Едва закончилось прощание москвичей с Великим князем, как за стенами Кремля вновь начал проявляться охвативший общество недуг. Умолкли печальные песнопения, завершились устроенные на средства Елизаветы Фёдоровны поминальные обеды для неимущих, прошла растерянность первых дней, и на авансцене московской жизни опять закружилась дикая пляска. Забыв об элементарной порядочности, некоторые обыватели охотно взялись муссировать сплетни и кривотолки, возникшие вокруг трагедии. Разношёрстные молодые нигилисты шли ещё дальше — с радостью и даже зубоскальством они одобряли в своих кругах действия террористов и выражали надежду на скорое крушение порядка.
Однако те, кого не покинул здравый рассудок, искренне скорбели, прекрасно понимая значение и тяжесть утраты. Давая оценку произошедшему, автор брошюры «За что его убили?», изданной в те месяцы, писал о причинах злодеяния: «Лишить Россию не только в настоящее время, но и на будущий период её возрождения сильных и убеждённых защитников — вот гнусная цель наших подпольных и “легальных” революционеров. Вот почему они с ожесточённой злобой накинулись на Великого князя Сергея Александровича, чуя в нём человека, не только бывшего, но и будущего времени». Ближайшие события показали всю правоту этих слов.
В конце весны активизировались московские земцы, готовившие съезд либералов и агитировавшие за конституцию. Вновь напомнил о себе и не собиравшийся исчезать террор. На Пасху Елизавета Фёдоровна вместе с племянниками уехала в Царское Село, где узнала, что полиция успела обезвредить двух боевиков, планировавших под видом церковных певчих (!) проникнуть в храм и во время праздничного богослужения (!) взорвать всю семью императора. В Москве 28 июня эсер П. Куликовский (из недавнего отряда Савинкова) пришёл на приём к градоначальнику и произвёл в него несколько выстрелов. От полученных ранений глава полиции, граф П. П. Шувалов (в своё время управляющий Двором Сергея Александровича), скончался на месте. «Увы, все мы несём такие скорби, — напишет через неделю в Петербург Елизавета Фёдоровна, — и знать, что мой дорогой, наконец, близ Бога, вдали от всех страданий, даёт силы терпеть».
О душе любимого она молилась неустанно. Помимо храмов посещала место его гибели, где за оградой стоял белый крест. Её спальня в Николаевском дворце стала напоминать монашескую келью — белые стены, иконы, горящие лампады, а в углу деревянное распятие, в котором находились обрывки одежды, бывшей на Сергее Александровиче в тот страшный день. «Теперь по вечерам, — признавалась Великая княгиня императрице Марии Фёдоровне, — перед тем, как лечь спать, я говорю “спокойной ночи”, молюсь и засыпаю с миром в сердце и душе». Дорогой супруг постоянно, хоть и незримо оставался рядом, продолжая поддерживать и укреплять. Бросив вызов безжалостной смерти, Елизавета Фёдоровна отныне жила и трудилась за двоих — за себя и за Сергея.
Лето она провела в Ильинском, создав там госпиталь для раненых, а осенью вернулась в Москву. Комитет Великой княгини по оказанию помощи семьям лиц, призванных на войну, начал готовить благотворительную выставку картин под девизом «Помощь семьям богатырей». Продолжалась забота и о самих героях. Арендовав дом вблизи Кремля, Елизавета Фёдоровна устроила в нём ещё один госпиталь, который стала часто посещать и в котором, из-за общей нехватки медперсонала, иногда ассистировала врачам. А ситуация в городе становилась всё напряжённее, и работать в таких условиях было всё труднее. Ещё летом на одном из докладов московских властей Николай II начертал резолюцию: «Где мои верноподданные слуги?» После гибели Сергея Александровича в Первопрестольную назначался то один, то другой генерал-губернатор, но остановить нараставшую крамолу не удавалось. В начале октября по призыву революционных партий Москву охватила политическая стачка. В считанные дни, начавшись на транспорте, она парализовала весь город — остановились фабрики, заводы, электростанции, был отключён водопровод, не работали почта и телеграф, закрылись магазины. Царский Манифест 17 октября о политических свободах и о созыве парламента не остудил горячие головы — напротив, почуяв запах победы, экстремисты бросили клич о свержении строя, и защититься от них казалось невозможным. «В Москве полная анархия власти», — докладывал царю глава правительства С. Ю. Витте.
