Затянувшееся дело Никона сказалось на расколе в церкви. Противники нововведений в обрядах и исправлений в книгах почувствовали слабину со стороны церкви, надолго лишенной патриарха, и все смелее стали проявлять недовольство, как в Москве, так и в других городах России. Казалось бы, царь должен был обратить на данный факт внимание, забыть обиды, вернуть на патриаршую кафедру Никона, который активно начал реформы и который мог довести их до логического завершения, не допустив в России того, что произошло в других странах Европы, где реформационные процессы в церкви сопровождались братоубийственными войнами и гибелью сотен тысяч людей.
Алексей Михайлович наверняка знал о событиях недавнего прошлого в странах Западной Европы. Он обязан был знать, что в России разрастается раскол, что к недовольным реформой Никона стали примыкать некоторые иерархи, члены известных боярских семей, что раскольникам симпатизировали даже в царской семье! Царь наверняка знал об этом. Никон наверняка мог надеяться на то, что Алексей Михайлович призовёт его к себе.
Но государь обратился не к Никону, а к созванному весной 1666 года собору.
Этот религиозный форум признал реформу Никона правильной, а раскольников осудил. Более того, собор осудил приверженцев раскола, лишил их священных санов. Сразу после собора все осужденные, кроме протопопа Аввакума и дьякона Федора, покаялись и были прощены. Эта победа сторонников реформы Никона пользы ему не принесла. Данный факт является лишним доказательством того, что не гении выбирают и делают историю, а история выбирает и пестует гениев.
На весеннем соборе 1666 года дело Никона не разбиралось, союзники Алексея Михайловича копили силы. Осенью в Москву прибыли патриарх Александрийский Паисий и Антиохийский Макарий. Патриархи Константинопольский и Иерусалимский прислали в столицу письма, в которых выразили полное доверие своим коллегам и согласие на суд над Никоном.
«Великий собор» церковный начал работу в ноябре 1666 года. Он одобрил реформу патриарха Никона, а затем занялся делом Никона. В роли обвинителя выступал сам Алексей Михайлович. Со слезами на глазах он перечислил все нанесенные ему, православной русской церкви и государству «обиды». Никон защищался яростно и грубо. Досталось в его высказываниях всем, особенно восточным патриархам. «Ходите по всей земле за милостыней!» — сурово повторял обвиняемый. Многие присутствующие на соборе относились к приездам восточных патриархов и митрополитов с иронией, но держали эту иронию в себе. Никон говорил резко, и в этой резкости была его слабость, слабость затравленного собаками медведя.
Собор единодушно снял с него патриаршество, священство и отправил осужденного в ссылку в Ферапонтов Белозерский монастырь.
Единодушие в оценке деятельности Никона у многих поколебалось после того, как был зачитан составленный греческими патриархами приговор. В нем совершенно четко и ясно была прописана идея о безоговорочном приоритете светской власти над церковной. Заезжие греки прекрасно понимали, почему царь московский так долго и упорно ждал их. И они не подвели Алексея Михайловича.
Против явного возвышения светской власти над духовной воспротестовали некоторые иерархи русской церкви, причем все они являлись откровенными врагами Никона. Осудив своего противника, предпринявшего отчаянную попытку возвысить церковь над государством, они сказали «А». Но когда их «попросили» сказать «Б», они вдруг заартачились, не понимая, что весь глубинный смысл хорошо продуманного сценария «великого собора» церковного 1666–1667 годов как раз и состоял в разгроме тех, кому грезилась идея «Православной Священной Русской империи».
Великий собор осудил несогласных с тем, что светская власть должна стоять над церковной, а «Никон потому и пал, что историческое течение нашей жизни не давало места его мечтам, и осуществлял он их, будучи патриархом, лишь постольку, поскольку ему это позволяло расположение царя» (Платонов, стр. 443).
Но опальный патриарх, если судить по дальнейшей его судьбе, этого не понимал. Когда его в монашеском клобуке вывели на улицу, он сел в сани и громко сказал:
— Никон! Никон! Все это тебе сталось за то: не говори правды, не теряй дружбы! Если бы ты устраивал дорогие трапезы да вечерял с ними, то этого бы не случилось!
На публику играл Никон или впрямь так считал, трудно сказать. Только ошибался он в своем причинно-следственном анализе произошедшего. Впрочем, публике-то вполне хватало изреченного опальным патриархом, она стала жалеть Никона.
Он был доставлен на патриарший двор. Здесь к нему явился Родион Стрешнев с деньгами и запасом мехов от царя. Никон отказался от царской подачки. Стрешнев передал ему, что царь просит у него прощения и благословения. Никон изрек: «Будем ждать суда Божия!»