Через месяц, по решению сверху, началось жестокое уничтожение Императорской Фамилии. В ночь с 12 на 13 июня возле Перми вместе со своим секретарем был расстрелян Великий князь Михаил Александрович. Власти объявили его «сбежавшим», на основании чего резко ужесточили режим содержания алапаевских узников. Но накануне введения против них ограничительных санкций княгиня Елена Петровна попробовала временно съездить в Петроград, чтобы проведать оставшихся там детей. В Екатеринбурге ее задержали. Попытка вернуться обратно ни к чему не привела, несмотря на вмешательство сербской миссии и расписку о добровольном согласии подвергнуться тюремному режиму наравне с мужем и другими Романовыми. Вместо Алапаевска арестованную княгиню перевезли в Пермь. О том, какая участь могла ждать ее там, говорит зверское убийство в этом городе приближенных императрицы, графини А. В. Гендриковой и гофлектрисы (придворной чтицы) Е. А. Шнейдер, той самой, что когда-то обучала русскому языку Елизавету Федоровну. Наконец усилия иностранных дипломатов помогли отправить находившуюся на грани нервного срыва Елену Петровну в Москву. О судьбе оставшихся в Алапаевске родственников она узнает лишь за границей.
20 июня узникам Напольной школы объявили, что отныне они на тюремном положении. У них изъяли деньги (у Елизаветы Федоровны таковых не оказалось) и ценные вещи, их ограничили в передвижениях и вдобавок лишили слуг. Не подозревая о дальнейшем, Сергей Михайлович вымолил оставить при себе Федора Ремеза, остальных же вывезли в Екатеринбург, где Варвара Яковлева заявила о желании немедленно вернуться назад. С нее потребовали расписку, на что она заявила о готовности подписать любую бумагу, лишь бы остаться рядом с Матушкой. Ее вернули в Алапаевск.
Жизнь заключенных проходила теперь только внутри школьной ограды. Елизавета Федоровна по-прежнему молилась, рукодельничала, работала в огороде. Питание стало еще скуднее, однако А. С. Кривова смогла через знакомых кое-что покупать на рынке и хранить провизию в соседних домах. Каким-то удивительным образом из Екатеринбурга запас продовольствия привезла Екатерина Янышева, но в здание школы ее не пустили, а продукты конфисковали. У арестованных отобрали все личные вещи, в том числе одежду и обувь, оставив лишь то, что было надето и по две пары нательного белья. Почему-то изъяли подушки и одеяла. Сергей Михайлович попытался протестовать – как старший по званию, Великий князь обычно выступал от имени всех заключенных. Единственное, чего удалось добиться, стало возвращение необходимых ему лекарств. Охранники сделались угрюмее, жестче, прекратили всякие разговоры. Когда на дежурство заступали австрийцы из бывших военнопленных, начинались грубости, придирки, дополнительные обыски.
В ночь с 16 на 17 июля в подвале Ипатьевского дома была убита Царская семья – император Николай Александрович, императрица Александра Федоровна, цесаревич Алексей, великие княжны Ольга, Татьяна, Мария и Анастасия. Вместе с ними погибли их верные слуги. Но кровавое злодеяние, совершенное в Екатеринбурге, являлось по плану организаторов лишь первой частью Трагедии, разыгравшейся на Урале. Вторую, не менее страшную и циничную, предстояло исполнить в Алапаевске, где уже тщательно готовилась поистине дьявольская мистерия.
На двенадцатой версте от города по направлению к Верхней Синячихе находилась заброшенная шахта Нижне-Селимского железного рудника. Расположенная на границе участка (меже), а потому названная «Межной», она не действовала более десяти лет и была частично затоплена. В ней, относительно неглубокой (около шестнадцати метров), имелись, как и положено, площадки-перестилы, местами разрушенные и заваленные бревнами. Это мрачное место и выбрали для расправы над узниками Напольной школы. Одновременно с целью скрыть следы преступления подготовили безобразную инсценировку их побега.
В полдень 17 июля охрану в школе сменили на рабочих-большевиков. У заключенных отобрали последние ценности: кольца, часы… Личного досмотра не проводилось, что позволило мученикам сохранить на себе крестики, образки, ладанки и медальоны. Всем приказали готовиться к ночному переезду. В 23 часа к зданию подкатили с десяток повозок – двухколесных «коробков» – предназначенных для арестантов и конвоя. Прибыли представители местных Советов – нервничали, заставляли всех поторапливаться. Елизавета Федоровна, надевшая темную юбку, белую блузку и светлую кофточку, была готова. Еще до появления конвоиров она успела спрятать под одеждой свое главное сокровище, икону Нерукотворного Спаса, обернутую в бумагу и висящую на шее на шнурке. Великая княгиня взяла ее в Москве, бережно затем храня и укрывая при многочисленных обысках.
