Длинной вереницей тянулись желающие проститься. Как и два с половиной года назад, когда молящиеся шли поклониться выставленной в Кремле полумантии преподобного Серафима, очередь выстраивалась в конце Красной площади, и многие простаивали в ней по пять-шесть часов. Войсковые части и группы гимназистов пропускали вперёд. Депутации от учреждений и обществ, а также некоторые частные лица возлагали серебряные венки, число которых ко дню похорон достигло восьмидесяти шести.
В Москве отменили все развлекательные мероприятия, на генерал-губернаторском доме вывесили траурные флаги. В газетах был опубликован подписанный в день трагедии Высочайший манифест: «Провидению угодно было поразить Нас тяжёлою скорбью: Любезный дядя Наш Великий Князь Сергей Александрович скончался в Москве в 4-й день сего февраля на 48 году от рождения, погибнув от дерзновенной руки убийц, посягнувших на дорогую для Нас жизнь его. Оплакивая в нём Дядю и друга, коего вся жизнь, все труды и попечения были беспрерывно посвящены на службу Нам и Отечеству, Мы твёрдо уверены, что все Наши верные подданные примут живейшее участие в печали, постигшей Императорский Дом Наш, и соединят тёплые молитвы свои с Нашими об упокоении в Царстве праведных души усопшего Великого Князя».
При Дворе объявили трёхмесячный траур, но на похороны в Москву Царская семья не поехала. Такое решение выглядело странным, труднообъяснимым. А между тем оно имело весьма резонные причины, ибо страшное событие в Первопрестольной при неясности масштабов и механизмов заговора показывало ту степень опасности, которой подверглась бы Династия в случае приезда. «Аликс, конечно, хочет ехать, — записала в дневнике сестра Государя, Великая княгиня Ксения Александровна, — Мама тоже, но мы им отсоветовали — нельзя так рисковать, хотя ужасно оставлять бедную Ella одну — просто больно думать о ней».
В Петербурге к вопросу активно подключился генерал Д. Ф. Трепов, слишком хорошо знавший положение дел в Охранном отделении и уже не доверявший никому.
«Говорят, — писал позднее Джунковский, — что в первый момент Государь хотел ехать в Москву на похороны своего дяди, но благодаря влиянию Трепова не поехал. То же было и с Великим князем Владимиром Александровичем, старшим братом Сергея Александровича, который, как говорят, со слезами на глазах умолял Государя отпустить, но Государь не позволил ему ехать». Адъютант был явно не согласен со столь серьёзными мерами безопасности и полагал, что присутствие императора в Москве «произвело бы колоссальное впечатление и подняло бы ореол Царя среди народа». В принципе это, конечно, так, однако «впечатление» и угроза жизни вряд ли соизмеримы на общих весах.
Единственным, кого Николай II решился отпустить в Первопрестольную, был Великий князь Константин Константинович, чью легкоранимую душу известие о гибели друга потрясло несказанно. И в первый же день пребывания в Москве он поспешил на панихиду: «Под сводами храма, арками отделённого от церкви, где покоятся мощи святителя Алексия, посередине стоял на небольшом возвышении открытый гроб. Видна была только грудь мундира Киевского полка с золотыми эполетами и аксельбантом; на месте головы была положена вата, задёрнутая прозрачным покрывалом, и получалось впечатление, что голова есть, но только прикрыта. Сложенные накрест пониже груди руки, а также ноги были закрыты серебряным парчовым покровом; гроб дубовый, с золочёными орлами. Подле него на коленях стояли Элла, Мария и Дмитрий, все в белом». В той же дневниковой записи Великий князь особо отметил, что народ шёл поклониться чинно и благоговейно. Ниже продолжал: «На месте гибели бедного моего Сергея 5-й гренадерский Киевский полк поставил железный крест с образом преподобного Сергия, преображенцы соорудили лампаду. Место огорожено деревянной решёткою. Ужасное событие представляется мне каким-то сном».
Вслед за Константином в Москву стали съезжаться родственники, проживающие за рубежом: сестра Елизаветы Фёдоровны принцесса Виктория Баттенберг с дочерью, герцог и герцогиня Гессенские, сестра Сергея Александровича Мария Эдинбургская с дочерью Беатрисой. Из Парижа приехал Великий князь Павел. Опальному изгнаннику Государь разрешил проститься с братом, чья мученическая смерть послужила толчком к постепенному примирению «дорогого Пица» с Императорской семьёй. Все родственники отметили ту стойкость, с которой Елизавета Фёдоровна переносила происходящее. «Никто не мог понять, — напишет её племянница Мария, — откуда у неё берутся силы так стойко переносить горе... Только глаза и напряжённо застывшее лицо выдавали её страдание». И вместе с тем приходилось серьёзно опасаться за её состояние, усугубленное деталями происходящего. Сила взрыва была так велика, что частицы тела Великого князя продолжали находить и на крыше здания Судебных установлений, и на часовне по другую сторону Кремлёвской стены. Адъютант Джунковский складывал эти страшные находки в специальные ёмкости, которые затем были поставлены в гроб.
