Допрошенный королевой-матерью, Польтро позже начал противоречить сам себе и отрицать собственные обвинения в адрес Колиньи. Тем не менее адмирал, чьи строгие нравы, пожалуй, стяжали ему большую славу, чем отчаянная храбрость и боевые победы, оказался замаран этим обвинением, в истинности которого Гизы не сомневались. Екатерину вместе с тем беспокоило не то, что Колиньи теряет безупречную репутацию, а то, что назрела насущная необходимость примирения влиятельных семейств Франции любой ценой. На данный момент обстоятельства как нельзя лучше устраивала королеву-мать — запятнанным и скомпрометированным Колиньи будет легче манипулировать.
Ободряющие прогнозы хирургов, как и в большинстве подобных случаев, оказались слишком оптимистичными, и Франсуа де Гиз, герой войны, гений воинского искусства и харизматический лидер католиков, умер 24 февраля 1563 года. Государство устроило ему поистине королевские похороны; 19 марта кортеж, состоявший из двадцати двух городских глашатаев, звонивших в колокола, влиятельных горожан с горящими факелами в руках, представителей церкви и знати прошел через весь Париж. Процессию сопровождало большое количество городской стражи, вооруженной до зубов. Тысячи скорбящих выстроились на улицах. Убийство Франсуа де Гиза положило начало кровавой вендетте между его семьей и родом Колиньи — Шатильонами, которая достигнет кульминации девять лет спустя, когда погибнут десятки тысяч человек.
Колиньи издалека отвечал на обвинения честно и откровенно, вопреки обыкновениям того времени, но это лишь повредило ему: оправдания адмирала легко было превратить в доказательство вины. Признаваясь, что слышал о нескольких заговорах против Гиза и членов его семьи еще до резни в Васси, Колиньи утверждал, что предупредил герцога через герцогиню де Гиз, но после резни счел герцога с семейством врагами короля и королевства. В тоже время было раскрыто несколько заговоров злоумышляющих против него и Конде, инспирированных герцогом. Следовательно, в условиях военного времени, когда два человека являются врагами, он не считал себя обязанным предупреждать герцога об угрозе его жизни. Утверждая, что сам он никогда не разрабатывал планов убийства герцога, Колиньи признал, что Польтро де Мере действительно был им нанят в качестве шпиона. Этот де Мере был последним человеком, кому он, Колиньи, мог бы доверить столь деликатное задание, как убийство вождя оппозиции, хотя во время последней их встречи де Мере и заявлял, что легко мог бы это сделать. В завершение своих объяснений Колиньи умолял, чтобы Польтро оставили в живых, дабы он дал показания на суде, ведь только он мог снять подозрения с Колиньи.
Так как не в интересах Екатерины было доводить расследование до суда, Польтро де Мере был быстренько осужден и четвертован в присутствии большого скопления народа на Гревской площади в Париже 18 марта. Люди, пылающие гневом в связи с кончиной военного героя, отрывали куски от тела Польтро и таскали их по улицам Парижа. Истинные обстоятельства этого весьма запутанного дела, которые вряд ли могли напрямую указывать на Колиньи, умерли вместе с ним. Колиньи в своем письме, где, по мнению Екатерины, он выказал «безрассудную откровенность», заключает: «Несмотря на полную невиновность, я рассматриваю смерть герцога как величайшее благо, могущее приключиться с королевством, церковью Господа и в особенности с нашим домом».
Долгие и запутанные отношения Екатерины с Гизами не могли не бросить тень подозрения и на нее тоже. Говорили, будто она делилась тревогами со своим доверенным лицом, маршалом де Таванном: «Гизы сами хотели стать королями, но я остановила их при осаде Орлеана». Она также будто бы заявила Конде: «Смерть Гиза освободила меня из тюрьмы, так же как я освободила вас, принц, ибо как вы были пленником герцога, так и я не чувствовала себя свободной под гнетом Гизов, довлевшим надо мной и королем». Венецианский посол записал высказывание королевы-матери: «Если бы г-н де Гиз ушел из жизни раньше, достичь мира оказалось бы куда проще». Пожалуй, можно сказать с большой долей уверенности, что Екатерина была непричастна к смерти герцога де Гиза, но случайность сыграла ей на руку, устранив со сцены человека, наиболее непримиримого к гугенотам. Теперь главенство над католической партией естественным образом перешло к ней, в то время как Колиньи и Конде, также волею случая, стали вождями партии гугенотов. Она понимала: большинство ее подданных — истинные католики, поэтому необходимо искать возможности для мирного соглашения, дабы предотвратить дальнейший раскол страны на религиозной почве.
