Екатерина получила от Колиньи суровое письмо: «Я бы напомнил вашему величеству о том, о чем раньше говаривал порою: религиозные убеждения нельзя ни выжечь огнем, ни вырубить мечом, и для людей большая честь — отдать жизнь во имя Господа». Екатерина, не тронутая его словами, отвечала: «Король желает, чтобы справедливость восторжествовала по отношению ко всем его подданным, без исключения… Я верю, что его воля произведет больший эффект, если оружие не будет оставаться в руках тех, кто думает, будто может ему не подчиняться и сопротивляться». Как раз когда они обменивались письмами, Конде с большой армией отправился в Пикардию и, говорят, поклялся при этом: «Доколе кардинал Лотарингский остается при дворе, миру не бывать. Я захвачу его, и его облачение покраснеет от его собственной крови». Мрачная, напряженная атмосфера означала, что ни Екатерина, ни Карл никуда не могли отправиться без мощного эскорта. Давая аудиенцию венецианскому послу, Джованни Корреро, королева прошептала: «Кто знает… даже в этой комнате могут быть люди, которым нравится видеть смерть, которые убили бы нас собственными руками. Но Господь не позволит, ибо наша миссия — это и Его миссия, как и всего христианского мира». И она добавила, наклонившись к уху Корреро: согласно предсказаниям астрологов, фортуна меняется каждые семь лет, и, так как ее несчастья начались семь лет назад, она верит, что теперь судьба повернется к ней лицом.
Через несколько недель после этого разговора французские протестантские войска, возглавляемые де Коквилем, пересекли границы Пикардии и направились во Фландрию, чтобы соединиться с голландскими собратьями по религии. Екатерина отправила маршала де Косее перехватить мятежников. Коквиль был спешно казнен, и голову его прислали в Париж, где водрузили на пику. Голландским участникам повстанческой армии повезло ненамного больше, французы доставили их в качестве пленников к Альбе — от него они могли ожидать лишь мучительных пыток и казни. Екатерина была настроена весьма кровожадно, что ранее было для нее нехарактерно. О дальнейшей судьбе захваченных мятежников-французов королева заявила: «Я думаю, некоторых из них нужно наказать, казнив, других же сослать на галеры». Прослышав о том, что в июне были публично преданы казни графы Эгмонт и Горн (последний был кузеном Колиньи), Екатерина заметила испанскому послу, что находит это решение «богоугодным» и надеется, что сама сумеет последовать его примеру во Франции в отношении главарей гугенотов. 29 июля 1568 года Екатерина приказала Таванну и его людям захватить Конде. Она желала заполучить «cette tete si chere» («эту ценную голову»).
Однако ее действия были предупреждены. К Конде и Колиньи попала ее записка, гласившая: «Дичь уже в ловушке, королева велит начинать охоту». Принц и адмирал, захватив семьи и сподвижников, в срочном порядке выехали из Нуайе, чтобы укрыться в крепости Ла-Рошель на юго-западном побережье Франции. Пока они ехали через всю страну в эту гавань, число присоединившихся к ним гугенотских семей росло, и вскоре этот поход получил название «новое бегство богоизбранного народа из Египта». Адмирал послал проникновенное письмо королеве-матери и королю на эту тему, делая упор на то, что беззащитные, невооруженные люди, двинувшиеся в путь к безопасной гавани, вряд ли могут считаться мятежниками.
В начале 1567 года Жанна д'Альбрэ покинула Францию и вместе с сыном, Генрихом Наваррским, отправилась в княжество Беарнское без разрешения Екатерины, которая назвала ее в результате «бесстыднейшая в мире женщина». Таким образом, королева Наваррская поставила себя вне закона. 24 сентября Жанна и пятнадцатилетний Генрих встретились с со своими единоверцами, и четыре дня спустя предводители гугенотского движения въехали в Ла-Рошель, сопровождаемые множеством последователей. Жанна привела с собой пополнение и немедленно распорядилась строить укрепления, готовясь к нападению королевских войск. Она послала Екатерине сообщение, где писала: «…мною движет стремление служить моему Господу и истинной вере, моему королю, желание соблюдать эдикт умиротворения». В этих же строках Жанна напомнила Екатерине о «праве крови», согласно которому Бурбоны наследовали Валуа.
В то время как экономическая ситуация во Франции ухудшалась, ненависть, порожденная гражданскими войнами, усиливалась, и количество гугенотов росло. Энергичная работа организации Кальвина, чьи агенты успешно вербовали новообращенных, приносила свои плоды. Гугеноты энергично печатали литературу, распространяя слово Реформации по всей стране, а люди всех сословий им жадно внимали. Догматы доктрины Кальвина к этому моменту перемешались с противоречивыми политическими программами официальных властей, всеобщая тревога подкреплялась боязнью того, что французские ультра-католические силы объединятся с испанцами. А соседние Нидерланды сейчас являли всей Европе печальный образец того, как испанцы умеют расправляться с инакомыслящими.
