Всего через несколько недель после первой попытки Алансон и Наваррский были вновь арестованы и допрошены королем и королевой-матерью. Наваррский не выдавал своих соучастников и отказывался отвечать следователю, адресуясь непосредственно к Екатерине. Он говорил о ее желании разжечь вражду в королевстве слухами о заговорах, дабы очернить его имя, о «неискренности и вероломстве в отношениях с ним самим». Это смелое заявление, которое он подготовил вместе с Марго, вероятно, спасло ему жизнь, ибо похоже, что Карл поверил Наваррскому. Когда вызвали Алансона, того понесло, и в припадке болтливости он, пресмыкаясь перед матерью и братом, расписал все детали безрассудного проекта. Ситуация еще усугубилась, когда нашли куклу из воска с короной на голове и с иглами, пронзившими сердце — работу Козимо Руджери, личного некроманта королевы-матери, специалиста в области черной магии. Немедленно было высказано предположение, что восковая фигурка изображала короля, а иглы были воткнуты Руджери для того, чтобы чародейским способом причинить ему вред. Екатерина остолбенела, когда узнала, что тот, кому она так доверяла, предал ее. Но Руджери уже давно сблизился со сторонниками Алансона и в особенности подружился с Ла Молем. 30 апреля оба руководителя заговора, Коконас и Ла Моль, были обезглавлены по обвинению в измене, после чего, как говорили, их забальзамированные головы тайно доставили Марго и герцогине де Невер, и они долго оплакивали погибших любовников. Во время допроса Ла Моль никого не выдал и показал себя более стойким, нежели Коконас, в деталях расписавший план объединения с Конде, Торе, Тюренном и Людвигом Нассау в Седане.
4 мая Карл сделал ход против семьи Монморанси. Ввиду отсутствия Торе и Тюренна он приказал арестовать Франсуа де Монморанси и маршала де Косее, тестя Мерю — брата Монморанси, и препроводить их в Бастилию. Он также снял с должности губернатора Лангедока отсутствующего младшего брата, Дамвиля. Низложение семьи Монморанси было роковой ошибкой, ибо Дамвиль, оставшийся на свободе, начал поднимать на борьбу многочисленных сторонников своей семьи в Лангедоке. Еще хуже для Екатерины и Карла было то, что под рукой Дамвиля собралось большое войско, и аннулировать его должность вовсе не значило его низложить. Лангедок был преимущественно протестантской провинцией, и Дамвиль вскоре вступил в переговоры с вождями гугенотов. Подвергнувшись в отсутствие старших братьев ожесточенным гонениям на семью, он вскоре стал настоящим лидером оппозиции. Плодом его переговоров с гугенотами, с которыми он вскоре подписал перемирие, стал союз между умеренными католиками, вроде него самого, и протестантами, недовольными резней и дурным управлением государством. Это привело к созданию новой партии, конфликтующей с королевской властью, известной под названием «Политиков» (Politiques).
Рядовые участники заговора были повешены, а Екатерина все еще решала сложную проблему — как быть с Руджери. Она не решалась идти ему наперекор, но оставлять его безнаказанным тоже было нельзя. Выяснилось, что фигурка в короне изображала на самом деле Марго, а не короля. Ла Моль, отчаявшийся заставить королеву Наваррскую полюбить его, попросил Руджери наложить на нее заклятие, и кукла была изготовлена с этой целью. Злополучный итальянец, которого королева-мать боялась и уважала, получил в качестве наказания ссылку на девять лет на галеры в Марсель. Это был жест по спасению лица: он, разумеется, вовсе не служил на галерах, но получил разрешение открыть астрологическую школу и вскоре был вызван Екатериной обратно в Париж.
Конде, в то время находившийся в Пикардии, бежал в Германию и немедленно отрекся от католической веры. После Варфоломеевской ночи он либо открыто сопротивлялся нажиму, либо насмехался над властями, в отличие от своего кузена Наваррского, который никогда не показывал своей ненависти или страха, надев непроницаемую маску для того, чтобы выжить. Екатерина считала Конде обузой и источником многих бед, ибо Анжуйский не на шутку увлекался его женой. Новый король Польши писал принцессе ежедневно, а иногда и дважды в день, и в конце этих длинных восторженных писем частенько подписывал свое имя кровью. Конде, естественно, раздосадованный пылкой страстью новоявленного короля, по свидетельству современников часто устраивал ссоры по малейшему поводу. Наконец Екатерина вспылила и потребовала ответа: почему вдруг он сделался таким благочестивым и набожным? Он ответил, что должен молиться за грехи жены, которая любит другого мужчину. Екатерина взяла принцессу Конде под свое покровительство, и та отныне проводила много времени в покоях королевы-матери.
Наваррский и Алансон, главные действующие лица заговора, все еще опасались за свою жизнь. И снова Бираг заклинал короля и королеву-мать вынести им смертный приговор, и снова их пощадили, хотя и держали под сильной охраной в Венсене.
