свое государство. Очень скоро оно развернуло экспансию в западном направлении, захватывая селевкидские территории. Попытка Селевкидов восстановить статус-кво оказалась безуспешной.
Возникновение Парфянского государства можно считать в некоторых отношениях поворотным моментом в истории эллинизма. Политическая власть греко-македонян была уничтожена, и руководство страной стала осуществлять местная (в данном случае кочевническая) элита. Движение парфян на запад приобрело перманентный характер, приводящий к потерям одной области за другой.