Первым и единственным побуждением Екатерины было не раскаяние о невинно убиенных, а забота о том, как после такого злодеяния сохранить трон за Карлом. Пока еще не были получены достоверные сведения, ей оставалось лишь тешить себя догадками. Неспособность короля справиться с делом, задуманным как законная расправа, имеющая четкие границы, показала, как слаба королевская власть и какой ужасающей свободой действий обладает толпа. Королеве-матери было понятно, что события, изначально вызванные религиозными мотивами, быстро вышли из-под контроля, превратившись в бунт озлобленной черни, которая почти не страшилась возможного наказания. Некоторые историки вообще рассматривали Варфоломеевскую ночь как преддверие революционных событий 1789 года. Хотя невозможно точно оценить, сколько народа в стране погибло во время «Сезона Святого Варфоломея», как его назовут впоследствии, большинство экспертов сходятся на цифрах между двадцатью и тридцатью тысячами человек. Только в Париже расстались с жизнью не менее трех тысяч подданных Карла. И это в то время, как в городе было официально зарегистрировано лишь около восьмисот гугенотов. Заметим, правда, что некоторые были слишком бедны и не попали ни в какие списки, а значит, их количество могло быть еще больше. Но в любом случае получается, что более тысячи погибших парижан никак не могли принадлежать к числу сторонников новой веры! Немногие из католиков погибли от рук жертв-протестантов, пытавшихся защищаться, но большинство стало жертвой преступлений, порожденных алчностью и разнузданными инстинктами.
Герцог де Гиз был потрясен размахом кровавого побоища, когда вернулся в город после погони за Монтгомери и видамом Шартрским. Идейный вождь католиков попытался было унять разгул толпы, но даже он ничего не смог поделать. Гиз, сразу осознав, как будет оценена его роль в этом деле, решил спасти если уж не душу, то хотя бы свою репутацию, защищая протестантов на улице и давая им убежище в отеле Гизов. Он доказывал, что смерть адмирала Колиньи восстановила честь его рода, а он сам намеревался ограничиться истреблением лишь тех, кто был в списке, составленном королем. Понимая, что авторы и исполнители Варфоломеевской резни останутся запятнанными этим чудовищным деянием навсегда, он стал держаться подальше от короля, тем более что королева-мать уже приписывала ему главную роль в случившемся. Гиз настаивал — Карл должен сделать публичное заявление о том, что истребление еретиков совершалось по воле его монаршей воле. Однако это противоречило бы изначальным декларациям короля, уверявшим, будто все дело состоит в кровавой вражде между домами Гизов и Шатильонов, а сама резня, мол, началась с подачи преступников и всякого беззаконного сброда.
Во вторник 26 августа, еще до того, как официальные власти окончательно овладели ситуацией в городе, Карл устроил специальное заседание суда, где присутствовали его братья и Генрих Наваррский. Там король тщательно перечислил все преступления, совершенные Колиньи и его мятежниками против него самого и монархии в течение последних лет. Он также подчеркнул, сколько благодеяний королевская власть оказала гугенотам. И в ответ на всю его доброту, терпение и великодушие, заявил он, — адмирал и его когорта готовили заговор с целью убийства законного правителя и его семьи! Карл добавил, что герцог де Гиз действовал исключительно с его королевского дозволения. Наконец, он сказал: «Я хочу, чтобы было известно: суровые меры последних дней были приняты согласно моему срочному приказу, с целью пресечь готовившийся заговор». Когда короля спросили, желает ли он, чтобы его слова вошли в записи заседания парламента, он отвечал: «Да, желаю». Парламентарии осыпали короля благодарностями и словами восхищения за то, что он защитил свой трон против вероломных заговорщиков, но на самом деле они благодарили его за удобную формулировку, защищающую их всех.
Франции требовались официальные объяснения, и Карл дал их. Историк Жак-Огюст де Ту, чей отец, президент парламента был назначен королем главой комиссии по расследованию первого покушения Колиньи, писал: «Было прискорбно видеть людей, которых все уважали за благочестие, знания и порядочность <…> возносящими славословия, вопреки своим чувствам <…> — акт, который они презирали в глубине души <…> находясь в ложном убеждении, будто настоящие обстоятельства и благо государства требуют от них подобных речей». Под конец сессии короля попросили восстановить порядок в городе. Он заявил, что желает этого более всего на свете. Когда король возвращался в Лувр, один из уцелевших протестантов, надеясь, что его не заметят, присоединился к многочисленной свите короля. Но один из бандитов, затесавшихся в толпу, приметил беднягу и заколол его. «Я молю Бога, чтобы этот был последний», — пробормотал Карл, продолжая путь ко дворцу.