Будучи человеком глубокой веры, Сергей Александрович хорошо понимал значение и силу молитвы, всегда творя ее с особым усердием. До конца жизни он неукоснительно соблюдал все правила и каноны Церкви, часто исповедовался и причащался. Понятно, что при этом у него, как и у его супруги, всегда было желание услышать наставнические слова от высокодуховного человека, получить ответы на важные вопросы от того, чей авторитет считался безоговорочным. Многие годы Великокняжеская чета была знакома с отцом Иоанном Кронштадтским. Они неоднократно встречались, беседовали на волновавшие темы, обсуждали насущное. Отец Иоанн не раз появлялся рядом в очень трудные минуты, всегда поддерживая, утешая и благословляя. Как уже отмечалось, он успокоил Великого князя в раздумьях о принятии Елизаветой Федоровной православия, пророчески сказав, что к новой вере она придет сама. Сочувствовал и воодушевлял во многих испытаниях – при кончине Александра III, ходынской катастрофе, студенческих беспорядках, начале Русско-японской войны. Вместе с мужем Великая княгиня радовалась каждой новой встрече с батюшкой. «Сегодня к нам заезжал о. Иоанн, – сообщает Сергей Александрович в одном из писем, – мы были ему очень рады – он завтракал у нас; такое светлое ощущение он по себе оставляет».
Фрейлина Елизаветы Федоровны, Екатерина Козлянинова, прислала Великокняжеской семье молитву Иоанна Кронштадтского: «Господи! Имя Тебе – Любовь: не отвергни меня, заблуждающегося человека. Имя Тебе – Сила: подкрепи меня, изнемогающего и падающего. Имя Тебе – Свет: просвети мою душу, омраченную житейскими страстями. Имя Тебе – Мир: умири мятущуюся душу мою. Имя Тебе – Милость: не переставай миловать меня». Без сомнения, Великая княгиня не раз повторяла эти слова праведника и, конечно, с большой благодарностью принимала его поддержку своим благотворительным делам. В 1903 году, когда в Москве будет находиться Царская семья, отец Иоанн совершит литургию в Иверской общине сестер милосердия, в которой являлся почетным членом. Помимо Великой княгини на службу приедет императрица Александра Федоровна.
Духовная жизнь требовала больших усилий. Постоянно ведя борьбу с неизбежными страстями, Великокняжеская чета в первую очередь прибегала к покаянию, этому «жертвеннику Божию», по словам преподобного Ефрема Сирина. В 1896 году ее духовником стал протоиерей Николай Васильевич Благоразумов, благочинный Московских придворных соборов и церквей. Позднее, уже после гибели Великого князя, он вспоминал об искренности Сергея Александровича во время исповеди и, хотя ее тайну раскрыть, разумеется, не мог, упомянул о его раскаянии в порой проявляемой вспыльчивости.
Боролся Сергей Александрович и с искушениями, в частности, с теми, которые возникали из-за его общественного положения. Высокий титул и происхождение, занимаемая должность и полученные звания требовали воздания Великому князю многочисленных почестей, что было чревато распространением вокруг него подобострастия, угодничества, лести. Отсюда возникала опасность того, что Сергей называл «духом прелести», то есть прельщения гордыней. Позднее Елизавета Федоровна в одном из писем императору расскажет, что угроза этого соблазна очень беспокоила ее супруга, они часто беседовали на данную тему, и Великий князь, знающий, сколь тяжело подобное испытание по собственному опыту, предостерегал и наставлял жену. Она все прекрасно понимала и очень старалась. Да и сам характер Елизаветы во многом помогал ей не оступиться в таком скользком вопросе. «Все вы знаете, – писала она императрице Марии Федоровне, – что если у меня есть недостатки, честолюбие к ним вовсе не относится, наоборот, я никогда бы не стала лезть вперед – не могла бы при всем желании, так как это совершенно противно моей натуре».
Покаяние усиливалось с началом Великого поста. На первой неделе, когда в храмах читается канон Андрея Критского, Августейшие супруги приезжали в кремлевский Вознесенский монастырь. Основанный в 1407 году вдовой Дмитрия Донского, Великой княгиней Евдокией (в иночестве – Евфросинией), он всегда считался главной женской обителью на Руси и служил усыпальницей для жен ее правителей. Войдя в огромный собор, Елизавета Федоровна могла видеть гробницы знаменитых Великих княгинь и цариц, чьи имена так много говорили русскому человеку – Софья Палеолог, Елена Глинская, Анастасия Романова, Ирина Годунова, Наталья Нарышкина… У южной стены покоилась сама основательница обители, преподобная Евфросиния Московская, на то время единственная женщина в пантеоне святых древней столицы. Понятно, что уже по одной этой причине она особенно почиталась Елизаветой Федоровной, но постепенно образ благоверной супруги национального героя, милосердной и любимой народом, рано овдовевшей, воспитавшей детей и в конце жизни принявшей постриг, стал восприниматься ею как более понятный и очень близкий.