Несмотря на очень холодную зиму 1567-1568 годов, гугеноты и германские рейтары неплохо продвигались вперед, достигнув Оксерра, а потом двинулись брать Бос. Видя впечатляющие успехи протестантов, герцог Анжуйский был вынужден отозвать войска в Ножан-сюр-Сен, и Париж снова остался беззащитным перед врагом. Карл, уже давно недовольный командованием своего брата и его некомпетентностью, объявил, что сам поведет королевскую армию к победе, но Екатерина не позволила сыну подвергать себя опасности. В конце февраля Конде удалось достичь Шартра и осадить город, но здесь его войска увязли из-за отсутствия денег и продовольствия. Во время войны обе стороны нещадно грабили деревни, разоряя земли и оставляя крестьян без куска хлеба. Теперь же у людей и вовсе не осталось средств к существованию. Конде послал королю срочный призыв начать переговоры, получил ответ, результатом чего стало подписание мира при Лонжюмо 22-23 марта 1568 года.
Как обычно, мирный договор немедленно стал непопулярен среди той и другой сторон. Король согласился заплатить германским рейтарам, чтобы вывести их прочь с французской земли, Амбуазский эдикт был восстановлен без изменений, гугеноты же обязывались вернуть те города, которые захватили за время короткой и хаотичной Второй религиозной войны. Опасность, которой пренебрег Конде, но которая беспокоила Колиньи, состояла в том, что Карл оставил армию в прежнем состоянии, поэтому протестанты могли быть атакованы в любое время. В течение нескольких месяцев, последовавших за подписанием этого договора, конфликты и стычки продолжались, так что некоторые находили этот период еще хуже короткой войны. Протестанты отказались освободить захваченные ими города; они убивали священников, жгли церкви, разрушали религиозные статуи и оскверняли реликвии. Католики немедленно начали убивать протестантов. Обе стороны проявляли подлинно варварскую жестокость — в одной из стычек разъяренными протестантами был захвачен священник, которого «иссекли ножом», после чего связали, а его раны стали поливать уксусом и посыпать солью. Умирал он восемь дней.
Случаи насилия все учащались, и стало ясно, что мир, о котором говорилось в Лонжюмо, существует лишь на бумаге. Один протестантский историк полагает, что гугенотов за период после Второй гражданской войны погибло больше, чем в обеих войнах вместе взятых. К концу апреля 1568 года, когда Екатерина созвала королевский совет, она уже и сама не знала, как поступать. 28 апреля она тяжело заболела. У нее начался жар, сильнейшие головные боли, рвота и ломота в правой стороне тела. К 10 мая, когда у нее пошла кровь носом и ртом, совет начал обсуждать, что необходимо будет предпринять в случае смерти королевы.
Без руководства матери Карл полностью растерялся. Кардинал Лотарингский настаивал на беспощадном подавлении гугенотов, и по форме был прав. Л'Опиталь предлагал совещаться дальше, и тоже был по-своему прав. Когда все уже казалось потерянным, лихорадка у Екатерины прошла. Правда, болезнь возвращалась по вечерам — слабость, сильная потливость (простыни меняли до пяти раз за ночь) — но ей удалось кое-что сделать уже в первый день. К 24 мая она уже сидела в постели, вовсю диктуя письма, и одно отправила Колиньи — по поводу кражи денег, которыми собирались платить рейтарам. Все успели заметить, насколько безволен и растерян король в отсутствие матери, и можно было вообразить, во что это выльется в случае ее кончины.
За подписанием договора в Лонжюмо последовала вспышка политических убийств. Один из историков замечает по этому поводу: «Франция переняла итальянскую моду на убийства, и обычай этот так распространился, что стали нанимать убийц, чтобы перерезать кому-то горло так же запросто, как нанять каменщика или плотника. И уже считалось удивительным, если за несколько дней не совершалось ни одного преступления подобного рода, а ведь прежде человек за всю жизнь и десяти раз не сталкивался с убийствами. Между тем мы знаем, что по древним обычаям Франции, соблюдаемым с большим рвением, нежели что-либо другое, полагалось нападать на врага открыто, ни в кое случае не брать его безоружным и не пользоваться иными преимуществами перед ним; врага всегда предупреждали, давая возможность подготовиться, а нападать вдвоем на одного считалось бесчестным. Зато итальянцы, как я слышал, в такого рода делах большие мастера.»
В таких вещах зачастую обвиняли королеву из рода Медичи, которая будто бы привезла эти итальянские обычаи с собой. Это было несправедливо, но можно понять и людей, доверявших подобным слухам. На их глазах страна ввергалась в пучину хаоса, и то, что началось как религиозная борьба, постепенно превратилось в повсеместную анархию и вседозволенность.
